人类lncRNA的表达数据库

LncRNA一直是近些年来非编码RNA领域的研究热点，所以，许多各式各样的LncRNA数据库应运而生。今天，小编就来给大家介绍一个通过整合lncRNA在广泛的生物学条件下的表达谱来系统表征人lncRNA表达格局的数据库：LncExpDB（https://bigd.big.ac.cn/lncexpdb）。这是一个人类lncRNA的表达数据库，致力于提供lncRNA基因的全面表达概况，探索其表达特征和能力，鉴定具有潜在的重要功能特征的基因，并在各种生物学环境/条件下与蛋白质编码基因相互作用。

LncExpDB目前包含101 293个高质量人lncRNA基因的表达谱。估计了lncRNA基因的表达可靠性和能力，鉴定了25191个特征基因，并进一步获得了28443865个lncRNA-mRNA相互作用。该数据库收集了来自GEO，SRA和ArrayExpress的24个RNA-seq数据集的1,977个样本，涵盖了9个重要的生物学环境，包括正常组织/细胞系，器官发育，植入前胚胎，细胞分化，亚细胞定位，外泌体，癌细胞系，病毒感染和昼夜节律。

下面小编来简要介绍以下该数据库的使用。

在主页搜索框中输入基因基因ID或名称，以浏览感兴趣的lncRNA。

例：输入“TUG1”，检索后进入以下页面：包含12个部分。

1. Summary

在此部分介绍LncRNA的基本信息，如染色体位置，正反链，分类及基因长度等。

当然，我们可以发现下方有一栏Analysis Results，主要从三个方面“Featured Genes”，“Expression Capacity”和“Interactions”来对基因进行简要总结。

（1）Featured Genes

主要显示该基因在不同的背景下是否为特征性基因（实验验证）。

（2）Expression Capacity

主要显示该基因在不同的背景下的表达情况。具体高中低表达的详细定义，可以参照下面的图片。

（3）Interactions

基于共表达网络预测lncRNA-mRNA的相互作用。

2. Transcript Infomation

显示该基因的不同转录本。

任点一转录本链接，将跳转至LncBook数据库（目前为止数据最为全面的LncRNA数据库），显示该转录本的详细信息页面，主要包括下图红色方框11个方面的内容。

欲要查询哪一方面信息，点击相应链接。例如咱们下面查看甲基化，互作及与疾病关系，点击相应链接后，都会给出相应信息。

从疾病可以看出，目前尚无研究研究TUG1与疾病的关系。

3. Normal Tissue

该项主要显示TUG1在正常组织的表达情况。

这里我们可以发现一个T-value，即组织特异性系数，用于鉴定特征性基因。下方为具体解释。

4.  Normal Cell Line

主要显示TUG1在正常细胞系的表达情况。具体解释同（3）

5. Cancer Cell Line

主要显示TUG1在癌细胞系的表达情况。

6. Subcellular Localization

主要显示基因的亚细胞定位情况。

7. Exosome

该部分主要显示lncRNA在外泌体的表达情况。表格根据选择不同的数据集来显示对应信息。其中下方的图片为所有数据集结果的呈现。

8. Virus Infection

该部分主要显示lncRNA与病毒感染的关系。具体操作同（7）。

9. Preimplantation Embryo

主要显示lncRNA在植入前胚胎的表达情况。

10. Organ Development

该部分主要显示lncRNA在不同器官发生过程中的表达情况。

11. Cell Differentiation

主要显示细胞分化方面的信息。下面展示的为随着iPSC细胞的分化，TUG1的表达情况。

12. Circadian Rhythm

该部分主要显示昼夜节律有关方面内容。

好啦，该数据的使用就先讲解到这里，具体我们也可以点击菜单栏或直接根据Resources处的9个重要的生物学环境来进行检索，效果是一样的，大家可以尝试一下~