这些新开发的R包尝起来确实鲜 / 开普饭

写在前面

翻了翻最近一年来cran上的R包，找了一些对我们很有用的，让当然看不完，进行了简单的了解，这里送给大家，看看是否可以帮助自己做好数据呢？

ClinReport

提供输出wrd格式的表格，这个包已经登上了cran中：https://github.com/cran/ClinReport ，在github中最近一次的跟新在2019年7月份。似乎有自己的一套语法，用于输出表格，所以我没有着急学习。使用起来是有一定的门槛:

测试：

# 安装R包 # install.packages("ClinReport")


# library(devtools) ; install_github("jfrancoiscollin/ClinReport")
library(ClinReport)

library(officer)

library(flextable)
# Load data
data(datafake)
?report.quanti

# Descriptive statistics (Numerical response and 2 explicative variables):
tab1=report.quanti(data=datafake,y="y_numeric",

x1="GROUP",x2="TIMEPOINT",at.row="TIMEPOINT",subjid="SUBJID")

tab1
doc=read_docx()

doc=report.doc(tab1,title="Example of a quantitative descriptive table",doc=doc)

# 保存word格式文件 file=paste("./wordTable",".docx",sep="") print(doc, target =file)

pak

同时指支持CRAN, 'Bioconductor' 和 'GitHub'，可以解决暗转包冲突，更快编译和安装R包。但是目前R包的安装似乎没有什么问题，哦不！有一个R包最近很难安装：ggtern：

library(devtools)


install_github("nicholasehamilton/ggtern")

install.packages("ggtern")

错误信息

** using staged installation ** R ** data ** byte-compile and prepare package for lazy loading Error in get(x, envir = ns, inherits = FALSE) : 找不到对象'coord_transform.cartesian' 错误: unable to load R code in package 'ggtern' 停止执行 ERROR: lazy loading failed for package 'ggtern' - removing 'C:/Users/LIULAN~1/AppData/Local/Temp/RtmpUh78uX/Rinst3e8c42721ce3/ggtern' ----------------------------------- ERROR: package installation failed Error: Failed to install 'ggtern' from GitHub: System command error, exit status: 1, stdout + stderr (last 10 lines): E> ** data E> ** byte-compile and prepare package for lazy loading E> Error in get(x, envir = ns, inherits = FALSE) : E> 找不到对象'coord_transform.cartesian' E> 错误: unable to load R code in package 'ggtern' E> 停止执行 E> ERROR: lazy loading failed for package 'ggtern' E> * removing 'C:/Users/LIULAN~1/AppData/Local/Temp/RtmpUh78uX/Rinst3e8c42721ce3/ggtern' E> ----------------------------------- E> ERROR: package installation failed

这个问题挂在ggtern下面已经半年过了，却还没有得到解决，地址：https://github.com/nicholasehamilton/ggtern/issues/27

这里是使用手册：https://cran.rstudio.com/web/packages/pak/pak.pdf

我尝试使用其安装ggtern包，却还是失败：

install.packages("pak") library(pak) pkg_install("nicholasehamilton/ggtern") pkg_install("ggtern")> pkg_install("gtern") cli message statuscli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_clearError: callr subprocess failed: Cannot install packages: * Cannot install `gtern`. - Cannot find standard package > pkg_install("ggtern") cli message statuscli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_updatecli message status_clearError in any && ask : invalid 'x' type in 'x && y' >

哎!

ggasym 提供非对称矩阵的可视化

install.packages("ggasym")

You can download and install the latest development version from the GitHub repo.

devtools::install_github("jhrcook/ggasym")library(ggasym)tib <- tibble(g1 = c("A", "A", "A", "A", "B", "B", "B", "C", "C", "D"), g2 = c("B", "C", "D", "E", "C", "D", "E", "D", "E", "E"), val_1 = seq(1, 10, 1), val_2 = rnorm(10, mean = 0, sd = 3)) tib <- asymmetrise(tib, g1, g2) tib$val_3 <- runif(nrow(tib)) ggplot(tib, aes(x = g1, y = g2)) + geom_asymmat(aes(fill_tl = val_1, fill_br = val_2, fill_diag = val_3)) + scale_fill_tl_gradient(low = "lightpink", high = "tomato") + scale_fill_br_gradient(low = "lightblue1", high = "dodgerblue") + scale_fill_diag_gradient(low = "yellow", high = "orange3")

功能还不错，期待利用开发一下作用。这里在github查看主要功能：https://github.com/jhrcook/ggasym/blob/master/README.Rmd

graphlayouts 提供了ggraph扩展的网络layout

github地址：https://github.com/schochastics/graphlayouts

还没有测试是否好用。

# dev version remotes::install_github("schochastics/graphlayouts")

#CRAN install.packages("graphlayouts")