荀彧拒绝担任三公不久，曹操自己当了丞相，半年后诛孔融三族
曹操要让荀彧做三公的事，记录在裴注《三国志·荀彧传》中，裴松之引用荀彧别传的材料，提到了这件事，时间是在平定河北之后，论功行赏，曹操认为荀彧功高，在两个关键时刻献计，为平定河北做出了比较突出的贡献，所以应该加封，先是把荀彧的食邑从一千户增加量千户，接着提出了要让荀彧做三公的意见。荀彧不同意，坚决表示拒绝，推辞了十多次，才拒绝了。
太祖欲表彧为三公，彧使荀攸深让，至于十数，太祖乃止。
先来看曹操的职务。在奉迎汉献帝到许都之前，曹操的职务为镇东将军。曹操到洛阳之后，驱逐了韩暹，控制了汉献帝的朝廷，曹操的职务增加了假节钺、录尚书事两项。车架到许都之后，曹操被拜为大将军，封武平侯，河北的袁绍也被拜为太尉。大将军班在三公之上，所以袁绍不肯接受。于是曹操固辞，改为袁绍为大将军，曹操的职务则改为司空、行车骑将军。
在曹操控制汉献帝的时候，三公分别为太尉杨彪、司徒赵温、司空张喜，大司马为张杨。曹操控制汉献帝是在建安元年八月，到九月，太尉杨彪和司空张喜就被罢免了。十一月，曹操就担任了司空、行车骑将军。第二年，也就是建安二年三月，袁绍担任了大将军。建安三年四月，张杨被杀之后，没有再任命大司马。太尉也一直空置，没有再任命。三公中实际上只剩下了司徒赵温和司空曹操。
到建安十三年春正月，司徒赵温也被罢免，三公中只剩下了曹操一个人，大司马、大将军也没有了。这时的曹操已经完全平定了河北，消灭了袁绍的势力，整个北方都已经平定，正在准备南征荆州刘表。到这年六月，曹操改了汉朝的官职，废除了三公，改为丞相、御史大夫。曹操自己担任丞相，原来的光禄勋郗虑担任御史大夫。
再来看荀彧本身的职务。荀彧投奔曹操时，曹操的职务为奋武将军、东郡太守，所以曹操让荀彧担任了司马。之后，荀彧跟随曹操出征的时候就担任司马，或者曹操出征的时候他居中留守。曹操奉迎汉献帝到洛阳时，为了加强对汉献帝朝廷的控制，杀死了汉献帝身边的侍中台崇、尚书冯硕等人。汉献帝到许都之后，曹操推荐荀彧担任了侍中、守尚书令。
东汉时候对官制进行了改革，虽然也有三公，也就是司徒、司空和太尉，但经常设置大将军、大司马，统领外朝官，内廷则是尚书令统领，三公如果没有录尚书事的名义，实际上是没有太大实权的。名义上，尚书令是内朝职务最高的官员，侍中为其副职。但荀彧担任侍中、守尚书令，并没有再任命尚书令，等于荀彧实际上是汉献帝身边内朝职务最高的官员。
比如曹操把汉献帝奉迎到许都之后，曹操自己的职务为司空、领司隶校尉、录尚书事，统领内外军政，荀彧又是侍中、守尚书令，是内廷职务最高的官员。而名义上的丞相，也就是司徒赵温，因为没有录尚书事的权力，所以实际上并没有什么权力。官制改革之后，曹操担任丞相，郗虑担任御史大夫，但郗虑和赵温一样，看上去地位崇高，并没有什么实权。荀彧死后，由荀攸继任尚书令，郗虑被罢免后，则由华歆继任。
曹操在平定袁绍之前，唯一愿意忍让的人其实就只是袁绍，所以他把大将军让给了袁绍，他自己只担任司空。到平定河北之后，曹操已经基本上统一了北方，自然水涨船高，职务肯定是要晋升的，而且肯定是要到一人之下万万人之上，以做到名实相符。尤其是在他手下的文武官员都已经加官进爵之后，曹操的官爵必然要进一步提高。
在建安十三年正月罢免赵温之前，太尉也一直空缺，曹操也还没有升官，仍然是司空，如果要拜荀彧为三公，那么有可能的结果就是曹操担任大将军，改由荀彧担任司空，或者是罢免赵温，荀彧继任司徒。还有一个办法是，罢免赵温，曹操从司空转为司徒，荀彧则解体曹操，担任司空。但名义上司空与司徒是平级，而荀彧一直都是曹操的下属，所以也不太可能出现这个局面。
在这之前，汉献帝朝还出现过一个局面，就是董卓担任相国的时候，仍然设置三公，而且一直在不断调整，没有出现过空缺。但这时候的三公已经没有什么实际权力，既不管民，也不管军，只是具名而已。曹操把汉献帝奉迎到许都之后，之所以还愿意谦让，只担任司空，就是因为当时袁绍的势力在他之上，他在群雄之中并没有形成绝对优势。而在袁绍被消灭之后，曹操已经具备了绝对优势，自然无须谦让。所以，如果再调整，有可能的安排就是曹操担任相国，同时并设三公。
从这个角度看，曹操要让荀彧担任三公，实际上是在为官制调整做准备，荀彧作为他的萧何，如果同意出任三公，那么必然的局面就是要出现一个凌驾于三公之上的职务，由曹操来担任。而这时候曹操已经自领冀州牧，后来曹操的爵位进封为魏公，魏郡正是在冀州境内。那么这就意味着，如果荀彧同意，曹操可能会这时候就进封为魏公，而不能等到五年后的建安十八年。
所以，荀彧这时候拒绝出任三公，表面上是他谦逊，但实际上也是在和曹操进行政治博弈，委婉的表达反对曹操过早暴露篡汉的野心。表明曹操此时野心膨胀的另外一件著名的事情则是建安十三年八月，他在南征荆州的路上，下令诛杀了时为太中大夫的孔融，并夷三族，这就是因为孔融一直反对曹操架空汉献帝，经常讽刺曹操，故意让曹操难堪。曹操一直都在忍让，但在这时候终于爆发了，不再继续隐忍。