植物科学常用数据库和生物信息学工具 2020正式版

对于所有开展植物科学相关研究的科研工作者和学生群体而言，各类数据库和分析平台的建立和更新维护为植物的组学、功能、进化以及遗传育种等方面研究提供了丰富的资源，具有重要的理论指导意义和应用价值。通过总结目前已有的植物科学相关的数据库资源和分析平台，调查其使用频率和应用程度，可以为大家更好地开展科研工作提供便利。

Mol Plant植物科学公众号在今年6月份推出了《植物科学常用数据库和生物信息学工具调研2020版》，收到大家的广泛关注和积极评论，也被各大植物科学公众号分享转载。通过大家的交流和留言及MP团队的后期收集，我们补充更新了一些没有关注到的资源，进一步整合后推出《植物科学常用数据库和生物信息学工具 2020正式版》分享给大家。

News

通用数据库

http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/

国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站

https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13 

牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站

http://abc.gao-lab.org/index.php

北京大学应用生物信息学中心

https://www.expasy.org/  

瑞士生物信息研究所的生物信息资源门户网站，涵盖各种生物研究数据库和软件工具

http://www.bioinfo.wsu.edu/ 

作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

https://www.agbiodata.org/

农业生物数据库和相关资源综合平台

https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物比较基因组学资源库

https://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/

植物比较基因组学数据库

http://www.plantontology.org

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

http://harvest.ucr.edu/  

作物EST序列及相关分子信息数据平台

http://www.gramene.org/

用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台

https://www.uniprot.org/   

蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台

http://urgi.versailles.inra.fr/

针对有农学意义的植物研究生物信息平台

http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

GO分析工具包和数据库综合平台

http://www.bioinformatics.nl/AraQTL  

基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库

http://www.plantgdb.org/

植物基因组序列数据库

https://mpss.danforthcenter.org/index.php   

二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源

http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

植物基因组数据库

http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/

植物染色质状态信息数据库

http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

植物snoRNA基因数据库

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/ 

植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库

http://metacrop.ipk-gatersleben.de   

作物代谢途径数据库

http://podb.nibb.ac.jp/Organellome   

植物器官研究数据库

http://www.drastic.org.uk

植物细胞的信号转导分析数据库

http://www.pathoplant.de  

植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库

http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物转录因子数据库

http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物转录因子数据库

http://psorf.whu.edu.cn/

植物小型开放阅读框架（sORF）数据资源库

http://uorflight.whu.edu.cn/

植物uORF翻译调控相关数据库

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1  

作物EST数据库

https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace  

植物顺式调控DNA元件数据库

https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/  

植物线粒体蛋白运输元件数据库

https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库

http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库

http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

拟南芥和玉米蛋白质组数据库

http://atted.jp/

基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库

http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/  

植物Circular RNAs数据库

http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi   

植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息

https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性状全球数据库

http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因组加倍的数据库

http://www.mirbase.org/ 

生物microRNA数据库

http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/  

植物microRNA数据库

http://bis.zju.edu.cn/pmirkb/

模式植物拟南芥和水稻的microRNA数据库

http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl    

植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA

植物基因集富集分析平台

http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

植物非编码RNA数据库

http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB    

植物长非编码RNA数据库

http://prgdb.org/prgdb/  

植物抗病R基因数据库

https://www.inetbio.org/aranet/

拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库  http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库

http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

植物启动子数据库

http://www.pmiren.com/  

植物miRNA综合数据库

http://www.mbkbase.org/  

水稻、小麦和大豆的分子育种资源库

http://epigenome.genetics.uga.edu/PlantMethylome/   

植物DNA甲基化数据库

http//bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics 

从植物多组学数据中检索获取上游调控因子的数据驱动平台

http://autosnpdb.appliedbioinformatics.com.au/

植物SNP检索数据库

http://www.p3db.org/    

植物蛋白磷酸化数据库

http://phytamp.pfba-lab-tun.org/main.php

植物天然抗菌肽数据库

http://bis.zju.edu.cn/pcernadb/index.jsp

植物竞争性内源RNA数据库

http://www.byanbioinfo.org/plamom/

用于检索，分析和预测植物移动大分子包括RNA和蛋白质的数据库平台

https://cvalues.science.kew.org/  

用于获取和比较植物基因组大小的数据库

https://plantreactome.gramene.org/index.php?lang=en

植物代谢和调控通路数据库

http://plantpis.ba.itb.cnr.it/

植物蛋白酶抑制剂数据库

http://plantdhs.org/  

植物DNase I超敏位点数据库

http://bis.zju.edu.cn/pnatdb/

植物天然反义转录本（Natural Antisense Transcripts）数据库

http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom   

植物启动子数据库

http://www.sesame-bioinfo.org/PMDBase/

用于研究植物物种和基因组进化中的微卫星DNA和标记开发的数据库

http://pogs.uoregon.edu/#/  

旨在促进有关植物基因功能和基因模型的跨物种推断的关系数据库

http://plants.proteincomplexes.org/   

植物蛋白复合物组分以及蛋白间稳定互作图谱数据库

News

拟南芥

www.arabidopsis.org

最为常用的拟南芥遗传和分子生物学数据资源库

http://rarge.gsc.riken.jp/

拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库

https://1001genomes.org/

1001 Genomes：拟南芥遗传变异目录

https://aragwas.1001genomes.org/#/ 

AraGWAS：用于拟南芥的GWAS标准结果的公共人工管理数据库

http://www.athamap.de/

拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库

https://www.gabi-kat.de/

拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库

http://www.plprot.ethz.ch/  

拟南芥质体蛋白数据库

http://seedgenes.org/

拟南芥发育关键基因数据库

http://suba.live/  

拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库

http://travadb.org/

基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库

http://atrm.cbi.pku.edu.cn/  

拟南芥转录调控图谱数据库

http://wanglab.sippe.ac.cn/rootatlas/ 

拟南芥根部单细胞RNA测序数据库

http://ipf.sustech.edu.cn/pub/athrna/

拟南芥RNA-seq数据资源，可探索20,000多种已发布的拟南芥RNA-Seq库

News

水稻

http://www.ricedata.cn/index.htm

国家水稻数据中心

https://omictools.com/bgi-ris-tool

BGI-RIS：水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台

http://rapdb.dna.affrc.go.jp/    

粳稻日本晴基因组注释计划

http://rice.plantbiology.msu.edu/  

粳稻日本晴基因组注释计划

http://redb.ncpgr.cn/  

水稻EST数据库

http://rmd.ncpgr.cn/

水稻突变体数据库

http://signal.salk.edu/cgi-bin/RiceGE  

水稻功能基因组表达数据库

https://tos.nias.affrc.go.jp/

水稻逆转座子Tos17插入突变数据库

http://urgi.versailles.inra.fr/OryzaTagLine/

水稻T-DNA插入突变数据库

http://server.ncgr.ac.cn/ricd/

籼稻cDNA数据库

https://shigen.nig.ac.jp/rice/oryzabase/

水稻遗传学和基因组学数据库

https://ricefrend.dna.affrc.go.jp/

水稻基因共表达数据库

https://ricephylogenomics.ucdavis.edu/cellwalls/gt/

水稻糖基转移酶数据库

http://rice.hzau.edu.cn/rice/

籼稻基因组的综合生物信息学平台

https://www.genome.arizona.edu/cgi-bin/rite/index.cgi

稻属和假稻属的重复序列和转座因子（TEs）数据库

https://ricexpro.dna.affrc.go.jp/index.html

水稻表达谱数据库

http://ricevarmap.ncpgr.cn/v2/  

水稻基因组变异及其功能注释综合数据库

https://snpseek.irri.org/index.zul

水稻SNP检索数据库

http://funricegenes.ncpgr.cn/

水稻已克隆基因的数据库

http://ibi.zju.edu.cn/ricerelativesgd/

水稻相关物种基因组数据库

http://www.elabcaas.cn/rice/index.html

水稻专属的表观组学数据库

News

其他重要植物

http://www.wheatgenome.org/

小麦基因组信息数据库

https://www.wheatgmap.org/

小麦基因图谱和数据共享的综合基因组平台

http://wheat.cau.edu.cn/TGT/

小麦族同源基因数据库

https://wheatproteome.org/

小麦蛋白质组数据库

http://202.194.139.32/  

小麦组学大数据可视化网站

http://wheat.pw.usda.gov  

小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库

http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/

小麦及其祖先的基因组变异数据库

http://earth.nig.ac.jp/~dclust/cgi-bin/index.cgi

大麦种质资源和基因组分析数据库

https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=284:10:::::: 

大麦基因组资源平台

http://maize.jcvi.org/

玉米基因组数据库

https://www.maizegdb.org/

玉米基因组和遗传分析平台

https://www.panzea.org/

玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库

http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/

玉米多组学基因网络分析平台

http://www.zeamap.com/

适应玉米多组学时代的综合数据库

https://soybase.org/

大豆基因组学和分子生物学数据库

http://proteome.dc.affrc.go.jp/cgi-bin/2d/2d.cgi

大豆蛋白质组数据库

http://www.ildis.org/LegumeWeb/

国际豆科植物数据库和信息服务

https://www.cottongen.org/

棉花基因组学，遗传学和育种数据库

http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/

棉花功能基因组学数据分析平台

http://magen.whu.edu.cn/

锦葵科比较基因组数据库

http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/

二倍体和多倍体棉花基因网络与功能模块比较分析平台

http://ted.bti.cornell.edu/ 

番茄功能基因组数据库

https://www.inetbio.org/tomatonet/

番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台

http://ted.bti.cornell.edu/epigenome/

番茄表观基因组数据库

http://tea.solgenomics.net/  

番茄基因及其产物的高分辨率图谱和搜索工具

http://tomexpress.toulouse.inra.fr/

番茄转录组数据可视化和分析平台

https://solgenomics.net/

茄科物种基因组测序数据库

http://tropgenedb.cirad.fr/

管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库

http://medicinalplantgenomics.msu.edu/participants.shtml   

药用植物基因组和代谢组资源库

http://gabipd.org/projects/Pomamo/ 

马铃薯生物信息数据库

http://vitisgdb.ynau.edu.cn/

葡萄育种和遗传信息综合数据库

http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/

高梁功能基因组学数据库

http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/

谷子功能基因组学数据库

http://pepperhub.hzau.edu.cn/pegnm/

辣椒基因组信息数据库

https://www.inetbio.org/wheatnet/

面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库

http://brassicadb.org/brad/ 

重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库  http://rapeseed.biocloud.net/home

油菜种质资源遗传信息共享平台网站

http://cbi.hzau.edu.cn/bnapus

甘蓝型油菜泛基因组数据库

http://www.brassicagenome.net/

芸苔属作物基因组数据库

http://cucurbitgenomics.org/

葫芦科植物基因组数据库

http://coffee-genome.org/

咖啡基因组学、遗传学、育种数据和分析工具

http://tropgenedb.cirad.fr/tropgene/JSP/index.jsp

管理热带作物基因组，遗传和表型信息的数据库

https://www.rosaceae.org/

蔷薇科植物基因组数据库

News

可用于植物研究的生信工具

https://bio.tools/

生物信息学和生命科学软件工具门户

http://abc.gao-lab.org/tools.php  

北京大学应用生物信息学中心工具库

https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases

Tbtools：用于生物大数据交互式分析的集成工具包

http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

TargetP：亚细胞定位/N端功能肽预测

http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/ 

EasyGo：提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息

http://smart.embl-heidelberg.de/

SMART：蛋白保守结构域预测工具

http://biology-assets.anu.edu.au/GenAlEx/Welcome.html

GenAlEx：群体遗传分析软件

https://mapman.gabipd.org/mapman-download/ 

MapMan：适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架

https://genevestigator.com/

GENEVESTIGATOR: 转录组数据挖掘比对云平台

http://skl.scau.edu.cn/

CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包

http://skl.scau.edu.cn/dsdecode/

DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具

https://github.com/srbehera11/stag-cns

STAG-CNS：一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具

http://www.hi-tom.net/FED

FED：基因组编辑外源成分检测平台

https://m2sb.org/

GeneCloud：使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述

https://mafft.cbrc.jp/alignment/server/

MAFFT：在线的序列比对工具

http://wlab.ethz.ch/protter/start/

Protter：在线蛋白结构绘制工具

https://www.evolgenius.info/evolview/

EvolView：用于可视化，注释和管理系统树的网络工具

https://itol.embl.de/

iTOL：用于显示，注释和管理系统发育树的在线工具

https://orthovenn2.bioinfotoolkits.net/

OrthoVenn2：多物种直系同源基因簇比较和注释在线服务工具

http://bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/ 

ARSER: 生物节律表达谱波形分析

News

植物研究专用工具

http://www.bar.utoronto.ca/welcome.htm

BAR：植物生物学分析工具平台

http://crispr.hzau.edu.cn/CRISPR2/   

CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包

https://www.michalopoulos.net/act/

ACT：拟南芥共表达分析工具

http://orygenesdb.cirad.fr/

OryGenesDB：用于水稻反向遗传学研究的交互式工具

http://signal.salk.edu/cgi-bin/tdnaexpress

T-DNA Express：拟南芥基因定位工具

http://plantgrn.noble.org/pssRNAit/  

pssRNAit: 通过全基因组脱靶基因评估设计有效和特异性的植物RNAi siRNA

http://www.personal.psu.edu/sma3/CLIMtools.html  

CLIMtools：基于网络的研究拟南芥基因型、表型和环境相关性的交互式数据库工具

http://bioinfo.bti.cornell.edu/cgi-bin/MetGenMAP/home.cgi 

Plant MetGenMAP：在生化途径的背景下全面挖掘和整合基因表达和代谢物变化的网络工具

http://itak.feilab.net/cgi-bin/itak/index.cgi  

iTAK：用于识别和分类植物转录因子和蛋白激酶的软件包

http://plantpan2.itps.ncku.edu.tw/

PlantPAN：检测植物转录因子结合位点的工具

http://guoweilong.github.io/SnpHub/  

SnpHub：用于探索大规模基因组变异数据的统一的网络服务器框架

致谢

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