教程 | 可视化 多组 基因差异表达分析 结果

写在前面

最近做了一些转录组数据分析。想想,上一次这么精细地分析转录组数据,都是三五年前的事情。整个实验设计是一个器官的不同发育阶段。按照最传统的做法,不同阶段,两两间进行差异表达分析,于是会产生系列比较组合。后续的分析,无非是集合分析,或针对一些感兴趣的通路或基因进行分析。
有一个图,我觉得还不错,可以快速判断哪些或者具体那个阶段的变化最大。此处先放图

图稿解读

从图稿中,我们可以看出相比于 Stage 1,随着器官发育,表达谱的差异也越来明显。综合全部,可以发现,最后一个阶段与其他阶段的差异最大。所以最后两个阶段的对比,或许最值得关注。

DEGs Dist Plot

之前,我可能会使用 Rggplot2 来绘制。但想来想去还是麻烦,于是用 JIGplot 简单画了一下(还可以支持交互)。尽管我设置了不少参数,但也暂时没有时间开发参数调整。先放出来给大家玩玩。

随后需要准备数据,格式如下:

简单来说,一共三列,以制表符分隔(Tab):

  • 第一列,比较组合

  • 第二列,上调基因数据

  • 第三列,下调基因数据

准备好文本文件,或者直接黏贴文本置入即可(界面打开即可看到 Demo 数据,可以试用)。

输出结果如下

关于颜色的调整,暂时就用 JIGplot 的交互式操作吧,还是比较简单。当然,也可以直接保存成 PDF 或者 SVG,直接使用 AI 或者 CDR 调整。

写在最后

Emmm,设置了不少参数,不过暂时没时间开放。或许先看看用的朋友多少再说。如果你用了,最好还是留言一下....

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