发表在nature protocol上的相互作用数据库是什么样子的(二)

昨天我们介绍了ConsensusPathDB的基本功能以及其在蛋白相互作用查找当中的使用。今天我们继续把ConsensusPathDB剩下的功能来进行介绍。2. 基因富集分析2.1 数据库输入对于这类可以预测其相互作用功能的数据库，一般都会具有基因的富集分析的模块。所以这个数据库也提供了富集分析的结果。同样的这个数据库对于富集分析的算法也分为：ORA以及GSEA两种分析。对于ORA以及GSEA的区别只是在于输入的不同，这个之前我们介绍过很多的次了，就不介绍了。不懂的同学可以查看：基因富集分析算法介绍。我这这里使用ORA来进行演示。在输入一系列的genelist之后。我们点击Rroceed即可。

2.2 背景数据库选择对于富集主要还是了解其分析的背景数据库。ConsensusPathDB总共支持四种背景数据库的分析。数据库名称简单描述基于网络的集合(NEST)蛋白相互作用当中以某一个蛋白为中心的分析通路相关数据库基于12个通路相关数据库的分析GO分析数据库基于GO分数据库进行的分析基于蛋白质复合物的数据集属于某一个蛋白复合物产物的数据集在这里我们就基于不同的目的来选择想要分析的背景数据集即可。例如我们可以选择通路分析

2.3 结果展示通过上面的选择，我们就可以得到想要的结果。结果是以表格的形式来进行展示的。同时结果也会有一个简单的词云来分析通路名称的出现频率。

最后也可以通过一个网络图的形式来进行展示

3. 代谢物富集分析代谢物的富集分析其实和👆基因的富集分析一样的。我们这里就说一下其背景的数据库只能做的是通路相关的分析。至于其他的则没有。结果展示和上面的结果也是一样的。

4. 蛋白相互作用分析这个功能其实类似于我们使用string来进行蛋白相互作用网络的构建。相较于STRING而言，这个数据库综合了多个数据库的结果，所以更加的可信吧。我们需要做的也是输入想要分析的基因即可。

相较于STRING的结果，这个数据库的蛋白相互作用图会显示具体的调控信息。同样的，我们可以通过export。下载具体的相互作用数据。这样也方便我们在其他工具比如：cytoscape里面进行网络美化

使用场景对于我们想要综合性的了解一个蛋白相互作用的时候，相比较被大家熟悉的STRING，可能这个我们能获得东西更多一些。另外在这个数据库提供了两个蛋白相互作用途径的检索。这个功能可以方便我们来寻找两个基因之间的相互作用关系。这类综合性的数据库其实最怕的是内置数据的滞后，但是查看其版本发现还是经常更新的，所以还是可以放心使用的吧。