什么是金三系统？
第一、金税工程是将一般纳税人认定、发票领购、纳税申报、税款缴纳全过程实现网络运行的信息化系统工程。
增值税防伪税控系统是运用数字密码和电子存储技术，强化增值税专用发票防伪功能，实现对增值税一般纳税人税源监控的计算机管理系统。
第二、金税工程由一个网络、四个子系统构成基本框架。
一个网络，就是从国家税务总局到省、地市、县四级统一的计算机主干网；
四个系统，就是覆盖全国增值税一般纳税人的增值税防伪税控开票子系统
覆盖全国税务系统的防伪税控认证子系统、
增值税交叉稽核子系统
发票协查信息管理子系统。
四个子系统紧密相联，相互制约，构成了完整的增值税管理监控系统的基本框架。
“增值税管理监控系统”的基本构成和主要功能：
一、增值税防伪税控开票子系统
增值税防伪税控开票子系统是运用数字密码和电子信息存储技术，通过强化增值税专用发票的防伪功能，监控企业的销售收入，解决销项发票信息真实性问题的计算机管理系统。
这一系统推行到所有增值税一般纳税人，也就是，所有的增值税一般纳税人必须通过这一系统开增值税发票。
税务机关配套使用的是增值税防伪税控系统金税卡和税控IC卡发行、发票发售和认证报税子系统。
二、防伪税控认证子系统
防伪税控认证子系统是对增值税一般纳税人申报抵扣的增值税发票抵扣联进行解密还原认证。
经过认证无误的，才能作为增值税一般纳税人合法的抵扣凭证。
凡是不能通过认证子系统认证的发票抵扣联一律不能抵扣。
三、增值税交叉稽核子系统
增值税交叉稽核子系统主要进行发票信息的交叉稽核和申报信息的稽核。
为了保证发票信息正确性，发票销项信息由防伪税控开票子系统自动生成，并由企业向税务机关进行电子申报；
发票进项数据通过税务机关认证子系统自动生成。
进项销项发票信息采集完毕后，通过计算机网络将抵扣联和存根联进行清分比对。
目前稽核的方法采取三级交叉稽核，即本地市发票就地交叉稽核，跨地市发票上传省级税务机关交叉稽核，跨省发票上传国税总局进行交叉稽核。
今后将在税收规模较大、增值税专用发票流量较多的区县增设稽核系统，实现四级交叉稽核的管理模式。
四、发票协查信息管理子系统
发票协查信息管理子系统是对有疑问的和已证实虚开的增值税发票案件协查信息，认证子系统和交叉稽核子系统发现有问题的发票，以及协查结果信息，通过税务系统计算机网络逐级传递，国税总局通过这一系统对协查工作实现组织、监控和管理。
第三、金税工程的背景
1994年我国实施了以推行增值税为主要内容的工商税制改革，但是，在推行增值税过程中，出现了犯罪分子虚开发票大量偷骗国家税款的问题。
为此，我们一方面大力打击以“金华县案件”为代表的犯罪活动，一方面研究增值税监管问题。
能否建立严密的监管体系关系到增值税的生死存亡，而增值税的命运对我国的经济发展有着非常重大的影响。
我们处在两难的境地：一方面我国不具备欧盟各国利用金融体系对企业资金往来进行监管的条件，因此对企业纳税申报难以实施有效的审核。
一方面如退回产品税，则会因重复征税严重损害商品、服务、技术、资本的市场运行机制，损害进出口贸易，总之损害社会主义市场机制的建设。
根据国务院领导同志的指示，我们坚持增值税改革方向不倒退，同时按照“科技加管理”思路建设具有中国特色的增值税监管体系：金税工程。
1994年开始实施的金税一期工程总体来说是有效的，对加强增值税征收管理起到了积极作用。
金税一期的实践给我们两点启示：首先必须保证信息真实性，依靠人工录入专用发票数据存在大量的人为错误；
其次试点的范围有限，当时只在50个城市建立了稽核网络，对其他地区的专用发票没有办法进行交叉稽核。
根据金税一期工程的经验，国家税务总局重新确定了金税工程的总体设计方案，并着重解决两个问题，一是信息的真实性问题，二是将金税工程覆盖到全国所有地区的一般纳税人。
第四、金税工程的作用
能有效防止假票；确保供货方真票申报纳税购货方才能抵扣税款；
提高对假票和未申报纳税发票的查处力度。
提高企业信用等级和商誉。
购货方对供货方信用有疑问的，可以在进项发票通过认证和交叉稽核之后再付款。
已有不少一般纳税人主动要求使用防伪税控开票子系统。
税务机关利用四级网络对每年约3亿份发票和120万户增值税一般纳税人的纳税申报数据进行逐级监控，然后分行业、分地区进行审核、评估和分析。
上级税务机关对下级税务机关贯彻落实税收政策、依法征税的行为进行监督和制约，下一级税务机关的各项执法行为均成为上级税务机关实时监控的内容。
第五、启动金税工程的原因
”金税工程”的启动，要从增值税说起。
1994年，我国实施了强力度的、结构性的、以推行增值税为主要内容的工商税制改革。
增值税实行环环抵扣的原则，避免了重复征税，是国际上普遍采用的先进的税收制度。
为适应增值税改革的要求，带好中国特色的增值税专用发票——这一特殊的发票形式应运而生。
用好管好增值税专用发票，成为税制改革的重中之重。
新税制实施的几年来，我国税收收入平均每年增长1千多亿元。国家每年95％的财政收入来自于税收，而税收收入中40％来自增值税，这一巨大成绩的取得，标志着税制改革的成功。
但增值税在运行过程中并不是一帆风顺，也潜含了危险。由于不仅能作为购销凭证，而且能够抵扣税款，这种双重性增加了增值税专用发票的重要性，也导致了它的危险性。
在利益的驱使下，一些不法分子采取虚开、代开、伪造专用发票等手段进行经济犯罪，造成国家税款的大量流失。
为打击犯罪，保护国家利益，国家税务部门开始从管理抓起，研究增值税的监管问题。
解决问题的出路有二条：
一是效仿欧盟各国，利用银行等金融体系对企业往来进行监管。
但是，由于我国在法律制度、社会保障、资信、网络建设等方面条件的不成熟，运用这种手段对企业的纳税申报难以实施有效的审核。
二是按照“科技加管理”的思路，加快税务部门管理信息化的进程，建设具有中国特色的增值税监管体系——“金税工程”。
权衡利弊，税务主管部门认为，后者是较为理想的选择。
我国有实施“金税工程”的基础。
从80年代末开始，就在不断加大税收征管方面的技术含量。随着计算机等通讯工具在税务系统的广泛应用，整个“八五”期间，全国税务系统在电子化方面共投资20多亿元，到1995年底，全国税务系统共有6900个税收征收单位实行了电子化运行，1995年全国税务系统使用计算机征收的税收数额已达到了1800亿元。
金税工程的现实意义
“金税工程”运用了一个会计常识，即销售方开具的4联发票，尤其是抵扣联和存根联所登录的数据必须一样，否则增值税进项税额不予抵扣。
税务机关可以对增值税一般纳税人的纳税申报材料实施即时的监控，对所有的增值税专用发票和一般纳税人的经营行为、纳税行为，可以随时掌握、分析、监督，全国的增值税一般纳税人的情况和其所使用的增值税专用发票的信息都进入了规范性的程序之中。
开假发票、开“大头小尾”阴阳票等偷逃国家税款的行为将无处遁形。
“金税工程”的防伪税控系统正是从这些方面堵住了税款流失的漏洞。
同时，“金税工程”可以和提高企业信用等级以及商誉挂钩。
当购货方对供货方信用有疑问时，可先使进项发票通过认证和交叉稽核之后再付款，这样销货企业为及时收回款项，就回不断提高自己的信誉度，从而促使所有企业的信用水平普遍提升。
“金税工程”实施以来，已有越来越多的增值税一般纳税人主动要求使用防伪税控开票子系统，说明这套系统再实际运用中对提高企业商誉的作用是明显的。
“金税工程”的另一个重要作用，是可以有效地防范和遏制腐败行为。
由于“金税工程”的另一个重要作用，是以国家税务总局、省级国税局、地市国税局、县级国税局4级网络为依托，上级税务机关贯彻落实税收政策依法征税的行为进行监督和制约，下一级税务机关的各项执法行为均纳入了上级税务机关的监控，从而保证了税务人员执法的透明性和公证性，有利于税收队伍建设和防止腐败现象的产生。