自身免疫性疾病（Autoimmune Disease，AID）其总体发病率约占全世界人口的3%~5%，其中美国高达5%~8%，我国也大约有4千万人口罹患此病，自身免疫性疾病的致残率和致死率极高。
众所周知，人体的免疫系统非常强大，我们的皮肤、抗菌蛋白、扁桃体和免疫细胞等构成了覆盖全身的防卫网络，抵御了不计其数的细菌和炎症。
正常情况下，机体免疫系统是认得出“自己人”的，对自身组织成分不发生免疫反应和攻击。当机体受内外因素或遗传因素影响，免疫系统就紊乱了，形象地说，就是自己的免疫系统产生抗体而攻击自己身体里面的健康细胞，不仅对自身成分发生免疫反应，还会导致组织器官损伤或者功能障碍，这类疾病就叫做自身免疫性疾病。
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自身免疫性疾病的种类繁多并且分类较复杂，目前已识别非科学性定义的自身免疫性疾病有超过80多种，许多常见疾病均为自身免疫性疾病。
主要包括系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、银屑病、干燥综合征、克罗恩病、多发性硬化症、多发性肌炎/皮肌炎、甲状腺功能亢进、重症肌无力、硬皮病、自身免疫性肝炎等等。
1、发病人群广泛，一般女性多于男性，表现多组织器官损伤或者功能障碍；
2、发病机制比较复杂，且大部分疾病的发病原因并不完全清楚；
3、一般病程较长，多迁延为慢性，病程中病情发展和缓解呈反复交替现象；
4、与免疫反应有关的病理变化，淋巴细胞和浆细胞浸润为主的慢性炎症；
5、大多数疾病尚无根治方法，不过及时、正规的治疗可以明显改善症状、减轻疾病进展，激素和免疫抑制剂治疗可取得一定疗效。
临床上目前治疗自身免疫病常用的治疗方案除了控制发病诱因，如抗感染、避免日照和过度劳累等外，主要利用糖皮质激素、抗炎药和各种免疫抑制剂，抑制免疫细胞的功能和免疫反应的各个环节，均为非特异性抑制作用，来削弱机体的免疫反应来减轻组织损伤。这些治疗手段均在一定程度上能控制病情的继续发展，但仍有部分患者疗效欠佳，且免疫抑制剂抑制了患者的所有免疫功能，毒副作用较大。
科学家们一直致力于自身免疫性疾病的临床研究，试图通过新的干预机制来治疗自身免疫性疾病。凭着科学家孜孜不倦的精神，“干细胞疗法”被发掘，对自身免疫性疾病有良好的效果！间充质干细胞具有自我更新和多向分化潜能，在不同的诱导条件下，可分化为成熟的功能细胞，替代和修复死亡、受损细胞，在近年的研究中间充质干细胞表现出良好的免疫调节和组织修复的作用。
自身免疫性疾病存在免疫异常，MSC可以在自身免疫性疾病的发病机制环节发挥作用。因此MSC对于自身免疫性疾病的治疗优势不仅在于其具有的免疫调节作用，还具有优秀的抗炎症能力，治疗效果和前景都非常可观。
1.间充质干细胞（MSCs）在治疗系统性红斑狼疮（SLE）的临床方面，研究表明MSCs能抑制SLE患者来源的T细胞增殖，促进T细胞向调节性T细胞转化，诱导免疫耐受,有望成为治疗SLE的细胞疗法。2.间充质干细胞治疗类风湿性关节炎（RA）的临床试验方面，研究表明，MSCs一方面能够抑制T细胞增殖，另一方面，MSCs可升高抗炎细胞因子IL-10和IL-4的分泌水平，有助于抑制T细胞的活性和促炎细胞因子的产生，继而减轻关节炎的症状和软骨的损害。3.系统性硬化症是自身免疫相关性中枢神经脱髓鞘疾病。研究人员对5例系统性硬化症受试者进行干细胞疗法。移植后5例受试者皮肤厚度降低，血清抗核抗体水平显著下降，无移植相关不良反应，生活质量显著改善。
