教你画一个掰弯的热图（Heatmap），展示更多的基因表达量

难道，这不像孔雀开屏吗？

写在前面

组学数据已经泛滥，但是信息的挖掘仍任重道远。顺手的工具，可以节省使用者尽可能多的时间，或者将看起来很复杂，很难以完成的事情，变得非常简单。
图形的掰弯，这个是我很久以前已经实现的功能，当然这个功能的灵感（而不是实现逻辑）来至《The Grammer of Graphics》（这本书也是R包ggplot2的实现基础）。图形的掰弯，正如本公众号早前的推文介绍，事实是笛卡尔坐标系像极坐标系转换的过程。坐标的转换是一个事情，而图形的变换是另一个事情，比如矩形要办成中空的扇形等。
热图，我已经不止一次谈及，如果早前有关注生信札记公众号的朋友，那么应该知道，TBtools有两个热图功能，Amazing Heatmap和Fancy Heatmap Browser，各有所长。一般用过的人，大部分时候都会觉得真的是Amazing。后者目前似乎用的人不多，不过我们课题组有一些相关成果会应用上。或许有时候，过于非常规的出图逻辑（往往也是更优秀的发表级图片）并不能为多数人所接受。所以没有人用，也是意料之内。
优秀的人，总是会突破已有局限的。
我写Amazing Heatmap在先，而后续才实现了掰弯逻辑。掰弯逻辑的实现，本身是为了Circos图工具的实现。但是我并没有想到，会有TBtools用户在我之前挖掘出了掰弯的热图的使用逻辑。
掰弯的热图，目前已可在数个已发表工作中见到。往往，使用这一功能的目的，可能是尽可能展示更多的基因。这个需求其实很容易产生。有时候，我们展示十几个基因，那么常规的矩形热图效果就很不错；但是，当基因数目上升到数十上百，那么可能图版就不好放下。此时，圆环状的优势就会体现出来。

工具的使用

首先，应该升级TBtools到最新版本，然后，还是打开Amazing Heatmap这个工具

然后输入数据，我直接用一个好基友的数据（屏蔽了样品和基因名字），

于是得到下图，

恩，基因数太多，一般可以缩小文字，当然，更多的时候，是调整图片的大小，同时也调一下配色，得到下图

很明显，此时图片太长。

掰弯这个热图和聚类树

第一步是，大概调整一些文字与图形的距离，主要原因是文字总归是文字，使用的空间与我们图形元件使用的空间不同，所以距离需要自己多试试..., 我同时也调整了树的宽度

首先是一个提示操作，TBtools的所有图片是交互的，原本图是这样的

在图形外的空白处，鼠标右击两次，可显示隐藏元件

可以看出这个图片是之后包含几个Panel，如聚类树的Panel，和热力图矩形的Panel，大体了解了Panel的位置之后，鼠标右击两次，恢复隐藏模式
开始掰弯热图
以下关键操作，
键盘摁住Shift键不放手，鼠标左键分别单击热图的TilePanel，和TreePanel，大概是下述两个位置。这样就同时选择了两个Panel，

摁住Shift键不放，鼠标右键TilePanel，此时会出现菜单，选择

随后在弹出菜单中，设置自己需要的极坐标的参数，

这些参数，可以依据自己需要，不断细调。具体就看个人需要了
比如你看都不想看到一个gap

只是，这个有什么用吗？
当然，可能不要忘了，Amazing HeatMaps，是可以自定义树结构的。

一些无关紧要的事情。

其实，如果你确实花时间去了解一个工具，那么并不会有那么多使用问题。如果有，那么一般是你想要使用别人甚至是开发者的时间来实现你的梦想。既然如此，其实你需要做的是考虑支付一定额度的酬劳。
真正做事情的，往往遇到问题，会自己找到解决办法。比如这位朋友，自己搞定一个图，最后整到微信头像上

比如，我并没有写这个教程，但是看到朋友圈，别人自己自然就可以使用TBtools绘制出来

很多时候，完成一件事情，使用一个工具，达成一个目的，需要的或许是解决问题的思维，而不是问到的就是学会的。

写在后面

近日，事情挺多的。或许生物学问题值得做的事情已经很多了，写工具已经放在第二甚至第三位。正如我们所看到的，过得好的，更多的还是做生物学问题的，而不是写工具的。
当然，写工具，本身也是为了解决生物学问题，只是为谁解决生物学问题，这是一个需要问自己的问题。