cytoscape的十大插件之四--BiNGO插件
五一劳动节，连续五天，在钉钉群直播互动授课带领大家系统性掌握cytoscape软件的使用方法和技巧！见：生信必备技能——Cytoscape
BiNGO插件
基因富集分析是我们做生物信息学最常用方法。一般有很多可分析的工具，网页版DAVID，R包clusterProfiler，pathfindR等等。各种工具都有不同的优缺点，而cytoscape的BiNGO插件呢，除了给出富集分析结果外，还会以网络图的形式展现出来，非常美观！
操作演示
1. 插件下载：我的是3.7.2版本
下载安装的插件方法都一样，都是通过点击 Apps→App Manager在 Search中输入所需要的插件：BiNGO。之后点击右下角的install，因为我已经下载好了所以这边是显示灰色。再回到点击 Apps载入BiNGO就可以了
2. 应用及保存
点击 Apps载入BiNGO，出现以下页面
Select organism/annotation: 选择对应物种，可选择Homo sapiens人类，具体根据课题修改 Save: 保存地址选择 Cluster name: 需要新命名的文件名字
Paste genes from text: 黏贴需富集基因的ID
Select a multiple testing correction: 检测方法：一般是默认的多重校正方法，效果更好
Choose a significance level: 显著性阈值，默认是0.05，可根据课题调整为0.01或其他
Select ontology file: 选择想注释GO数据库哪个类型（CC,MF,BP，也可以全部都做Full）
3. 注意事项
关于【Paste genes from text: 黏贴需富集基因的ID】
一般推荐Entrez GeneID，更稳定
参考文献：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/21/16/3448/216306
如果不是的话，需要现在R语言进行转换，利用clusterProfiler包
library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
df <- bitr(unique(deg$symbol), fromType = "SYMBOL",
toType = c( "ENTREZID"),
OrgDb = org.Hs.eg.db)插件有个关键文件：organism/annotation（物种注释文件）
搜索不同物种间的注释信息
http://geneontology.org/docs/download-go-annotations/
由于选项没有你所要求的物种，就需要去GO官网下载对应信息。
物种注释文件： 点击
Custom载入对应文件载入
4. 结果
输出一个bgo格式文件，可以用Notepad++打开
x：搜索基因中属于此类GO功能基因的个数（与后面列出基因对应）
n：此GO功能基因的总个数
X：GO功能基因中含搜索基因个数
N：GO功能基因的总个数
黄色的圈是显著富集的GO功能。圈越大，代表富集到功能里面的基因越多。颜色越深，P值越小。
5. 心得
查了文献，发现BiNGO都和DAVID或者clusterProfiler联合使用。 一般在建立网络，求出hub gene或者在其他对基因数量处理的方法下对少量基因进行BiNGO分析，感觉这样可视化出来的网络图更加美观，同时也可以求出富集通路。 更详细的插件介绍可参考官网 https://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Tutorial.html