非居民企业计算预提所得税时与扣除相关政策规定
政策依据——财税[2008]130号 财政部、国家税务总局关于非居民企业征收企业所得税有关问题的通知
按所得类型计算应纳税所得额
《企业所得税法实施条例》中有关非居民企业计算缴纳所得税的规定：
一、《企业所得税法》第三条第三款规定，非居民企业在中国境内未设立机构、场所的，或者虽设立机构、场所但取得的所得与其所设机构、场所没有实际联系的，应当就其来源于中国境内的所得缴纳企业所得税。
二、《企业所得税法》第十九条规定按所得类型，依照下列方法计算其应纳税所得额：
（一）股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得，以收入全额为应纳税所得额；
（二）转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额；
（三）其他所得，参照前两项规定的方法计算应纳税所得额。
三、《企业所得税法实施条例》第一百零三条规定依照企业所得税法对非居民企业应当缴纳的企业所得税实行源泉扣缴的，应当依照企业所得税法第十九条的规定计算应纳税所得额。
财税[2008]130号进一步明确“根据《中华人民共和国企业所得税法》第十九条及《中华人民共和国企业所得税实施条例》第一百零三条规定，在对非居民企业取得《中华人民共和国企业所得税法》第三条第三款规定的所得计算征收企业所得税时，不得扣除上述条款规定以外的其他税费支出”。再一次重申了非居民企业计算缴纳企业所得税时，不得随意扣除相关税费，对比以往的规定，预提所得税计算方法有了重大变化。
租金和特许权使用费的营业税金不再允许扣除
《企业所得税法实施条例》规定股息、红利等权益性投资收益和利息、租金、特许权使用费所得的收入全额是指非居民企业向支付人收取的全部价款和价外费用。不但不能扣除相关税费，还要考虑相应的与收入有关随之收取的价外费用。如特许权使用费，还应包括与专利权、非专利技术和其他特许权利相关的图纸资料费、技术服务费和人员培训费，以及其他相关费用。
非居民企业发生流转税应税业务时缴纳的流转税金也是预提所得税扣缴义务人的扣缴项目。以营业税为例，《国家税务总局关于外国企业向我国转让无形资产征收营业税问题的批复》（国税函发[1998]797号）规定：“未在我国境内设立机构的外国企业，其应纳的营业税税款，根据细则第二十九条第（一）款的规定，由代理者代扣代缴；没有代理者的，以受让者或者购买者代扣代缴。这里所说的由代理者代扣代缴税款，是指外国企业通过代理者与境内购买者结算价款的，由代理者作为扣缴义务人。如外国企业不通过代理者与境内购买者结算价款，则仍由受让者或购买者代扣代缴。”这就明确了外国企业缴纳营业税时的扣缴义务人。
与原《外商投资企业和外国企业所得税法》规定能扣除营业税的规定相比，新《企业所得税法》有关非居民企业所得税的扣除项目有了重要的变化。以对外国企业出租中国境内的房屋、建筑屋取得的租金收入为例，原《外商投资企业和外国企业所得税法》规定可以扣除营业税支出。新《企业所得税法》则取消了该项规定，要求以收入全额申报纳税。
对于没有在中国设立机构、场所而在中国境内有房屋、建筑物的外国企业，中国境内的房屋、建筑物承租方作为扣缴义务人就应当注意，在为外国企业依法扣缴营业税后，再扣缴预提所得税时就不能再扣除营业税，而应以与营业税相同的计税依据来扣缴所得税，不能少扣，以免给自己带来不必要的涉税风险。
关于特许权使用费，根据财税[2008]130号的规定，非居民企业取得特许权使用费计算预提所得税时不能再扣除营业税税额。
转让财产所得计算只能扣除财产净值
关于转让财产所得，对比原来外国企业预提所得税的计算，主要有如下变化：原《外商投资企业和外国企业所得税法》规定转让在中国境内的房屋、建筑物及其附属设施、土地使用权等财产而取得的收益是指转让收入减除该财产原值后的余额。外国企业不能提供财产原值的正确凭证的，由当地税务机关根据具体情况估定其财产的原值。新《企业所得税法》则规定非居民企业转让财产所得，以收入全额减除财产净值后的余额为应纳税所得额。
在财产转让过程中，根据财产性质的不同，可能产生各类税收和费用项目。如土地使用权转让过程中就可能涉及土地增值税、营业税以及改变土地用途向政府补缴的各类费用和补偿金等，这些处置过程中产生的各类税费都不能成为预提所得税的扣除项目，不能用居民企业的财产转让所得标准来处理非居民企业的预提所得税计算，尤其是扣缴义务人，必须准确计算应扣缴的预提税。