如何在半小时内轻松搞定热图？

在数据挖掘类的文章中，有一个图必不可少，那就是热图。热图的一大作用就是直观展示重点研究对象表达量的数据差异情况（如不同靶向基因在不同肿瘤中的表达情况），通过颜色的深浅来显示表达量的多少。热图通常用于前期筛选课题，可直观找出差异表达的对象（如靶向基因）。在基因数据分析、生物组学以及相关性分析中有很广泛的应用，一张精美的热图能为文章加分不少，提高文章的档（bi）次（ge）。

这里给大家推荐一款作图利器——graphpad prism。除了制作常规散点图，柱形图、饼状图以外，graphpad prism制作热图也是分分钟的事。

和其他软件比较，graphpad prism至少有4个优点：

1. 无需代码，这点很关键；

2. 操作简单且省时；

3. 容易理解学得快；

4. 做出的图片精美，妥妥的满足论文发表要求。

话不多说，下面罗叙阿加西就用graphpad prism 8带领大家在半小时内搞定一份精美的热图！

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下载并安装graphpad prism 8

首先要下载并安装graphpad prism 8，正版的需付费，不然只能免费试用一个月，但是网上有很多破解版的可供下载，都十分方便，就不赘述了。

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正确选择图表类型

安装后，双击打开graphpad prism 8，进入首页。

左侧橙色框里显示的是我们要选择的图表类型，点击“Grouped”，然后进入数据输入界面。

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数据的输入

右侧绿框显示的是输入数据的表格，里面的数据可以手动输入，也可以将准备好的excel里的数据copy（复制），paste（粘贴）进去。左侧红框依次显示的是数据表格（data table），统计分析结果（results）和最终的图像（graphs）。

这里我们将事先准备好的数据导入表格。

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绘制热图

点击Graphs文件下的Data1（红色箭头所示），选择heat map，有四种基础颜色方案可供大家选择。

根据自己的需求选择方案。这里选择了第四种图像（红框）。点击OK

就可以看到初步生成的图像了。

大家可以看到，这样生成的图片还不够美观，坐标都是用数字或字母来显示，我们可以进一步编辑。双击字母、数字或图形进入Format Graph 界面（之后我们会一直用到这个界面）：

根据上面的图片操作，将Row Lables中的Lable选择为Row title，Column Lables中的Lable选择为Column title，并将水平（Horizontal）改成Angel（45 degrees），选择Graph settings，将cell borders勾上。点击Apply。

即可出现带有单元格边界的热图啦！

下面为大家演示一下，如何将横坐标改到上方。

做到这，热图就已经搞定了，其质量也达到了SCI发表的要求。是不是非常简单省时呢？可能有些小伙伴还不知道热图该如何解读。首先，每个小方格表示一个基因，颜色的不同表示不同基因表达量的大小，表达量越大，颜色越接近图示上端的颜色（根据图示，红色为上调，绿色为下调），由此我们可以知道某些基因在某些肿瘤是高（低）表达。此外，我们还能直观的看到某个基因在各个肿瘤的表达情况，以及某个肿瘤不同基因的表达情况。十分的直观！举例说明，如上图，我们可以看到EGFR基因在F cancer是高表达的（即上调），也可以知道ROS基因在H cancer是低表达的（即下调）。

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数据的导出

最后一步就是图片导出啦，graphpad prism的图片导出十分简单。可以导出绝大多数常用的形式，点击红框所示的Export。

进入导出界面，在File format选择导出的格式，可供选择的格式如下：

还可以选择图片的清晰度，DPI可以选择100、300、600、1200, 满足所有杂志需求。

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小扩展

大家可在Format graph界面中多挖掘功能，每个按钮都可以点击试试，这里我给大家介绍一下如何在热图中增加间隔，使其分开呈现。

依旧在Format graph界面，选择Gaps，vertical gaps表示增加垂直的间隔，horizontal gaps表示增加水平的间隔。如上图所示，我们选择在每一行之间都增加间隔，点击apply。得到下图。

大家可依次试试勾选不同选项，图片会发生什么变化哦！

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总结

本文向大家演示了如何通过graphpad prism8绘制精美的热图， 操作简单又省时，半小时内即可搞定！本文的流程图如下：