不用编程，怎么样挖掘TCGA？

论文题目：

High ECT2 expression is an independent prognostic factor for poor overall survival and recurrence-free survival in non-small cell lung adenocarcinoma

论文摘要：（Goole翻译）

不同亚型的非小细胞肺癌（NSCLC）具有不同的起源部位，组织学，遗传和表观遗传学改变。在这项研究中，我们探讨了ECT2的机制失调，并比较其在肺腺癌（LUAD）和肺中的预后价值鳞状细胞癌（LUSC）。另外，我们还研究了ECT2的富集在LUAD和LUSC的KEGG通路中共表达基因。生物信息学分析是

基于来自癌症基因组图谱（TCGA）-LUAD和TCGA-LUSC的数据进行。

结果显示ECAD2表达显着上调LUAD和LUSC与正常肺组织比较。 ECT2表达显着高于LUSC比在LUAD。 LUSC中ECT2 DNA甲基化水平显着降低比LUAD。在5％的LUAD和51％的LUSC病例中观察到ECT2突变。扩增是主要的改变。具有ECT2扩增的LUAD患者具有无病生存率显着更差（p = 0.022）。高ECT2表达相关联总生存率（OS）（p <0.0001）和无复发生存率（RFS）（p = 0.000）0.001）在LUAD患者中。然而，这些关联在患者中未被观察到

与LUSC。以下单因素和多因素分析显示，高ECT2表达是OS差的独立预后因素（HR：2.039,95％CI：1.457-2.852，p <0.001）和RFS（HR：1.715,95％CI：1.210-2.432，p = 0.002）但不在LUSC患者中。 LUAD和386中共有518个与ECT2共表达的基因在LUSC中与ECT2共表达的基因中，重叠聚类中仅有98个基因。在LUSC中没有观察到与LUAD中的KEGG途径相关的一些基因。这些差异可能有助于解释LUAD和ECT2的不同预后价值LUSC，这也值得进一步研究。

通常做TCGA数据挖掘都要大量的编程，但是作者只用了三个网页工具，没有用任何编程：

工具1：FireBrowse

网址：http://firebrowse.org/

工具2：UCSC Xena browser

网址：https://xenabrowser.net/

工具3：cBioPortal

网址：http://www.cbioportal.org/

我们来看看作者做了那些内容：

1、确定ECT2在肺腺癌和肺鳞癌的表达比正常组织高

2、确定ECT2的甲基化在肺鳞癌比肺腺癌低，而DNA扩增比肺腺癌高

3、确定ECT2 DNA突变与肺腺癌严重的无病生存相关，但与肺鳞癌无关

4、确定ECT2高表达能做LUAD中差的OS和RFS的独立预后因素，但在LUSC患者中不能

5、ECT2 共表达基因的KEGG分析

通过以上分析，确定ECT2能作为非小细胞肺腺癌的预后因子。