[医学图像处理] Python SimpleITK软件包常用参数与使用方法分析 - 程序员大本营

目前在使用深度学习进行医学图像处理，主要进行肺部结节检测，在预处理时经常会使用到SimpleITK软件包，它是一个很好用的读取医学图像信息软件包。

SimpleITK

Insight Segmentation and Registration Toolkit (ITK)是一个开源、跨平台的框架，可以提供给开发者增强功能的图像分析和处理套件。其中最为著名的就是SimpleITK，是一个简化版的、构建于ITK最顶层的模块。SimpleITK旨在易化图像处理流程和方法。

目前常用的代码有如下几种：

itk_img = SimpleITK.ReadImage(path)    img_array = SimpleITK.GetArrayFromImage(itk_img)    print("Img array: ", img_array.shape)               #读取图像大小    origin = numpy.array(itk_img.GetOrigin())           #读取图像原点坐标    print("Origin (x,y,z): ", origin)    direction = numpy.array(itk_img.GetDirection())     #读取图像方向    print("Direction: ", direction)    spacing = numpy.array(itk_img.GetSpacing())         # 读取图像尺度信息    print("Spacing (x,y,z): ", spacing)123456789101112

下面分别分析一下上面用到的几个信息：

1. SimpleITK.ReadImage(path)

最简单的在path中读取图像信息，一般读取格式为mhd文件与dicom文件

2. SimpleITK.GetArrayFromImage(itk_img)

将读取出来的图像信息用像素值表示出来

如上为读取出来的数组，底下的shape就是整个读取出来的图像大小，如此图为长宽分别为512，深度为109的图像。

3. itk_img.GetOrigin()

此操作为读取图像的原点信息，因为每张图像的不同，它的位置也与原点的距离不同，如此图：

4. itk_img.GetSpacing()

此操作为读取图像的体素大小，我觉得这个数值更像尺度一些，每张图都不同

本图z的尺度为2.5，意思就是每1mm显示为2.5个深度。

5. itk_img.GetDirection()

此操作为读取图像方向，一般一系列图像都是同样的：
[1., 0., 0.,
0., 1., 0.,
0., 0., 1.]

6. 具体分析一下Origin与Spacing：

上面两图很好的诠释了Origin与Spacing与图像的关系

赞 (0)

相关推荐