如何从零开始拆解一篇肿瘤生信文章,并化为己用 2024-04-10 23:39:50 上次笔者大概讲解了一些生信文章中常见的图片类型(收藏!举一反百的通路图解读法)。那么,今天笔者就以一篇 SCI 文章为例,带各位小可爱看一看怎么才能更快 GET 一篇近期发表的生信分析文章中主要讲了些什么,以及我们该如何学习大佬的思路并化为己用。今天,用来举例的这篇文章是发表在 International Journal of Molecular Sciences 的A Comprehensive Bioinformatics Analysis of UBE2C in Cancers(DOI:10.3390/ijms20092228),影响因子在 4.5,是纯生信文章中还不错的分数辣。至于为什么又是肿瘤?别问,问就是肿瘤撑起了生信分析文章的四分之三壁江山。当然,在读文章和读图之前我们还是要对文章进行一个概念化的认识。通过大致阅读摘要,我们可以获知:UBE2C 是一种泛素化的共轭酶,作者通过两个数据库——TCGA 和 GTEx,发现这个酶的表达和肿瘤的不良预后相关,并且筛选出了一些之前不太有研究的、和 UBE2C 相关的一些基因靶点。在这里笔者提出一个小建议,各位小可爱不妨在读完摘要后,代入自身视角先思考一下:如果是你们进行这项研究,会通过哪几部分结果,用什么样的分析方法来验证并且得出摘要中所提出的结论。然后,再带着思路去阅读文章,对比作者是怎么样证明的。这个小技巧非常有助于科研思维和逻辑的培养,对以后做实验和写文章都很有帮助。比如这篇文章,我们至少可以提出以下三个推断:1)UBE2C 在肿瘤中存在差异性表达(表达量统计学分析);2)UBE2C 的差异性表达会影响肿瘤的预后(生存分析);3)与 UBE2C 表达变化的上下游相关基因和他们的生物过程(蛋白互作分析,富集分析); 图 4(来源:文献图 3) 赞 (0) 相关推荐 最新5+生信思路 21天接收! 肿瘤和非肿瘤均适合 文章名:Identification of Key Genes With Differential Correlations in Lung Adenocarcinoma 投稿到接收只有21天!!! ... 一篇最基本生信分析文献解读 利用一周多的时间,我们把最最基本的生信套路来讲解了一遍.正好前几天一个小伙伴拿了一篇相关文献在咨询问题.这里就拿这篇文献来总结一下我们目前写的这些东西. 这次我们来讲解的这边文献是2019-10-12 ... 肿瘤免疫治疗的故事(第1-5期导读) 自作者2020年6月17日在"今日头条"<奇云空间>头条号推出长篇连载<肿瘤免疫治疗的故事>以来,至今已连载15期. 为方便读者朋友回顾浏览<肿瘤免疫 ... 导师放养,临近毕业一篇文章都没有,该怎么办? 最近几天,总遇到粉丝说:"导师放养,临近毕业一篇文章都没有,自己不知道怎么办?"遇到这种情况,自己可以学习一些不用做实验.不用经费就可以发文章的技巧,例如临床预测模型.纯生信数据挖 ... 跟你们说,这样子的非肿瘤生信也很好发 考虑到很多人会去看全文,所以这里就直接上链接和文章标题,以方便大家进行查找全文: Identification of Key Genes and the Pathophysiology Associa ... 肠道菌群失调在帕金森病中的作用:机制观察和治疗选择 如您看了某篇最新发表的高分文章的创新思路与漂亮图表,让你心里很痒痒,想模仿这篇文章的生信分析的套路, 如何来学呢? 宋伟老师简介 个人成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请:肺癌.胰腺 ... 都在这里了!59篇生信文章复现合集,解锁你的发文章的密码! 都在这里了!59篇生信文章复现合集,解锁你的发文章的密码! 如何利用生信快速蹭热点发文章-满堂红 如何用生信分析快速蹭热点? 下面举一个例子: 2019年CD96发了一篇文章,研究了它作为免疫检查点的作用 2020年就有一篇CD96在胶质瘤中的生信分析 2021年有一篇该基因的泛癌生信分析,我们之 ... 太好了,这个数据库可以搞非肿瘤数据挖掘 这篇文章发表在J Cell Biochem,一个非常喜欢生信数据挖掘的期刊,该期刊影响因子2.959,准三分的文章,文章链接:DOI: 10.1002/jcb.27741 文章套路都是常见的套路: 1 ... 看完这篇非肿瘤的生信数据挖掘,你还会觉得难吗 请注意了,请注意了,请注意了,重要的事情说三次,这篇文章不是n年前的,而是2020年4月份发表的,是非常新的一篇文章. 有人抱怨本公众号天天分享的范文都是肿瘤数据挖掘的,就不能分享一下非肿瘤的数据挖掘 ... 纯生信数据挖掘,就不能发高分一点的文章? 最近有人问我们,纯生信数据挖掘能不能发高分一点的文章?答案是可以的.那怎么样发呢 ?GEO+Oncomine,或者TCGA联合Oncomine(本套路适合肿瘤数据挖掘,非肿瘤数据挖掘是没有较高的深度) ... 为什么依然这么多人搞meta分析? 为什么现在这么流行生信数据挖掘和临床数据挖掘,身边依然还是很多人在做meta分析?此外,已经有部分单位不承认meta分析,实行三不政策(不能用来毕业.不能用来普升.不进行奖励).面对这种情况,周边依然 ...