如何从零开始拆解一篇肿瘤生信文章,并化为己用

上次笔者大概讲解了一些生信文章中常见的图片类型(收藏!举一反百的通路图解读法)。
那么,今天笔者就以一篇 SCI 文章为例,带各位小可爱看一看怎么才能更快 GET 一篇近期发表的生信分析文章中主要讲了些什么,以及我们该如何学习大佬的思路并化为己用。
今天,用来举例的这篇文章是发表在 International Journal of Molecular Sciences 的A Comprehensive Bioinformatics Analysis of UBE2C in CancersDOI:10.3390/ijms20092228),影响因子在 4.5,是纯生信文章中还不错的分数辣。
至于为什么又是肿瘤?别问,问就是肿瘤撑起了生信分析文章的四分之三壁江山。
当然,在读文章和读图之前我们还是要对文章进行一个概念化的认识。通过大致阅读摘要,我们可以获知:
UBE2C 是一种泛素化的共轭酶,作者通过两个数据库——TCGA 和 GTEx,发现这个酶的表达和肿瘤的不良预后相关,并且筛选出了一些之前不太有研究的、和 UBE2C 相关的一些基因靶点。
在这里笔者提出一个小建议,各位小可爱不妨在读完摘要后,代入自身视角先思考一下:
如果是你们进行这项研究,会通过哪几部分结果,用什么样的分析方法来验证并且得出摘要中所提出的结论。然后,再带着思路去阅读文章,对比作者是怎么样证明的。
这个小技巧非常有助于科研思维和逻辑的培养,对以后做实验和写文章都很有帮助。
比如这篇文章,我们至少可以提出以下三个推断:
1)UBE2C 在肿瘤中存在差异性表达(表达量统计学分析);
2)UBE2C 的差异性表达会影响肿瘤的预后(生存分析);
3)与 UBE2C 表达变化的上下游相关基因和他们的生物过程(蛋白互作分析,富集分析);
图 4(来源:文献图 3)
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