土地征收补偿，增值税还有两大操作问题需要注意
近日，财政部、国家税务总局发布的《财政部 税务总局关于明确无偿转让股票等增值税政策的公告》（财政部 税务总局公告2020年第40号 ），对于土地征收中，给予各种补偿款是否征收增值税的问题给予了明确，澄清了很多争议性问题：
1、青苗补偿费是否要按销售不动产征税。其实，这个问题在营业税时代就一直存在。在已经废止的《国家税务总局关于征用土地过程中征地单位支付给土地承包人员的补偿费如何征税问题的批复》（国税函[1997]87号）规定：对土地承包人取得的土地上的建筑物、构筑物、青苗等土地附着物的补偿费收入，应按照《中华人民共和国营业税暂行条例》的“销售不动产━━其他土地附着物”税目征收营业税。青苗补偿费按照销售不动产征收营业税，实际上，这个文件发布后，全国原先地税机关对于青苗补偿费真的按照销售不动产征收营业税的案例寥寥无几。后期，总局纳服司在类似政策解答中也明确了，根据《关于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者行为营业税问题的通知》（国税函[2008]277号）规定，纳税人将土地使用权归还给土地所有者时，只要出具县级（含）以上地方人民政府收回土地使用权的正式文件，无论支付征地补偿费的资金来源是否为政府财政资金，该行为均属于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的行为，按照《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）规定，不征收营业税。根据《土地管理法》规定，征用土地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费。由此可见，青苗补偿费不征收营业税。所以，青苗补偿费过渡到增值税后没有任何争议。
2、争议在于对于地上建筑物、构筑物的补偿是否需要按照销售不动产征税。对于这个问题，在营业税时代实际就有两种观点。第一种观点是“房随地走”，如果是国家征收土地，土地使用权已经收归国有，自然就不存在针对房屋、构筑物的补偿属于销售不动产行为，也就不征收营业税。第二种观点是，如果县级以上人民政府或国土部分收回土地，对于土地补偿不征收营业税，但是对于地上房屋补偿（注销房产证）、地上构筑物、附着物补偿仍应该按照销售不动产征收营业税。这个延续到增值税时代还是存在。有些地方税务机关认为，土地政府收回，给予的地上建筑物、构筑物、设备的补偿不需要征收增值税。但也有地方认为，这里要分别按照建筑物、构筑物和设备分别征收增值税。
今年，财政部、国家税务总局2020年40号公告把上述争议全部消除了：土地所有者依法征收土地，并向土地使用者支付土地及其相关有形动产、不动产补偿费的行为，属于《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》（财税〔2016〕36号印发）第一条第（三十七）项规定的土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的情形。
那按照40号公告的规定，只要是土地所有者依法征收土地，给予土地使用人土地、有形动产（设备、货物等）和不动产的补偿都可以免征增值税。
这里，第一个问题需要注意的是，财税〔2016〕36号对于土地使用者将土地使用权归还给土地所有者的情形不是给予的“不征收增值税”待遇，而是给予的“免征增值税”的待遇。那土地使用权将土地使用权归还土地所有人时，涉及不动产、有形动产补偿免增值税，那是否需要进项税转出呢？如果按照规定，这个就需要按规定进行进项税转出。其中，涉及货物的部分，应该按照货物原始购进环节抵扣的进项税在取得补偿时转出。而对于设备和不动产，则需要按照财税〔2016〕36号的规定，按照如下公式进行进项税转出：
不得抵扣的进项税额=固定资产或者不动产净值*适用税率。这里不动资产或不动产净值是指纳税人根据财务会计制度规定计提折旧或摊销后的余额。
第二个更为关键的问题，就是对于补偿支付主体的限定，以及40号公告和土地一级开发制度的衔接问题。如果按照40号公告的字面意思来看，在土地收回环节，只有土地所有者（政府）向土地使用权人支付的补偿才免增值税。但是，在实际操作中，具体运作拆迁补偿的并非一定都是政府。比如，根据《国有土地上房屋征收与补偿条例》第五条规定：房屋征收部门可以委托房屋征收实施单位，承担房屋征收与补偿的具体工作。房屋征收实施单位不得以营利为目的。
也就是在立法规定中，也存在非政府，而是由第三方的房屋征收实施单位（比如承担安居房建设的国有企业、拆迁代理公司）来实施拆迁补偿发放工作，这里支付主体并非一定是政府。
同时，按照现在政策规定，很多土地要求净地挂牌出让。但是政府往往无资金垫付前期拆迁补偿款。因此，土地一级开发模式也被广泛采用。在操作模式上，政府首先发布某个区域的土地收回的公告，后期委托从事土地一级开发的公司进行土地一级开发（包括拆迁补偿、三通一平、规划设计等工作），毛地转为净地后，政府出让土地取得土地出让金再和土地一级开发公司进行一级开发的收入结算，有按一级开发成本加上合理管理费和利润模式结算，也有按照土地出让收益的约定比例进行结算。那在这种模式下，向土地使用权人直接支付拆迁补偿款的主体就不是政府，而是土地一级公司，这种情况能否适用40号公告呢，这就产生了争议。
我们认为，按照“房随地走”的大原则，只要是政府收回国有土地使用权的情况下，不管是政府直接支付，还是委托房屋征收实施单位支付，亦或在土地一级开发模式中，政府首先发布土地收回公告，后期由从事土地一级开发业务的公司进行拆迁并垫付补偿款的，取得补偿款的土地使用权人都应该可以按照40号公告的规定享受免征增值税的待遇。