Omics精进06|Gene panel检测报告解读

• 专业的解读报告， 报告有临床意义的变异，才能及时辅助医生提供个性化治疗；
• 「报告解读」在临床基因检测中扮演非常重要的角色，「非常依赖经验和专业知识」，因个人知识有限，「本文简单介绍」。

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Gene panel检测报告解读一般包含如下几个方面：

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• 靶向药效果评估
• 化疗药效果评估
• 遗传性肿瘤风险评估
• 免疫治疗效果评估

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靶向药效果评估

结合前面基本注释上的「somatic」 SNV 、indel、CNV、fusion「变异信息」、「药物数据库信息」（FDA，NMPA，NCCN）、「在线肿瘤数据库」（oncoKB、Civic、 COSMIC等）、「文献」、「临床试验」等预测靶向药物的有效性，给出突变丰度、碱基/氨基酸改变情况、用药提示（靶向药、FDA/NMPA/医保批准情况）等。

MSK-IMPACT中的例子，

FoundationOne CDx中的例子，

临床指导，

Omics Core中例子，

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化疗药效果评估

「germline变异」结合「PharmGKB数据库」（Pharmacogenomics Knowledgebase），给出检测位点、基因型、用药提示、证据等级（源自PharmGKB数据库）用于化疗药「药效、剂量、毒副作用等评估」。

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遗传性肿瘤风险评估

检测「遗传性肿瘤关键基因」，「评估患癌风险」。例如，检测lynch 综合症关键基因，可以评估患大肠癌、子宫内膜癌、胃癌及卵巢癌的风险；检测镰状细胞病关键基因评估肾癌患病风险。

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免疫治疗效果评估

主要评估肿瘤突变负荷（Tumor Mutation Burden, TMB）、微卫星不稳定性(Microsatellite Instability,MSI),、错配修复（Mismatch Repair, MMR）、PD-L1等指标，「评估免疫治疗的效果」。

• 「TMB」，每1M碱基序列中体细胞编码突变的总数，TMB 越高，更容易对免疫治疗发生响应；

• 「MSI」，分MSI-H、MSI-L、MSS三类，检测MSI-H/dMMR对评估预后、筛选 Lynch 综合征、指导免疫治疗意义重大；
• 「MMR」，检测MMR关联基因（MLH1、MSH2、MSH6、PMS1、PMS2）的突变情况；
• 「PD-L1」，检测PD-L1蛋白表达量，一般肿瘤发生时，PD-L1蛋白可能高表达，抑制免疫；
• 「新抗原(Neo-Antigen)」，抗原性越强，免疫治疗效果越好。

FoundationOne CDx  MSI解读实例，

FoundationOne CDx TMB解读实例

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Reference

• https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/reviews/K190661.pdf
• https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/reviews/den170058.pdf