查找基因序列帮助

  • 如何在NCBI查找基因序列?

  • 如何在miRDB查找mircroRNA序列?

  • 如何在miRBase查找mircroRNA序列?

如何在NCBI查找基因序列：

下面以人源IL6为例，给大家做一个示范:

1、打开NCBI基因页面（网址链接），在搜索框输入“IL6 human”,点击“Search”。

2、单击“Search”后得到以下页面：

3、点击第一个人源“IL6”，向下拖动页面，拖至下图位置。

若模板是mRNA/cDNA则点击“NM_00600.3” 进入mRNA的页面。

若模板是基因组则点击“Genomic”下方的“FASTA”进入页面复制序列。

4、进入IL6的mRNA页面，向下拖动页面，可以选择全部的mRNA序列，也可以点击左侧的“CDS”，选择标红的序列即mRNA编码区序列。

如何在miRDB查找mircroRNA序列:

在此提供另外一个找microRNA序列的办法：miRDB（网址链接）

具体查找办法如下:

1.进入网站后，在Search by miRNA name下面的方框处输入miRNA的名称，以has-mir-192为例。输入名称之后，点击“GO”。

2.在得到的界面中选择根据实验需要选择“5p”或者“3p”的Targets，点击对应的链接。这里以“has-mir-192-5p”为例：

3.在进入的页面左侧点击第一个“Details”，理论上哪个“Details”都可以。

4.在miRNA sequece一栏即可得到microRNA的序列，复制序列，把序列中“U”替换成“T”即可在生工官网提交设计申请。（生工官网的提交设计序列框中不支持ATGC和数字以外的字符）

如何在miRBase查找mircroRNA序列:

下面以人源mir-21为例，给大家做一个示范

1、打开miRBase主页（网址链接），在搜索框输入“hsa-mir-21”，点击“Search”。

2、单击“Search”后得到以下页面：

3、向下拖动页面，拖至下图位置。选择以“5p”或者“3p”结尾的成熟miRNA序列，点击“Get sequence”。

4、点击“Get sequence”获得如下页面，复制序列，把序列中“U”替换成“T”即可。

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