王允无谋，让汉朝错过了董卓死后恢复秩序的机会
吕布是五原郡九原县人，起家是随着并州刺史丁原，丁原主簿，驻扎在河内。丁原对他就非常信任。汉灵帝驾崩后，丁原率兵到洛阳，和何进一起策划诛杀十常侍的事。吕布跟着丁原一起到了洛阳，丁原被何进拜为执金吾，吕布仍然在丁原手下。
但是何进诛杀十常侍不成，反而被十常侍所杀，洛阳大乱。董卓此时来到洛阳，控制了洛阳的形势。董卓想夺丁原的兵，为自己所用，就策反吕布，吕布杀了丁原，投靠了董卓。董卓对吕布也非常信任。这时候因为董卓在朝廷所作所为比较暴虐，知道朝臣有人想杀他，就出入都带着不少卫士，保护自己的安全，吕布就是董卓的卫队长。
但是，吕布因为跟董卓的小妾私通的时候，被董卓发现了，董卓一气之下就想追杀吕布，吕布逃走。后来在手下的劝说下，吕布和董卓又和好了。但相互之间的信任自然大不如前，吕布知道董卓喜怒无常，怕被董卓所杀，心怀忧惧。这也就是后来《三国演义》里的貂蝉故事的由来。
董卓控制朝廷，废黜少帝辩，改立陈留王刘协为帝的时候，王允被拜为太仆，不久后转为尚书令。初平元年，杨修的父亲司徒杨彪被罢免，王允就被拜为司徒。王允和杨彪一样，都是冠盖士族。
董卓迁都长安之后，董卓还留在洛阳，主持抵抗关东诸侯的战争，所以长安朝廷的事基本上就交给王允来主持。董卓这时候和王允关系也很好，对王允很信任，没有什么猜疑。但随着董卓的倒行逆施越来越明显，王允也开始和士孙瑞等人密谋反抗董卓。
初平二年，董卓从洛阳回到长安，拜王允为温侯，王允一开始是拒绝的，后来别人劝他，让他不要太拒绝，以免让王允怀疑他。
王允是太原人，吕布是五原郡九原县人，两人都是并州人。就以同州的名义和吕布暗通款曲，相互勾结上了。而且，吕布还帮王允引荐了董卓手下的另一将领李肃。
此时董卓在郿县囤积前凉财物，足够三十年之用，号称郿坞，把他的家属等人都放在这里，又让他弟弟董旻率军守卫。这里就变成了董卓的土围子。也可以说，董卓在郿坞经营的这个土围子，是魏晋时期北方大量出现的“坞堡”的先行者。
初平三年四月，汉献帝大病新愈，要在未央宫大会朝臣，董卓也从郿坞前来参加。董卓此时出入都有大量卫士随从，而且在衣服里面内衬软甲。但董卓的卫士只能控制皇宫以外，他的卫士又是李肃和吕布所率领的。
进入皇宫以后，李肃先刺，但没有刺到董卓的身上，只伤了他的胳膊，从车上掉下来了。董卓大喊：“吕布何在？”让吕布来保护他，吕布在后面也喊了一声：“有招讨贼！”就从后面刺中了董卓，埋伏在宫里的士兵就上来杀死了董卓。之后，又让皇甫嵩率军攻破郿坞，董卓全家都被杀死。
这之前，因为朱儁在关东纠合诸侯，起兵反抗董卓，董卓让他的女婿牛辅率兵到陕县驻扎，进行防御。牛辅让他手下的李傕、郭汜等人率军出击，攻破朱儁军，大掠陈留、颍川等地。董卓死后，吕布派李肃奉诏书到陕县讨伐牛辅，反而被牛辅击败，吕布就杀了李肃。但是牛辅军中无故惊慌，牛辅怕军心不稳，就自己逃走了，手下人杀了他，传首长安。
此时，李傕、郭汜等人还在关东，因为王允和吕布都是并州人，就把军中的并州人全都杀死。牛辅死后都不知道该怎么办了，就派人向王允请求投降，并请求朝廷下诏赦免他们。王允这时候自以为自己已经控制了长安，李傕、郭汜不足为虑，就以一年之中不能大赦两次，拒绝了李傕郭汜的请求。李傕郭汜无奈之下，就想扔下军队，偷偷跑回凉州。
贾诩就在这个时候出场了。他劝李傕郭汜说，听说现在长安要杀光凉州人，你们现在放弃军队逃跑，随便什么人都可以杀了你们，但你们有军队在手里，率兵向长安进军，说不定还可以击败王允、吕布，找到一条生路。
李傕、郭汜就率麾下军队向长安进军，沿路所到之处都收集董卓残部，征调当地老百姓，到长安时已经有十多万人的军队了。王允派董卓原来的将领徐荣、胡轸率兵到新丰阻击李傕、郭汜，徐荣战死，胡轸率军投降了李傕郭汜。李傕郭汜就开始围攻长安。
本来李傕郭汜此时围攻长安只是试探性的，十多万人的军队，如果久攻不下，粮食不足，就只能退兵到别的地方去掳掠。而且，李傕郭汜在定计率军返回关中的时候，打的主意也是这样，如果能攻入长安，为董卓报仇，当然是好，如果不行，就在关中三辅地区掳掠一番，然后就要退回凉州，化境自保，也就是当军阀。
长安是西汉时期的都城，城坚墙高，一时之间当然是无法攻破的。李傕、郭汜的军队又是没有什么纪律的，战斗力其实并不是太强。
此时吕布所率守卫长安的军队，主要都是董卓留下来的军队，其中有一些是凉州人，也有些是董卓从并州带来的。
董卓死后，吕布曾建议对董卓的部下大赦一次，以安其心。但王允认为，董卓死后，这些人本来就心怀危惧，内不自安，如果这时候大赦，就等于公开表示这些人有罪，不是安定人心的办法。就没有大赦。
对于董卓手下的军队，王允想全部遣散。有人建议他，这些凉州人都很怕关东人，现在董卓死了，他们都怕关东诸侯入关，会杀了他们，不如让皇甫嵩先统帅这些部队，继续在陕县屯驻，再和关东诸侯联系，逐步想办法善后。
王允又认为，关东诸侯和他们一样，都是为了反对董卓才起兵的，如果我们还是接着在陕县屯兵，虽然可以安定凉州兵的人心，但会让关东诸侯认为我们是不让他们入关，又会和关东诸侯为敌。又拒绝了。
所以，董卓部下留在关中地区的，都各自拥兵自保。等到李傕郭汜进兵关中，这些人就都和李傕郭汜汇合，一起围攻长安了。因此，守城才八天，本来攻城毫无希望的李傕郭汜突然得到城内凉州兵的内应，攻进了长安，吕布在混乱中逃走。吕布逃走时，曾请王允和他一起逃走，王允又表示拒绝，要和天子共进退。
《后汉书·王允传》：
城陷，吕布奔走。布驻马青琐门外，招允曰：“公可以去乎？”允曰：“若蒙社稷之灵，上安国家，吾之愿也。如其不获，则奉身以死之。朝廷幼少，恃我而已，临难苟免，吾不忍也。怒力谢关东诸公，勤以国家为念。”
王允死后，他的几个儿子也被全部杀死，只有他侄儿王晨、王凌逃回老家。后来，王凌被曹操征辟，加入曹操阵营，逐步高升。司马懿发动高平陵之变控制曹魏政权后，王凌在淮南起兵，反对司马懿，兵败后自杀。
不过，太原王氏始终是士族高门，到东晋时，王与马共天下时指琅琊王氏，也就是王朗一支，而和陈郡谢氏并称王谢的，则主要是指太原王氏，在东晋中后期的政治舞台上，曾经发挥过重要作用。
王允在三国前期也曾经非常出彩，尤其是经过《三国演义》的演义，他用美人计和连环计杀死董卓，让他显得非常老谋深算，很有心计。但实际上，王允却完全不是这样的人。政治需要坚持原则，但也需要在非常之时进行变通，也就是所谓的行权。尤其是在乱世，更需要在坚持原则和变通之间寻求平衡。而王允的特点恰恰是坚持原则有余，变通能力不足。
甚至是在策划反对董卓之前，和董卓的合作，也并不是他在有意识的潜伏，而是真心实意的和董卓合作。原因很简单，董卓之乱前，王允从逃亡的地方回到洛阳，是来给灵帝奔丧来的。之后又参与了何进诛杀十常侍的事情，十常侍之乱后，也是董卓一手将王允提拔为司徒这样的高官。他一开始显然并没有反对董卓，甚至董卓废立，他也没有反对。真正反对董卓，是在他发现董卓根本不是汉室忠臣之后。
诛杀董卓之后，王允和吕布本来是有机会通过政治手腕来逐步安定人心的，此时关东虽然已经大乱，但也才刚刚开始，各大势力都还没有完全成型，还在混战之中，连李傕郭汜都能轻松击败他们。如果王允在政治上能够成熟一点，收伏凉州兵，为己所用，先让关中的局势稳定下来，再伺机出关，讨伐各路诸侯，还是有机会实现汉室复兴的。
但杀死董卓容易，收拾董卓死后带来的政治混乱局面很难。正是在善后的过程中，王允在关键性的问题上始终表现得比较迂腐和幼稚。比如吕布请求大赦凉州兵，作为权宜之计，这是完全可行的，但王允却以堂而皇之的理由拒绝了，实际上等于将凉州兵逼上了反叛之路。
不过，在各版电视剧里，对王允的理解都有一些误会。在这些叙述中，诛杀董卓后，王允也擅自诛杀大臣，封拜除授，变成了一个小型的董卓，也就是权臣。其实这倒还真不是，王允是真心诚意的汉室忠臣。否则，他何必留下保护汉献帝，而不是跟吕布一起逃走呢？