萧鸾废黜萧昭业时，曾许诺事成之后，以萧谌为扬州刺史。但在事后，他却食言了，只以萧谌为领军将军、南徐州刺史。萧谌很不满，口出怨言道：“饭做熟了，却推给别人吃了。”自恃劳苦功高，他开始干预朝政，想选用谁了，就命尚书为其说话。萧鸾知道后非常不爽，但由于当时要抵抗北魏，他的哥哥萧诞和弟弟萧诔又正领兵作战，一直隐忍不发。等到朝局安稳，萧鸾开始秋后算账。建武二年（公元495年）六月二十五，萧鸾游赏华林园，与萧谌以及尚书令王晏等几人一起宴饮，喝得非常尽兴。宴席结束后，萧鸾特意留下萧谌。到达华林阁时，早就安排好的禁卫突然拘捕了萧谌，押至官署。随后，萧鸾派亲信莫智明去数说萧谌的罪行道：“隆昌之时，如果没有你，朕不会有今天。如今，你们兄弟三人都被封上爵，有两人担任刺史，朝廷报答你已经到了极点。可是，你还不满足，总是心怀怨恨，说什么饭做熟了，连锅送给别人吃了。现在，特赐你死！”于是，杀死萧谌，萧诔也一起被杀。之后，萧鸾又派黄门郎萧衍为司州别驾，去司州拘捕萧诞，并将其杀害。萧谌爱好术数，沈文猷经常对他道：“您的命相不亚于高帝。”萧谌死后，沈文猷因为大放厥词也被诛死。萧谌被杀的那天，萧鸾顺便杀了西阳王萧子明、南海王萧子罕、邵陵王萧子贞，他们都是萧赜之子。六月二十八，萧鸾以右卫将军萧坦之为领军将军，代替萧谌的位置。也许是地位不同了，想法和格局也不一样了。稳固朝局后，萧鸾开始关注起个人修养，尤其是在生活上，极力提倡节俭朴素。有一次，太官给萧鸾进献一种名叫裹蒸的食品，他对太官道：“朕一次吃不完，可以把它分成四块，剩下的晚上再吃。”还有一次，萧鸾使用皂荚洗浴，指着用过的皂荚水对近侍道：“这个还可以再使用。”矫情得令人作呕。建武三年（公元496年）正月初一，太官按惯给萧鸾上寿，温酒时使用了一个银制的酒铛，萧鸾认为太奢侈，要把它毁掉，王晏等人连忙称颂他品德高尚，卫尉萧颖胄忍不住直言道：“朝廷中最隆重的节日莫若正月初一，这个银酒铛是旧物，不足为奢侈。”萧鸾听了很不爽。
后来，萧鸾又在宫中设宴，席上有许多银制器皿，萧颖胄对萧鸾道：“陛下前次要毁掉酒铛，恐怕应该毁坏的是眼前这些。”萧鸾尴尬不已。
萧颖胄，萧道成之侄，为人弘厚，好文义，起家秘书郎，历任安陆内史、中书郎、新安太守、卫尉等要职。幸亏他不是萧道成后裔，又一向和萧鸾关系亲密，不然难免一死。
除了在生活上厉行节俭，萧鸾在工作中也很敬业，事必躬亲，要求很繁琐，连下面各郡县以及朝中六署、九府的日常事务，也必须全部向他报告，取得他的旨令才能办理。当时，文武功臣和旧臣的选拔、任用等，都不归于吏部管理，而是凭借亲戚关系互相提拔，以致使萧鸾陷于繁重的事务之中。南康王侍郎钟嵘为此劝谏道：“古之明君根据下属的才干分派事情，量其能力授以官职，三公坐而论道，九卿具体执行，天子垂拱而治。”钟嵘的上书被呈上后，萧鸾心中不悦，问太中大夫顾暠道：“钟嵘何许人也？竟想干涉朕的事务，你认不认识他？”顾暠回答道：“钟嵘虽然地位卑微，没有名气，但他所讲有可采纳之处。那些繁重琐碎的事务都有相应的职能部门来办理，现在陛下全部包揽过来，亲自处理，弄得陛下很劳累，臣子们却很清闲，窃以为不妥。”萧鸾无言以对，只好改换别的话题。萧谌因为居功自傲而被杀，另一个拥戴功臣王晏并没有吸取血的教训，终于也将自己作死了。萧赜在位时，王晏深得他的宠信，被视为心腹。然而，当萧鸾谋划废去萧昭业时，王晏立即欣然赞同，还做了萧鸾的帮凶。萧鸾虽然因举事之际，不得不依赖、重用王晏，但内心深处其实十分厌恶他。萧昭业被废后，萧鸾曾与王晏在东府宴饮，谈到时事时，王晏拍着手掌道：“陛下经常说臣胆怯，今天又觉得臣如何呢？”萧鸾即位后，王晏自以为有佐命之功，经常菲薄讥刺萧赜在世时的事情。担任尚书令后，王晏成为百官之首，处事专横独断，朝廷内外的重要职位，都任用自己的亲信，经常与萧鸾发生争执。一次偶然的机会，萧鸾在整理检查萧赜的诏书文告等材料时得到萧赜写给王晏的手敕三百多张，都是谈论国家大事，还有王晏劝谏萧赜不要让自己主管诠选启奏，因此越发猜忌、冷落王晏，王晏尚不自知。始安王萧遥光劝说萧鸾杀掉王晏，萧鸾假意道：“王晏于朕有功，况且没有罪过，不能杀他。”萧遥光道：“王晏对武帝都不能忠心耿耿，怎能忠于陛下呢？”萧鸾听后默然无言，脸色阴沉。于是，萧鸾派心腹陈世范等人到街头巷尾收集关于王晏的传闻。不查不知道，一查全都是问题。王晏为人轻率浅薄而没有防范，他想为自己开辟府署，几次叫方士来查看风水，说是会大富大贵。在与宾客谈话时，总是喜欢把杂人支开，然后与客人独自交谈，仿佛在商量什么机密似的。奉朝请鲜于文粲窥探到了萧鸾的心思，就奏告王晏有异图。陈世范也趁机道：“王晏密谋借建武四年南郊祭天之机，与武帝过去的主帅在道中起事。”正好遇上老虎闯入南郊祭坛，萧鸾愈加惧怕。郊祭前一日，萧鸾敕令不去南郊祭祀，并派人告诉王晏和徐孝嗣。徐孝嗣奉旨不言，王晏则不同意，还陈述理由道：“郊祀事关重大，陛下一定要亲自前往。”这样一来，萧鸾越加相信陈世范所言。建武四年（公元497年）正月二十八，萧鸾在华林省召见王晏，杀之，一同被杀的还有北中郎司马萧毅（萧景先之子）、台队主刘明达，以及王晏的弟弟王诩、儿子王德元、王德和等。诛杀王晏后，萧鸾下诏宣称：“王晏与萧毅、刘明达因河东王萧铉识见低下、能力微弱，阴谋奉他为主，让他守虚位，而自己操纵国政。”萧铉是萧道成的幼子，因为年幼加之平庸无能，故而活到了现在。他每次觐见萧鸾时都佝偻着身子低着头，如同仆人般不敢直视。如今，被无辜扯上王晏谋反案，萧鸾将其免官，软禁家中，坐等屠戮。无论是萧谌，还是王晏，他们的死既可怜，又在情理之中，帮主子干了那么多见不得人的事，不夹起尾巴做人，只能是死路一条。
