R语言的一些配色的R包

是时候把生信技能树平台交给后辈了，前面我介绍了；ggplot2绘图基础功不扎实？看完这5个资源 有一个学员从头到尾学完了这些资源，成长为了绘图小牛，还有自己的公众号，我先邀请他投稿一个笔记，后面有机会再推荐他的公众号！

下面是2月优秀学员投稿

超多朋友咨询R语言可视化的配色问题，我也简单整理了一下，希望对大家有帮助！

首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处，其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。具体颜色可在（http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf）中查看，但是基本上用不上哈，知道有这个知识点就好了 ！

ggsci

对于科研人员来讲，更感兴趣的可能是科研期刊的配色。ggsci 提供了 SCI 科研期刊图形的配色，包括 NPG、AAAS、NEJM、Lancet 等等。

首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可：

library(ggsci)
cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4)
cl

library(scales)
show_col(cl)

内置的配色方案包括：

pal_aaas AAAS Journal Color Palettes
pal_d3 D3.js Color Palettes
pal_futurama The Futurama Color Palettes
pal_gsea The GSEA GenePattern Color Palettes
pal_igv Integrative Genomics Viewer (IGV) Color Palettes
pal_jama Journal of the American Medical Association Color Palettes
pal_jco Journal of Clinical Oncology Color Palettes
pal_lancet Lancet Journal Color Palettes
pal_locuszoom LocusZoom Color Palette
pal_material Material Design Color Palettes
pal_nejm NEJM Color Palettes
pal_npg NPG Journal Color Palettes
pal_rickandmorty Rick and Morty Color Palettes
pal_simpsons The Simpsons Color Palettes
pal_startrek Star Trek Color Palettes
pal_tron Tron Legacy Color Palettes
pal_uchicago The University of Chicago Color Palettes
pal_ucscgb UCSC Genome Browser Color Palette

并且提供了ggplot的整合函数，scale_color_ 系列，以及 scale_fill_系列。color和fill用法区别复习：

  • colour :【线】和【点】的颜色，如colour=“red”

  • fill : 【形状图形】填充颜色，如 fill=“blue”

用的并不是很多，这两个系列函数，自己搞清楚需要的颜色种类，获取到，然后自己应用它即可。

Rcolorbrewer

专注于调色的R包：RColorBrewer，首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数：

 library(RColorBrewer)
display.brewer.all()

 

其次是 获取颜色，有独立的函数， brewer.pal 即可：

color1 <- brewer.pal(8, "Set1")
color2 <- brewer.pal(8, "Set2")
library(scales)
show_col(color1)
show_col(color2)

只需要更新调色板，就可以获取各种各样的配色啦。。。

grDevices

跟前面的专注于调色的R包：RColorBrewer有点类似，也是内置了各种各样的配色体系。

library(grDevices)
## list available HCL color palettes
hcl.pals("qualitative")
hcl.pals("sequential")
hcl.pals("diverging")
hcl.pals("divergingx")

写在后面

再多其实也用不上了，反正我自己就是使用ggsci而已！

写到最后

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