青苗补偿支出作为收款方没有提供什么应税服务，就是“资产”被付款方损毁了，收款方不需要向付款方开具增值税发票。但是作为付款方的财务管理部门要注意青苗补偿支出凭据既要符合企业所得税前扣除标准，也要符合企业内部控制标准。不能让企业内部的某些人员“薅了社会主义羊毛”。
首先，通常情况下建筑工程项目的青苗补偿一般由建设方承担，建设方在“三通一平”时已经支出了相应款项，建筑企业只是根据建设方提供的“剧本”负责把整个工程“导演”完毕就行了，所有支出应当由建设方（投资方）来支付。但不排除建筑企业在施工过程中可能意外损毁施工范围内的其他农作物，总体而言由建筑企业承担的青苗补偿金额应该不会很大。如果金额比较大，建筑企业的财务管理部门应当根据内部制度（没有制度，财务人员为了自己，请务必建立制度）审核该项支出的真实性。其次，注意青苗补偿费标准，不是随便就能补偿的，有严格的规定。《土地管理法》规定，被征用土地，在拟定征地协议以前已种植的青苗和已有的地上附着物，也应当酌情给予补偿。但是，在征地方案协商签订以后抢种的青苗、抢建的地上附着物，一律不予补偿。被征用土地上的附着物和青苗补偿标准，由省、自治区、直辖市规定。在征用前土地上长有的青苗，因征地施工被毁掉的，应由用地单位按照在田作物一季产量、产值计算，给予补偿。具体补偿标准，应根据当地实际情况而定。对于刚刚播种的农作物，按其一季产值的1/3补偿工本费，对于成长期的农作物，最高按一季产值补偿；对于粮食、油料和蔬菜青苗，能够得到收获的，不予补偿，不能收获的按一季补偿；对于多年生长的经济林木，要尽量移植，由用地单位支付移植费，如必须砍伐的，由用地单位按实际价值补偿，对于成材林木，由林权所有者自行砍伐，用地单位只付伐工工时费，不予补偿。最后，青苗补偿支出可不可以由项目相关管理人员直接垫付再报销呢？铁蛋建议建筑企业支付青苗补偿时先跟收款方签订相关补偿协议，在协议中应该写以下事项：①清楚赔偿事由，写清楚补偿的内容及计算标准、补偿的总金额；②在协议中明确支付支付方式，最好是由建筑企业通过银行转账支付（要求收款方提供身份证复印件、银行卡复印件、自制收据等资料）；③应当明确青苗补偿后的双方的权利、义务，及其他法律责任。④协议中应该写清楚涉及补偿的现场有哪些负责人，例如丈量人员、复核人员，负责人员必须对数据的准确性、真实性负责，现场丈量资料应该有户主签名（按手印）确认。⑤青苗权属应该由青苗种植地村委（村民小组）、街道办等部门盖章确认。
