[数据库推荐]gene:基因相关信息查询

我们在进行基因相关研究的时候，如果要研究一个基因，那么首先要知道这个基因的一些基本信息，检索基因相关的网站还是很多的。其中比较出名的还是genecards。一个汇总的了很多数据库的的综合性基因查询网站。但是，这个网站只能检索和人相关的基因。其他物种的就不支持了。这次介绍的这个是ncbi旗下的gene数据库(对就是pubmed那个数据库，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene)，它可以用来检索不同物种的基本上所有的相关信息。

检索方式：gene数据库在检索上其实和我们使用pubmed是类似的。它的检索方式有多种。我们既可以检索基因名；同时也可以检索某一文献的PMID来获得这个文献的相关基因。同时也可以检索某一疾病得到和这个疾病相关的所有基因。下面的表格上是一些检索的官方例子。Find genes by...Search textfree texthuman muscular dystrophypartial name and multiple speciestransporter[title] AND ("Drosophila melanogaster"[orgn] OR "Mus musculus"[orgn])chromosome and symbol(II[chr] OR 2[chr]) AND adh*[sym]associated sequence accession numberM11313[accn]gene name (symbol)BRCA1[sym]publication (PubMed ID)11331580[PMID]Gene Ontology (GO) terms or identifiers"cell adhesion"[GO]  10030[GO]genes with variants of medical interestgene_clinvar[filter]chromosome and speciesY[CHR] AND human[ORGN]Enzyme Commission (EC) numbers1.9.3.1[EC]这次我们利用 TP53做了例子进行讲解。我们检索 TP53之后会出现这样的结果。结果当中包括主要的检索结果，以及对于结果的进一步筛选方式

我们选择人的TP53基因。进去之后就是和基因相关的所有信息了。其中包括以下这些部分：

大致可以分为以下多个部分：summary(基因相关信息简介)在这个部分，我们可以查看和几个基因相关的基因信息。我们可以看到这个基因的 曾用名；其他数据库ID及链接 以及简单的介绍等等。

基因序列相关信息介绍Genomic context：这个部分我们可以查看这个基因在DNA水平染色体位置上的相关信息。同时也可以简单了解起上下游的基因。如果想要看详细信息，我们可以通过 Genome Data View来查看结果。

Genomic regions, transcripts, and products：这个部分我们可以在RNA水平上各个转录本的相关信息

NCBI Reference Sequences (RefSeq):这个部分，可以查看 TP53的所有基因序列信息。我们可以查看其基因组的序列，也可以查看每个转录本的序列以及转录本翻译成蛋白的序列。其中关于转录本的信息也有简单的介绍。如果需要详细的介绍点击链接即可

基因表达信息Expression:可以查看在二代测序的数据当中，不同的正常组织中 TP53的基因表达情况。

基因功能相关信息Phenotypes：这个部分可以用来查找和 TP53相关的表型情况。包括：相关的疾病信息；拷贝数变异以及 GWAS情况

Pathways from PubChem: 这个部分我们可以了解和 TP53有关的通路。其数据结果来自于各个综合性的通路分析数据库。

General gene information:这个部分我们可以了解和 TP53有关的GO分析的结果。这个结果也是综合了多个数据库的结果。

目标基因相关的文献Bibliography：在这个部分，我们可以查看和这个基因相关的所有相关文献。这个部分主要分为两个部分。所有和 TP53相关的所有文献。GeneRIFs(Gene References Into Functions)，这个功能类似于筛选出和这个基因功能有关的文献。其中基于GeneRIFs,我们可以分析和这个基因有关的研究程度。这个就等以后再介绍吧。

数据库总结关于几个基因相关功能的查询，如果是研究人的话，还是推荐用genecards。毕竟综合了多个数据库的结果。如果是研究其他物种的话，那还是使用gene数据库的。另外如果想要获取基因的相关序列以及查看GeneRIFs这个功能。那gene数据库也是不错的选择。