小分子化合物的信号通路要怎么搜?这居然还能直接用画的……
蛋白互作
,你们应该了解最常用的工具就是STRING:
那化合物相关的互作呢,
就要用到STRING的姊妹网站,STITCH:
其实这两个都是用的比较烂的工具了(不过我相信,
还有好多人都不知道还有STITCH),其实化合物与蛋白的通路,还有一个这样的工具:
小分子化合物的信号通路数据库
,浏览进去的话就是这样的信号通路图:
点进去也就差不多是这样
:
这里有意思的是,搜索化合物信号通路的话,
可以通过画分子式来进行分析:
比如画出来这么个玩意,进行搜索的话
,能显示出一堆和这个化合物类似的同系物,或者有相应结构的化合物来:
点击进入信号通路,
就能看到大概的作用位点:
当然,这个也能用来搜索蛋白的信号通路,
直接输入序列就可以进行BLAST:
然后就会按照BLAST结果生成数据
:
当然,这里的信号通路图也可以自己来调整
,按照表达量填写后,就能让信号通路上不同的蛋白显示不同颜色:
还是蛮有意思的,
有兴趣的话,就去试试看咯…… 好了,有兴趣的话可以自己百度一下找找看,实在不行就回复“公克”(不要在评论区回复
),要么就直接星球上见(当然,进不去也无所谓
)。好吧,今天就先给你们策到这里吧,祝你们心明
眼亮
。
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