荧光染料的基础知识汇总（二）

3Alexa Fluor®染料Alexa Fluor®染料是带负电荷且亲水的荧光染料系列，该系列染料囊括范围较广，且经常用于荧光显微镜技术之中。 这些染料的名称是由其发明者Richard Paul Haugland 以他儿子 Alex Haugland 的名字命名的。该产品标识是 Molecular Probes（美国生命科学技术公司 Life Technologies旗下子公司，注：2014年2月Life Technologies被Thermo Fisher收购）的商标。此外，这些产品标识中也涵盖了相应的激光激发波长。 例如，应用范围很广且最大激发波长为 493 nm的Alexa Fluor®488，可由标准的488 nm激光激发。Alexa Fluor®488的最大发射波长为 519 nm，正是因为具备上述特性，使得 Alexa Fluor®488与 FITC 的属性相似。 尽管 Alexa Fluor®488是一种荧光素衍生物，但与 FITC 相反，它拥有更佳的稳定性和荧光亮度，且 pH 敏感度也更低。所有 Alexa Fluor® 染料（比如，Alexa Fluor®546、Alexa Fluor®633）都是不同基础荧光物质的磺化形式，例如，荧光素、香豆素、青色素或罗丹明，它们的摩尔质量在410 至 1400 g/mol 范围之内。

4青色素这类荧光染料相对较少，从青色素衍生而来，也是其名称的由来：Cy2、Cy3、Cy5 和Cy7。昂拓莱司的上述所有青色素均可以通过其反应基团与核酸或蛋白相连。例如，采用了蛋白标记的马来酰亚胺基团。有趣的是，对于荧光，Cy5 对其周边电子环境非常敏感，该特征可用于酶测定。 附着蛋白质的构象改变会导致荧光发射产生阳性或阴性变化。此外，Cy3 和 Cy5 还可用于 FRET 试验。青色素染料是一种相对较老的荧光染料，但却是其他荧光染料在亮度、耐光性、量子产率等方面得以改善的基础。      5DNA 染色在荧光显微镜技术中，不只研究蛋白结构，核酸同样具有重要的研究意义。有时候，必须通过检测细胞核来确定细胞的精确位置及其数量。最常用的一种DNA 染色剂当属 DAPI (4',6-二脒基-2-苯基吲哚) ，其可与DNA 双螺旋的 A-T 富集区域相结合。如果 DAPI 附着到 DNA 上，其荧光强度将比游离状态要高。该染色剂受最大波长为358 nm的紫外光激发，其发射光谱非常宽，在461 nm 处达到峰值。此外，还可对弱荧光进行 RNA 结合检测。在这种情况下，发射波长将转移至 500 nm。有趣的是，DAPI 能够穿透整个细胞膜。因此，它可以用于固定和活细胞之中。 第二种被广泛使用的DNA 染色剂就是 Hoechst 染料系列，这些染料原先都是由 Hoechst AG 这家化学公司生产的。Hoechst 33258、Hoechst 33342以及Hoechst 34580 均为双苯酰亚胺，可嵌入 A-T 富集区域，因此，该系列染料很少用到。与 DAPI 相似，这三种染色剂都可受最大发射波长为455 nm的紫外光激发，而未被结合的染色剂，其最大发射波长在 510–540 nm 之间。Hoechst 染色剂还具有细胞渗透性，因此可用于活细胞或已固定的细胞中。该染色剂与DAPI 的不同之处在于，它们的毒性较低。 碘化丙啶（Propidium-Iodide，PI）是一种不能透过细胞膜的 DNA 染色剂。由于具备上述特性，该染色剂无法进入完整的细胞中，因此，该染色剂常用于区分细胞群中的活细胞和死细胞。此外，碘化丙啶还是一种嵌入剂，但对于不同的碱基并不存在结合的差异性。该染色剂与核酸结合后，最大激发波长为538 nm，最大发射波长为 617 nm。未结合 PI 的最大激发和发射波长和光强会更低一些。PI 还可结合 RNA，同时无需改变自身的荧光特性。有时候为了区分DNA 和 RNA，有必要使用适当的核酸酶。不需要前期处理，吖啶橙就可以鉴别DNA 与 RNA 。吖啶橙与 DNA 结合后，最大激发/发射波长为 502 nm/525 nm，而与 RNA 结合后，最大激发/发射波长为460 nm/650 nm。此外，它还能够进入溶酶体等酸性区室。在这里，阳离子染料被质子化。在这种酸性环境下，吖啶橙由蓝色光谱中的光激发，但发射波长在橙色区域达到最大。由于凋亡细胞具有大量被吞噬的酸性区室，因此，吖啶橙常用作此类细胞的标记物。

6区室和细胞器特异性染料在荧光显微镜技术中，往往要对溶酶体、核内体等细胞区室以及线粒体等细胞器进行染色。为此，该部分介绍了一系列可供选择使用的特异性染料。 观察线粒体最常用的方法就是利用 MitoTracker®，它是一种可透过细胞的染料，包含轻度巯基化的氯甲基活性部分。正因如此，它可与半胱氨酸残基的游离硫醇基反应，从而与基质蛋白实现共价结合。MitoTracker® 有不同的颜色和修饰类型（参见表 1），此外，它还是 Molecular Probes 的商标。与罗丹明 123 (Rh123) 或 tetramethylrosamine等常规线粒体特异性染色剂不同，在用固定剂破坏膜电位后，MitoTracker®不会被洗掉。 依据线粒体染色剂，还有些染料可以标记溶酶体等酸性区室，这类染料被称为LysoTracker。它们由连接一个荧光基团的弱碱基团组成，具有膜穿透性。最有可能的情况是，这些碱基因质子化作用的影响而对酸性区室具有亲和性。LysoTracker具有多种不同的颜色可供选择（参见表 1）。 与溶酶体相似的区室是酿酒酵母等真菌中的液泡，这种膜密闭空间也是一种酸性环境。如果要在荧光显微镜下观察上述区室，则要使用FM 4-64®或FM 5-95®等苯乙烯基染料。 对于蛋白质分泌实验，内质网 (ER) 具有重要的研究意义。对上述区室进行染色的一种典型染料为DiOC6(3)。该染料虽然偏好 ER，但仍会结合线粒体等其他细胞器膜。对ER 进行特异性染色的另一种方法是，使用 ER-Tracker Green 和 Red 等 ER-Tracker，而 ER-Tracker Green 和 Red 是基于 BODIPY 的两种染料，其与格列本脲（一种磺酰基脲酶）连接，并可与仅存于内质网膜上的ATP敏感性钾通道结合。BODIPY（硼-二吡咯亚甲基，boron-dipyrromethene）是一种几乎不溶于水的、对pH 相对不敏感的染料基团，该染料对蛋白质标记没太大用处，但却是脂质和膜标记的良好工具。对于与ER相邻的高尔基体，可以用 NBD C6-ceramide 和BODIPYFL C5-ceramide 等荧光神经酰胺类似物对其进行标记。上述神经酰胺为鞘脂类，其在高尔基体中高度富集。 借助基于脂质的染料，可以对脂筏等特异膜区域进行染色。使用 NBD-6Cholestrol或NBP-12 Cholesterol 可以观察胆固醇富集区域（Avanti Polar Lipids）。 除了使用特异性非蛋白荧光染料对细胞区室进行标记之外，还可以借助对细胞中不同位置有偏好的蛋白质对目标区域进行染色。这些蛋白质可以和荧光染料相连，并可通过荧光显微镜进行观察。运用这种方法的一个实例是：麦胚凝集素(WGA) 可以与细胞质膜中的唾液酸和N-乙酰葡萄糖胺基特异性结合，将WGA 与荧光染料偶联，这样我们就可以观察到细胞质膜了。