NextSeq®500 系统（系列1—仪器概览)

本文档参照nextseq-500-system-guide-15046563-02-chs将介绍如何使用NextSeq®500 执行测序。文档中的说明必须由具备资格且受过相关培训的人员严格且明确执行，以确保本文档中描述的产品能够获得适当且安全的使用。在使用此类产品之前，相关人员必须阅读并理解本文档中的所有内容。

实时分析

NextSeq 500 使用称为 RTA v2软件实时分析，RTA v2 在仪器计算机上运行，会从图像提取强度、执行碱基检出，并为碱基检出分配质量分值。

实时分析工作流程

  • 模板生成：使用 X 和 Y 坐标定义小区中每个簇的位置。模板生成需要运行的前 5 次循环产生的图像数据。小区的最后一个模板循环成像后，随即会生成模板

  • 配准和强度提取：配准用于对照模板比对针对成像的每次后续循环生成的图像。强度提取用于确定给定图像的模板中每个簇的强度值。如果某次循环中的任何图像的配准失败，则在该循环中不会为该小区生成碱基检出。

  • 定相修正：在测序反应期间，簇中的每个 DNA 链在每次循环中均会扩展一个碱基。定相和预定相在 DNA链与当前结合循环异相时发生。当碱基落在后面时，便会发生定相。当碱基跳到前面时，便会发生预定相

  • 碱基检出：碱基检出用于确定特定循环中给定小区的每个簇的碱基（A、C、G 或 T）。NextSeq 500 使用2 通道测序，因此只需要 2 个图像即可对 4 种 DNA 碱基的数据进行编码，一个图像来自红色通道，一个图像来自绿色通道。

  • 簇通过过滤：在运行期间，RTA v2 会过滤原始数据，删除任何不符合数据质量阈值的片段，并去除重叠和低质量的簇。对于 2 通道分析，RTA v2 使用基于种群的系统确定碱基检出的纯度。如果在前 25 次循环中，纯度 < 0.63 的碱基检出不超过1 个，簇将通过过滤 (PF)。未通过过滤的簇则不会检出碱基。

  • 质量评分：质量分值（或 Q-score）是对碱基检出不正确的可能性的预测。Q-score 越高，表示碱基检出的质量越高，正确率也越高。

文档来源对nextseq-500系统说明的归纳整理如有技术问题，请访问 Illumina 网站上的 NextSeq 500 支持页。通过支持页面可以访问文档、下载内容和常见问答：

https://www.illumina.com.cn/systems/sequencingplatforms/nextseq/resources.html。

    1.nextseq-system-site-prep-guide-15045113-01-chs

    2.nextseq-system-safety-compliance-guide-15046564-02

    3.nextseq-500-system-guide-15046563-02-chs

    4.nextseq-denature-dilute-libraries-guide-15048776-05

    5.appnote-nextseq-500-wgs

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