水环境是养殖生物和病原的共同生活空间。养殖生物的一生都生活在水中，它们的身体形态和器官结构都高度适应和依赖水生生活；病原则依赖养殖生物和水生活。水环境是养殖生态系统中物流、能流和信息流传递的介质，同时也是疾病传播的媒体，治疗养殖病害要通过水体来实现,其治疗的被动性和治疗的难度要高于陆生动物。
水产养殖生物的病害发生可以由养殖生物、病原及养殖环境三者的关系(“三元关系”）来说明。养殖生物是病原的侵袭目标,环境则是生物及病原生存的场所。三者相互作用，相互制约。健康的生物对病原侵袭的抵抗力强，有时即使感染病原也不会发病，良好、稳定的环境可以抑制病原的滋生。只有在养殖生物体质较弱，环境恶化，生态因子变化剧烈时，病原数量多，感染力强，病害较易发生和流行。
1、环境与疾病 “养鱼先养水”
“好水养好鱼”，水体是水生动物的生活环境，其生物组成、理化性质、物质循环及变化动态等均与水生动物的健康、生长密切相关。我国主要的养殖对象对恶化了的水体都有一定的适应能力和存活能力，但其生长速度、繁殖能力和对病害的抵抗能力下降，当出现极端气候(如高温季节突然降雨)时，极易突发严重的疾病。
2、疾病与控制
水产养殖过程中的病害问题目前已成为制约我国水产养殖发展的一个重要因素。通常情况下，水生动物在水中的行为不易被观察到。一旦发生病害，及时正确地诊断和治疗(特别是在其苗种阶段)具有一定的困难。当水生动物患病后，大多数失去食欲，即使是特效药物，也无法进入其体内；口服仅限于那些尚未失去食欲的个体。对养殖水体用药，采用全池泼洒或浸泡的方法，只适用于小面积、小水体；对大池塘或水库、湖泊、养殖海区，不但用药量大、成本高，也不便操作。因此，水生动物疾病的防治应从以下几方面着手：
（1）控制和消灭病原体，切断传播途径；
（2）调控养殖环境条件，改善和优化水体生态系统；
（3）提高养殖群体的免疫力和抵抗力等，才能达到预防和减少水生动物疾病的目的。
总之，有了好的水产养殖环境，才能达到健康养殖的目标，在实施健康生态养殖时，核心是加强生产管理，改善和优化养殖环境，降低自身污染，减少乃至消除养殖污染造成的负面效应，达到良性循环的效果，减少水产养殖病害发生，提高水产品质量，增加养殖经济效益，保障水产养殖业的可持续发展。
