有趣地将差异表达基因有用地展示在KEGG通路上

身为一个公众号，如果不更新，那么太对不起关注的朋友们啦。然而，作为一个正经的果农，我确实没太多可以分享的。按照惯例，先宣传一下地球上最好的生物信息理论和技术交流QQ群（bioinformatics*CN 276151571），

没有第二个啦；

本群应该是唯一一个广告零容忍的群，不谈学习交流以外的问题，也不接受没有正常自学意识的朋友。

本群的优点是每天小清理，定期大清理；由于管理员近期进行了几次血洗，所以现在人数有点少。保证群里干净；

本群的缺点是每天小清理，定期大清理；由于管理员近期进行了几次血洗，所以现在人数有点少。不时会清理错，还有之前不小心清理了一大批老师，无解。

好，进入正题。国内大多数生信数据分析服务提供商，一般都会在结题报告中提供一些KEGG通路网页，打开网页，非常有趣，如果是展示差异表达基因的结果上，移动鼠标到被差异表达基因注释到的EC编号上，会显示对应的上调或者下调表达的基因。

咋看下去，这个东西比较有趣。要完成这个事情其实比较简单，

1.  写出网页，包括一小段js码即可

2.  对应的png图片，进行描图（因为KEGG并没有提供矢量图....或许数据库有，然而我们穷人，还是别奢望了）

KEGG不知道多少年前就收费且不让免费下载了，然而，浏览这部分资源，通过RESTAPI 或者HTTP 网页来抓，还是免费的。说起来简单，但是对于大多数生物出身的朋友，其实搞定这个还是比较麻烦。

之前我写TBtools的时候，很早就开放了命令行dump KEGG库的接口，然而，没人用。而另外我有些了KEGG Pathway富集分析的功能，包括命令行和GUI...于是有不少朋友希望能完成今天我们要讲的这个分析，是TBtools的忠实用户，来，满足你

一张图，说明了所有用法，还是不会的朋友，请到大群，最好是使用交流群来找我啦。

结果文件夹中所有已经着色好的KEGG通路图片，.png，及其对应的.html网页文件

打开每一个网页文件，鼠标移动到差异表达基因注释到的酶上，可交互式查看对应的差异表达基因情况，红色表示注释到该酶上的差异表达基因均为上调表达基因，绿色则表示均为下调，黄色则表示上下调均有

说明一下啦，我的Java其实算不上入门，相反，perl码我觉得我还能写一点，至少能体会perl的思想，却还是不是非常懂java的思想。无论是说不想展示粗陋的Java码，还是我小心逗号，反正我是不会直接开源TBtools的。

有几个朋友问到TBtools一些工具的原理和细节啦，我基本都是这样回复的，代码我没有加密也没有混淆，无论如何，直接用jd-gui.jar 可以直接打开，查看到所有源码包括注释....如果这样都帮不到你，我个人确实是没有时间去一点一点讲解咯，毕竟，不是你老板，而我虽然是果农也码码，但并不是码农，不浪费彼此时间。

最后分享一下学院一个对学生非常好的老师送的橙子

以下是对应的我发在朋友圈的文本

这个是我吃过最好吃的橙子，可能是廉江或者湛江的红江橙。感谢感谢。这个橙子，比较特殊，是我知道的唯一一个遗传相对稳定的嫁接嵌合体果树品种。怎么说吧，来源不同，L1层的细胞与L2L3来源不同植物，类似器官移植的动物。L1层和其他两层存在交流，和胚胎发育而来的人类嵌合体有点像(也就是说，存在一部分人，体内有他从未出身的兄弟姐妹，已经融合到身体并形成部分了，比如你的生殖细胞其实不是你的，是本来你的孪生兄弟的，但是在面世之前，他就被你。吃。掉了)。

Done。预祝大家新年快乐！看看有机会年前再更新一个...包括之前说的还剩下两种GO富集结果的展示方式、、、、