Microbiome：胎盘可能是无菌的？！

美国宾夕法尼亚大学Frederic D. Bushman等人于2018年10月30日在《Microbiome》上发表题目为《Lack of detection of a human placenta microbiome in samples from preterm and term deliveries》的文章。

该研究通过16S rRNA基因测序和鸟枪宏基因组学分析了早产和足月分娩的胎盘样本。结果表明口腔和阴道标本中均发现预期的微生物群落，但胎盘样品与环境样本无法区分。

研究摘要

背景：从历史上看，在健康的怀孕期间人的子宫被认为是无菌的，但是这种想法在最近受到了挑战，使用基于DNA序列的方法的研究表明子宫被细菌定植。例如，对来自胎盘样品的DNA的分析产生了小比例的微生物序列，其被提出代表正常的细菌定植。然而，我们小组的分析显示阴性对照和胎盘样本之间没有区别。也支持子宫是无菌的这一观点，因为在无菌隔离器中无菌分娩新生儿可以产生无菌哺乳动物，之后新生儿仍保持无菌，这似乎为子宫是无菌的这一论点提供了强有力的数据。

结果：为了进一步探讨这一点并研究与自发性早产相关的胎盘定植，我们进行了另一项研究，通过16S rRNA基因测序和鸟枪宏基因组测序比较了来自20个足月和20个自发早产的胎盘样本中的微生物群。我们首先使用16S rRNA基因定量PCR（qPCR）定量细菌16S rRNA基因序列的绝对量。与我们之前的研究一样，胎盘样本中的序列水平较低，与阴性对照无法区分。同阴性对照，先前工作中的标记基因测序或使用鸟枪宏基因组测序相比，DNA测序分析没有产生不同的胎盘微生物组。这几，包括错误的读取分类和条形码错误分配，并从数据中删除以阐明这一点。测序分析要注意几点，包括错误的序列分类和条形码错误分配，并从数据中删除以阐明这一点。

结论：我们的研究结果不支持在足月分娩或自发早产的胎盘中存在一致的胎盘微生物组。

关键词：胎盘，鸟枪宏基因组学，16S rRNA基因，微生物组，早产

实验设计

文中图片说明

图1 所研究样品中16S rRNA基因丰度的定量PCR（qPCR）分析。显示的值是每个样品的阈值（CT）的循环。检测限是CT水平40（水平线）。没有可检测信号的样品显示在该线上方。

图2 使用16S rRNA标记基因测序推断的细菌丰度概述。

a 热图显示每个样品（柱）的细菌属的相对丰度。

b 所有样品的未加权UniFrac距离的PCoA，按样品类型着色。 c 空白与胎盘样本的未加权UniFrac的PCoA分析图

图3 通过样品类型进行鸟枪宏基因组序列分析所获得的序列数。“Total Reads ”是来自HiSeq测序运行的所有序列; “Nonhost Reads”是Sunbeam人类过滤后剩余的序列，“Komplexity Filtered Reads”是从Nonhost Reads过滤低复杂度序列剩余的序列，“Kraken Classified Reads ”是在Komplexity过滤后保留的并且用Kraken分类的， 去除Chordata，Arthropoda 和Apicomplexa后

图4 热图显示了来自鸟枪宏基因组测序的每个样品中分类读数的相对丰度。列显示单个样本，行显示属，按门分组。显示的谱系是每个样品最丰富的三大分类。

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