PCR反应前的注意事项
1,模板的用量
模板的用量往往取决于模板类型和反应体系。以50 μl反应体系为例,人基因组DNA,建议起始量为0.1-1.0 μg;大肠杆菌基因组DNA,10-100 ng;λDNA,0.5-5 ng;质粒或病毒DNA,0.1-10 ng。浓度过高会导致非特异性扩增,过低会导致产物量下降。正常情况下,适当提高模板浓度,减少循环次数,可提高PCR扩增的保真度。
2,模板完整性
模板的完整性主要是通过核酸电泳来判断,电泳结果若在23 kb左右有一条完整条带,则证明DNA完整性比较好。电泳结果中若出现弥散或无明显条带,则DNA可能发生降解。
3,模板的纯度
模板的纯度一般通过分光光度计测定,通常OD260/OD280比值在1.8~2.0认为DNA的纯度比较好,大于2.0可能存在RNA污染,小于1.8可能存在蛋白质污染。另外,模板中如果有蛋白酶、核酸酶、DNA聚合酶抑制剂、DNA结合蛋白等的污染,会大大降低扩增效率。
引物
1,引物设计
在PCR扩增时,引物是决定扩增特异性与产量的最重要因素之一,所以引物序列的设计尤为重要。通常可借助引物设计软件辅助引物设计,比如NCBI网站的Primer BLAST在线工具、Primer 5在线工具、Primer Premier引物设计软件、Oligo 引物设计软件等。另外,小编也整理了一份引物设计原则供小伙伴们参考:
2,引物使用建议
终浓度要求在0.1-1 μM,通常使用0.2 μM。对于简并引物、随机引物,可适当增加引物使用量,切记用量不要过高,否则会降低PCR的特异性。若模板量多且结构复杂(如人基因组DNA)时,适量减少引物用量提高特异性;反之,模板量少(如质粒模板)时,适当增加引物用量,提高PCR产量。
PCR 试剂
PCR反应除了模板和引物外,还需要准备DNA聚合酶、dNTPs、镁离子、反应缓冲液和稳定剂等组份按照一定配比组成的试剂作为反应环境。为了实验的方便性,商业化PCR试剂大多做成2x即用型PCR Mix,大大节约了加样时间、最大限度地减少了人为误差、降低污染几率。市面上存的的PCR种类也比较多,需要根据实验的目的不同选择适合的PCR Mix,小编根据实验经验总结了以下建议,供参考:
a,菌液或质粒等PCR验证实验建议首选常规PCR mix;
b,多重PCR、高特异性PCR或高通量实验时建议首选热启动PCR mix;
c,长片段扩增(≥10kb)时首选长片段PCR mix;
d,在分子克隆、测序和定点突变、SNP等保真度需求高的实验时首选高保真或超保真PCR mix;
e,复杂模板或高GC含量的模板扩增时首选高GC或超保真 PCR mix。