代谢组学数据一般存放在MTBLS
前面我们提到过:蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站
这次又接触了一下代谢组学数据,看的文章是 Cell. 2019 May 2;177(4):
里面提到 Data and Software Availability Lipidomics data on liver fractions have been deposited in the EMBL-EBI under accession code MTBLS600. Data will be accessible upon publication of the manuscript.
2019年5月2日,来自巴塞罗那科学技术研究院的Antonio Zorzano与MariaIsabel Hernandez-Alvarez合作在Cell 上发表文章 Deficient EndoplasmicReticulum-Mitochondrial Phosphatidylserine Transfer Causes Liver Disease,发现Mfn2可以和PS直接互作,并介导PS在线粒体和内质网之间的转移,肝脏特异敲除Mfn2(L-KO)会引发严重的肝脏疾病。
关于MetaboLights
MetaboLights is a database for Metabolomics experiments and derived information. The database is cross-species, cross-technique and covers metabolite structures and their reference spectra as well as their biological roles, locations and concentrations, and experimental data from metabolic experiments. MetaboLights is the recommended Metabolomics repository for a number of leading journals.
代谢组学即采用质谱仪对生物体内的小分子(代谢物)进行检测和量化,再通过计算程序分析,以确定代谢物的丰富性。这些结果将用于评估个体的细胞情况和健康状态。成立于2012年的MetaboLights平台可以储存和共享这些数据。
位于英国的Metabolights是由欧洲代谢组学标准协调委员会(COSMOS)联盟所支持的,该联盟制定了代谢组学的数据标准。还有代谢组学工作平台(Metabolomics Workbench),该平台旨在建立国立卫生研究院资助下的代谢组项目的数据库。赛默飞世尔科技与Fiehn合作推出了mzcloud.org网站提供免费的社区数据库,数据库包括在鉴定时有待注释的未知组分的真实和虚拟谱图。
英国生物技术和生物科学研究理事会(BBSRC)的资助
2015年5月11日,由欧洲生物信息研究所、英国伯明翰大学、曼彻斯特大学、牛津大学、塞恩斯伯里实验室、英国基因组分析中心、华大基因及其开放式大数据期刊《GigaScience》组成的合作联盟获得了英国生物技术和生物科学研究理事会(BBSRC)的基金资助,助推代谢组学的数据共享和分析。
调查
另外,上周我们公布了,蛋白质组学习小组起飞啦! 短短几天就获得了250多小伙伴的支持,让我们也更有信心的带领大家掌握一个蛋白质组学数据处理的实战,前面两期我们分享的是:
大家觉得,代谢组学兴趣小组有必要开一个吗?大家可以留言提出自己的想法,也欢迎自荐或推荐他人来做小组长!