Nextflow 快速搭建生信分析流程（四）- Channel

本节我们介绍Nextflow中的Channel类型，Channel是nextflow中process之间进行数据传递的通道。

Channel主要有两个属性：

1. 采用异步操作的方式进行数据传递；

2. 数据接收采用block的形式，直到数据流信息传递过来之后才会“转交”给接收的process；

Channel类型介绍：

1. Queue Channel

Queue Channel采用非block的形式进行存储(FIFO)，用于连接两个process，Queue Channel通常是通过factory的方法产生，包括from, fromPath等方法。Process的输出也经常以Channel的方式进行存储；

注意：Queue channel只能使用一次。

2. Value channel

Value Channel是一个数值型的通道，可以无限次的使用，同时可以被多个process调用。可以产生value channel的操作符包括first, last, collect, count, min, max, reduce, sum。

Channel方法介绍：

1. Of 方法：

of 方法可以创建任何类型的数据，例如：

ch =Channel.of(1, 3, 4, 6, “hello world”)

ch.view{ “value:$it “ }

2. Value 方法：

Value方法用于产生数值型的channel：

Exp1 = Chanel.value()

Exp2 = Channel.value(“Hello there”)

Exp3 = Channel.value([1,2,3,4,5])

3. fromList 方法：

fromList 用于产生一个含有元素的列表：

Channel

.fromList(['a’,'b’, 'c’])

.view{ “value:$it”}

4. fromPath 方法：

myFileChannel = Channel.fromPath( '/data/ *.fp' )

fromPath方法支持正则表达式，方法中可以添加的参数如下：

参数名称	参数描述
glob	是否支持正则表达式，默认为true
type	返回的类型，file, dir, any 默认为file
hidden	是否显示隐藏文件，默认为false
maxDepth	读取目录的深度
followLinks	是否读取链接文件
relative	是否使用相对路径，默认为false
checkIfExists	是否检查路径是否存在，默认为false

5.  fromFilePairs 方法：

fromFilePairs方法可以使用正则表达式的方式匹配双端测序文件，Channel可以以列表的形式每次释放一对文件。

Channel

.fromFilePairs('/my/data/SRR*_{1,2}.fastq')

.view()

方法中可以添加的参数如下：

参数名称	参数描述
type	返回的类型，file, dir, any 默认为file
hidden	是否显示隐藏文件，默认为false
maxDepth	读取目录的深度
followLinks	是否读取链接文件
size	每个item中的元素个数，默认为2，设置为-1时不加任何限制
flat	当设置为true时，将会把元素转成单个释放
checkIfExists	是否检查路径是否存在，默认为false

6. fromSRA 方法：

fromSRA方法可以直接下载NCBI中的SRA数据，并且将SRA直接转成fastq文件。

ids = ['ERR908507', 'ERR908506', 'ERR908505']

Channel

.fromSRA(ids)

.view()

方法中可以添加的参数如下：

参数名称	参数描述
apiKey	NCBI中的API key
cache	是否缓存API信息, 默认为true
max	并行下载数据的数目，默认没有限制

7.  watchPath 方法：

watchPath方法会监控一个目录中文件的变化，当文件名称与watchPath中定义的表达式相匹配时，就会释放匹配到的元素，默认情况下只会监控新产生的文件。

Channel

.watchPath( '/path/*.fa' )

.subscribe { println "Fasta file:$it" }

可选参数如下：

参数名称	参数描述
create	监控创建的新文件
modify	监控修改的文件
delete	监控删除的文件