在姚广孝、袁珙等人的劝说下，燕王朱棣决心起兵
洪武三十一年闰五月，明太祖朱元璋去世，六天后，皇太孙朱允炆登基，即建文帝。
七月，朱允炆下令捉拿周王朱橚，八月，朱允炆下诏削夺朱橚爵位，将其废为庶人。
对于朝廷此举的用意，燕王朱棣自然心知肚明。
朱棣深感不安，此时他的三个儿子尚在京师，他连忙上书为胞弟求情。
姚广孝通晓天文、地理、兵法、术数，是不可多得的人才，朱棣起兵需要谋士，可是，如何向姚广孝言明此事呢？
据说，朱棣出了一个上联试探姚广孝，“天寒地冻水无一点不成冰“，姚广孝的下联很露骨，”世乱民贫王不出头谁作主”，于是朱棣决定起兵。
还有另一种说法，朱棣请姚广孝占卜，姚广孝给了朱棣三枚铜钱。朱棣刚掷出其中一枚，姚广孝问：殿下是要预测能否登基称帝？
朱棣连忙令他不得妄言，姚广孝却趁机说出对于起兵的一番谋划。
这两种说法的真实性有待考证。不过，姚广孝确实曾想方设法帮朱棣坚定起兵的决心。
虽然不甘心被朝廷削夺爵位，但是毕竟起兵的风险太大，一旦失败，后果不堪设想，朱棣一时拿不定主意。
朱棣问：“民心向彼，奈何？”（《明史·列传·姚广孝》）。
姚广孝回答：“臣知天道，何论民心”。
姚广孝进一步分析当时的形势，向朱棣指出：从朝廷目前的削藩动作来看，燕王很难幸免，不起兵无异于坐以待毙；燕地曾是元朝的都城，乃北方雄镇，民习弓马，地产富饶，人才济济，大王起兵胜算很大。
而且，姚广孝还将袁珙、金忠推荐给朱棣。
袁珙是一位有名的相士，与姚广孝同岁，他们都比朱元璋小七岁。在洪武中期，袁珙曾在嵩山寺与姚广孝相遇，他断言姚广孝是与刘秉忠一样的人。
袁珙到北平后，朱棣故意身穿卫士的衣服，与数名卫士坐在一起喝酒。袁珙早已认出朱棣，向前对朱棣行礼，众卫士笑他认错了，袁珙却坚信自己没有认错。
朱棣把袁珙召进王府，袁珙说，“龙行虎步，日角插天，太平天子也。”（《明史·列传·袁珙》）。
然后，袁珙又对王府的将士全都许以公侯将帅，大家听后十分高兴。
朱棣担心这些话被泄露出去，假装生气让人把袁珙赶走。袁珙行至通州将要登船时，朱棣又令人将其秘密带回。
当时朱棣面临两种选择，一种是一切听从朝廷旨意，带来的结果可能和周王朱橚差不多：被废为庶人，或被流放，或被囚禁，或被问罪伏诛。作为朱橚的亲哥哥，朱棣自然知道朱橚绝对没有实力危及皇权，而朱棣的势力为藩王之首，最有实力威胁皇权，深受朱允炆忌惮，能得到好于朱橚结果的可能性不大。
如果换算成收益，朱棣这种选择的收益很可能为零，当然，这也意味着他另一种选择的机会成本为零。
朱棣的另一种选择是起兵夺位，这种选择的风险很大，在朱棣之前似乎没有成功的先例，如果成功，收益极大。
思来想去，朱棣逐渐下定决心，暗中选拔军官，充实护卫，广召人才。
“阴选将校，勾军卒，收材勇异能之士。”（《明史·列传·姚广孝》）
燕王府基于元宫旧址改建而成，府邸深邃，姚广孝在后苑操练士卒，日夜打造兵器，同时采取了多种隔音措施，“穴地作重屋，缭以厚垣，密甃翎甋瓶缶”（《明史·列传·姚广孝》），而且养了很多鹅鸭，以掩盖声音。
洪武三十一年（公元1398年）十一月，建文帝朱允炆任命工部侍郎张昺为北平布政使，令谢贵、张信执掌北平都指挥使司，秘密侦察燕王府的动静。
建文元年（公元1399年）正月，朱棣派长史葛诚去京师上奏事情。朱允炆向他询问燕王府内的情况，葛诚据实以告，朱允炆于是让葛诚返回北平，让他作朝廷的内应。
朱棣很快察觉出葛诚的神色与先前不同，开始怀疑葛诚。
二月，朱棣去京师进见建文帝朱允炆，监察御史曾凤韶劾朱棣不敬，户部侍郎卓敬建议将朱棣改封到南昌，都没被朱允炆采纳。
三月，可能是因为感觉到危险日益临近，朱棣返回北平后开始称病不出。