基因工程小鼠定制方案包含哪些内容？

一份基因工程小鼠定制方案一般需要包括以下几方面内容：

• 定制目的

• 目的基因信息

• 模型构建策略

• 定制周期

• 风险提示

定制目的

在进行方案分析前，首先我们需要清楚地了解你的需求以及目的。例如：我需要一个 Atg5 基因的条件性基因敲除小鼠来研究自噬。

靶基因信息

接下来我们就会针对你感兴趣的靶基因，例如 Atg5 基因，来进行分析啦：

Atg5 基因在小鼠中的基因全名是 autophagy related 5，染色体位置是位于小鼠10号染色体，全长约96kb。

图1. Atg5 基因染色体大致位置

目前一共发现了两个转录本，分别为 Atg5-201 和 Atg5-202。其中202号转录本不编码蛋白；仅201号转录本编码功能蛋白产物，最终翻译成含有275个氨基酸的 Atg5 蛋白。

图2. Atg5 基因转录本信息

Atg5-201号转录本共有8个外显子（exon），翻译起始于第2个外显子中的起始密码子，终止于第8个外显子。在第7个内含子（intron）中还包含一个microRNA，Mir1929。

图3. Atg5 基因转录本结构信息

我们还会查询这个基因是否已经有 KO 或 CKO 的小鼠模型被文献报道过，以及它们的敲除策略是什么，有什么显著的表型。

比如，已经被报道的 Atg5 基因敲除小鼠模型有：

图4. Atg5 基因现有敲除小鼠模型信息

现有 Atg5 CKO 小鼠模型的敲除策略：

A targeting vector was designed to flank exon 3 with loxP sites. A neomycin resistance cassette was included such that expression of cre recombinase would remove both exon 3 and the neo. （Reference：Hara T, et al., Suppression of basal autophagy in neural cells causes neurodegenerative disease in mice. Nature. 2006 Jun 15;441(7095):885-9）

敲除或突变小鼠的已知表型有：

Mutation of this gene results in impaired autophagy due to absence of autolysosomes. Homozygotes die within 1 day of birth, have shorter survival times and reduced amino acid levels under fasting conditions. Homozygotes for a gene trap insertion mutationin this gene show no abnormal phenotype.

等一下，这些信息是从何而知的？3个网站：NCBI、Ensembl、MGI