永历帝从广东先后逃亡入贵州、云南、缅甸，最终难逃被吴三桂杀死
一.南明从回光返照形式一片良好，到接连失地：
1. 南明回光返照，形势一片良好：
公元1648年（南明永历二年、清朝顺治五年），南明永历政权名义控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、江西、四川七省，还包括北方山西、陕西、甘肃三省一部以及东南福建和浙江两省的沿海岛屿。此时的南明出现了回光返照，形式一片良好。如果按照如此良好的形势一路坚持下去的话，南明“反清复明”的伟大宏愿或许真的会成功。
2.南明的形势又开始逐步恶化：
然而时间进入到公元1649年（南明永历三年、清朝顺治六年），才有点回光返照的南明，形势又开始逐步恶化了。南明永历政权的内部，仍然是矛盾重重，各派系政治势力仍然是互相攻讦，根本不能团结一心、朝着共同的目标进行“反清复明”。 同时各地的农民军也倍受排挤打击，处境艰难，这就给了清军以喘息之机。
3.南明接连失地：
公元1649年（南明永历三年、清朝顺治六年）正月，清军突袭了湖南重镇湘潭。接着湖南宝庆﹑衡阳﹑靖州等地，也重新被清军攻陷，湖南全境又复落入清军之手。
而广西的北门户全州，在不久之后也失守，广西的门户大开。南明兵部尚书堵胤锡及其所率忠贞营，从湖南郴州一路撤入广西南宁。
在江西方面，南明军队节节失败，江西治所南昌被清军围困了半年之后，也于正月十九日城破。南明江西金声桓透水自尽。
在西北方面，清军于正月攻占甘州府（今甘肃省张掖市），不久又破肃州府（今甘肃省酒泉市肃州区）。后被清朝皇父摄政王多尔衮下谕：“丁国栋、黑二着就地立斩”。于是丁国栋等被清军凌迟处死。
4.李成栋死亡：
早在公元1648年（南明永历二年、清朝顺治五年）九月的时候，驻扎在广东的南明惠国公李成栋，率众十余万分兵出击信丰（今江西省赣州市信丰县）、南安（今江西省赣州市大余县南安镇），进攻赣州。但是却遭到清军南赣巡抚刘武元、总兵胡有升的英勇抵抗，反而连破李成栋数营，李成栋无奈之下只得退守信丰。
公元1649年（南明永历三年、清朝顺治六年），清军在攻克江西南昌，诛杀金声桓后，乘胜包围了信丰。随后，清军副都统觉善首先攻破了信丰，李成栋部溃败。清军乘胜追击，4月12日，李成栋坠马淹死。
二. 平南王尚可喜攻打广东：
公元1649年（南明永历三年、清朝顺治六年）十一月，清朝调定南王孔有德﹑靖南王耿仲明﹑平南王尚可喜三王旧部再次南下攻打南明。其中定南王孔有德由湖南攻打广西，靖南王耿仲明﹑平南王尚可喜经江西攻打广东。
1650年除夕之夜，清军平南王尚可喜先后攻取广东南雄，韶州；三月，尚可喜围困广州，招降惠州﹑潮州；十一月初二，尚可喜攻破广州。
三. 南明永历帝朱由榔先逃亡至贵州，再逃亡至云南：
1. 孙可望改投南明永历政权：
孙可望，本为为张献忠四个养子中的长子，是明末张献忠农民起义军大西政权的群将之首，被封为平东将军，另加监军，有节制文武之权。张献忠的大西政权失败后，孙可望与李定国等大西政权余部，先是进处云贵一带，坚持抗清。后来又改投了当时回光返照的南明永历政权。
2. 孙可望以武力挟制永历朝廷，挟天子以令诸侯：
虽然有大西政权余部孙可望等人的投靠，南明永历政权的实力略有增加。但是这同时也是引狼入室，后患无穷。公元1651年（南明永历五年、清朝顺治八年）冬，南明永历帝朱由榔被孙可望以武力胁迫到安龙府（今贵州安龙布依族苗族自治县）居住。孙可望挟南明天子（永历帝朱由榔），以令南明诸侯。
自公元1651年（南明永历五年、清朝顺治八年）冬开始，南明永历帝朱由榔被孙可望足足软禁了三年。在孙可望的软禁下，永历帝朱由榔反而过了三年多的安稳但不自由的生活。这段时间，永历帝朱由榔再也不用颠沛流离、担心害怕了，这也算是不幸中的万幸了。
3. 孙可望秘谋篡位，永历帝朱由榔逃亡至云南：
公元1654年（南明永历八年、清朝顺治十一年），孙可望欲自立，永历帝朱由榔密召李定国护驾。事情败露之后，孙可望派遣郑国举兵问罪，最后孙可望以“盗宝矫诏、欺群害良”拟罪，赐吴贞毓自缢并斩吴以下十七朝臣。
公元1656年（南明永历十年、清朝顺治十三年），孙可望再次秘谋篡位，引发了南明内讧，李定国拥永历帝逃至云南。公元1657年，李定国于云南曲靖交水大败孙可望，孙可望势穷投降清朝。孙可望降清后，把南明在西南地区的军事情报全部提供给了清朝。
四. 吴三桂攻入云南：
公元1658年（南明永历十二年、清朝顺治十五年），清军主力从湖南、四川、广西共三路大军进攻贵州。正月，清军击败湘西明军，先是攻克沅州﹑靖州，然后一路西进，占领贵州镇远；四月，清军攻入贵州省会贵阳；
同时，同样是四月，清军占领重庆，南下贵州遵义；清军征南将军赵布泰部，自三月由湖南进攻广西，先是取道桂林，然后再取道南丹，于五月攻占贵州都匀。年底，平西大将军吴三桂攻入云南。
五. 永历帝逃亡缅甸：
清军平西大将军吴三桂，率军攻入云南。南明永历政权上下自然是大为震动，大为恐惧，永历帝朱由榔尤为胆小怕死。公元1658年（南明永历十二年、清朝顺治十五年）十二月，永历帝朱由榔及李定国继续西逃，逃至滇西；十二月十五日，永历帝朱由榔及众大臣又继续撤往云南大理。
公元1659年（南明永历十三年、清朝顺治十六年）正月初四，永历帝朱由榔经边境铁壁关逃入缅甸境内；五月，永历帝朱由榔经水路至缅甸首都阿瓦。
六. 朱由榔在云南被杀，南明永历政权灭亡：
公元1660年（南明永历十四年、清朝顺治十七年）二月，南明李定国、白文选亲率明军入缅甸欲迎接永历帝朱由榔。明军在缅北与缅军进行了大战，明军获得大胜。
可惜好景不长，公元1661年（南明永历十五年、清朝顺治十八年）八月十二日，新缅王莽白以饮咒水盟誓为名，杀了跟随永历帝朱由榔的四十二名大臣和太监；同年十二月初三，缅王受到清朝的压力，将朱由榔及家属送交清军带回昆明。
公元1662年（南明永历十六年、清康熙元年）四月十五日，永历帝朱由榔朱由榔与儿子朱慈煊，被清军吴三桂绞杀在昆明，南明永历政权正是灭亡，同时南明也正式灭亡。