房地产财税界有个共识，“合并清算”与“分开清算”相比，在税收上通常是划算的，如果“合并清算”比“非合并清算”税负低，就意味着有税务筹划的空间，换句话说争取“合并清算”是一种税务筹划的手段。但是现有土地增值税税收法规规定及执法口径，各地差异较大，所以说争取“合并清算”能否落地的关窍是对各地税收政策和执法口径的把握。本节以“合并清算”中“合并分期”为例来讲述这个问题。
因为各地对分期的划分存在不同的标准，这意味企业存在选择的空间。从原理上讲，土地增值税是以房地产开发项目为计算的，但实践中，对于房地产项目，有很多不同的划分标准。如政府不同部门分别确定了不同的划分标准，下发了很多项目许可。如发改委立项批复、规划许可证、建筑许可证、销售许可证等。不同的许可，还根据项目本身需求，明确了分期开发、建设以及销售。正因为这些不同的划分标准，给了企业可以选择的空间。（1）《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第8条规定：土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位。（2）《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号，以下简称187号文）文件规定：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为清算单位进行清算；对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。（3）《土地增值税清算规程》（国税发〔2009〕91号）第17条规定：清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算。各省各地对于土增清算单位的规定文件限于篇幅不好一一列举，我们将这些规定大体归为三类：第一类，以规划部门发放的用地或工程规划许可证确定的分期分批建设项目为单位进行清算。代表地区有：浙江、湖南、安徽、重庆、大连、青岛。第二类，结合项目实际情况及相关材料进行判定，代表地区有：北京、安徽第三类，对于开发周期较长，超过一定年限的，税务机关可根据纳税人自行分期项目确定为清算单位。代表地区有：江苏（超过5年）、深圳（超过3年）土地增值税计算流程之繁琐、扣除项目之复杂，各省土增清算口径不统一，致使土地增值税的清算难度加剧。1、上策：立项和规划时，避免不必要的分期增加土增税税负，这是最根本的解决思路。2、中策：事先通过预算测出各种方案税负情况，从设计环节平衡好各期税负，这是针对报规时未考虑税收因素的补救办法。3、下策：利用政策模糊地带，创造符合“并期”的条件，通过与税务局沟通，争取合并，这是上策、中策均为实施情况的后期补救措施。F项目由A企业全资开发，且A企业为J集团的子公司。F项目只有两种清算类型：开发普通住宅和非住宅，其中非住宅包括车库、商铺和幼儿园三种类型。根据A企业提交第三方出具的鉴证报告上看，F项目出售的产品所取得收入的增值率均为负值，即土增税的税负为零。F项目已按照规定预缴了土增税1100多万，全额申请退税。第一、对于A企业申报的土增税实际税负为零提出质疑。按照A企业提供的资料，在扣除相关成本后，得出F项目开发经营的利润率约13%，这项指标与行业的正常利润率不符合。第二、对于销售收入的真实性和完整性提出质疑，普通住宅的单价高于非住宅的单价，同时，商铺与幼儿园的均价比市场价要低。第三，对于成本比率提出质疑，F项目申报四项费用的总和超过4亿元，即单位面积成本超出按竣工年度计算的定额标准。鉴于三个疑点，税务人员从下面四方面着手，对土地增值税清算进行核查：1、对清算单位进行核查。经核查，发现F项目拥有两个《建设用地规划许可证》，根据当地税务机关的相关文件，F项目应当划分为两个清算单位，而A公司提交的报告资料中只划分了一个清算单位。经查勘，另外一个《建设用地规划许可证》的小地块上是一栋独立的非住宅楼。因此，经过重新划分清算单位后，独立的非住宅楼的单价提高，审核后调减应退土增税300多万元。2、对销售收入进行核查。经仔细核查，F项目的收入存在两个问题：第一，部分住宅收入明显偏低，土增税清算报告根据第三方资产评估机构出具的房屋估价报告对40多套住宅的评估价格调整增加销售收入360万元。还有合同单价明显低于评估价而未进行调增销售收入的普通住宅接近60套，以上两个情况均没有说明理由。第二，非住宅（商铺、幼儿园）的销售收入以低于市场价格15%左右的价格销售给J集团。3、对扣除项目进行核查。一是土地成本金额存疑，J集团在2010年收到F项目的土地出让返还款、配套费、人防费返还约1.2亿元，该笔资金约定用于F项目的基建和拆迁。二是前期工程费扣除凭证不足，三是建安工程费扣除凭证不足，四是乔木结算价格与造价信息差异较大，五是加计扣除中不应包含代收费用。4、对成本分摊进行核查。车库未计容，不能分摊“取得土地使用权所支付的金额”，另外，幼儿园没有缴纳配套费，不应分摊配套费即配套费的契税。独立的非住宅楼属于独立的地块，单独入户，没有享受小区环境，不应分摊园林费用。我国《土地增值税暂行条例》、《土地增值税暂行条例实施细则》以及财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税[1995]48号）和《关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）等法律文件规定了土地增值税免税的情形，如房地产企业需要享受这些税收优惠政策，税局会仔细核查该企业项目的情形是否适用相关税收优惠政策。因此，如企业对税收政策有理解误差，筹划方案则可能成为不合法的偷逃税方案。销售收入是计算土地增值税应纳税增值额的基础，也是在土地增值税预缴阶段的预征率适用的基础，因此，销售收入的完整性是税务机在土增税预缴阶段和清算阶段都重点关注的方面。除了销售收入外，计算土地增值税时可扣除的项目也是税务机关重点的方面，主要包括：土地出让金及税费、房地产开发成本、房地产开发费用、旧房及建筑物的评估价格、与转让房地产有关的税费。同时，企业可按土地成本与开发成本之和的20%加计可扣除项目。税务稽查时，税务机关主要看是否存在多结转开发成本以增加土地增值税扣除额的情形，应计入管理费用的土地使用税、印花税、房地产税是不是错误地计入了开发间接费用，代收费用有没有错误地加计扣除，各种成本是否都有对应的合法凭据，成本分摊是否合法等方面。1、筹划开展时点不恰当。筹划在前，谋划在后，不管是房地产开发企业的土增税筹划，还是其他税务方面的筹划，税务筹划方案的可行性和可操作性的关键在于提前规划，否则，筹划的空间越小。2、筹划人员的专业胜任能力不足。房地产开发企业本身经营环节多，涉及的数据、资料、情况比较复杂，而当企业的财务人员在不熟悉税法和企业财务处理的差异，自以为能给企业节税的情况下进行所谓的筹划，这样导致的结果很可能是更多的税务成本。3、对政策把握和理解不足。如本案中，由于对政策的把握不足，导致清算单位的划分错误，最终引起税务机关的核查。
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