这种利用查阅文献和生信数据挖掘找课题的思路值得学习
为了减少成本和风险,我们可以先利用TCGA、GEO数据挖掘的方法分析一下LINC00284在甲状腺癌的表达是否异常(VS normal),发现是高表达,然后结合临床数据分析一下对预后的影响,发现表达量越高预后越差。
光靠数据挖掘的分析,结果不一定可信。这时候就需要收集临床样本进行PCR验证表达是否跟数据挖掘的一致,如果一致,就是说明LINC00284在甲状腺癌中是高表达的,值得后续的深入研究,制作研究计划开展相关的工作。
接下就是分析LINC00284对甲状腺癌细胞的增殖、转移、侵袭的影响。
通过上面的分析发现LINC00284促进甲状腺癌细胞的增殖,但是具体是怎么发挥促进作用的呢?作用机制是什么?这个值得探讨。可以尝试经典的ceRNA机制,预测LINC00284下游的miRNA,然后通过实验验证具体调控的miRNA,再通过预测和验证找到该miRNA调控的靶基因,并且进行表达、功能、预后等一系列的分析。
用一张分子作用机制图总结上面的工作:
参考文献:PMID: 34226533
相关推荐
-
复旦中山医院夏朴课题组:肝细胞胞外囊泡miRNA-1促进内皮炎症和动脉粥样硬化的形成
外泌体学习班终于来啦,详情猛戳上图 非酒精性脂肪肝疾病(NAFLD)已成为全球主要的公共健康问题.该疾病目前影响西方国家总人口的20-35%,并且10%的患者可以从良性脂肪变性发展为更严重的疾病,包括 ...
-
东南大学:间充质干细胞来源的外泌体miR-125b-5p在急性肾损伤中促进肾小管修复
间充质干细胞衍生的外泌体(MSC-exos)是急性肾损伤(AKI)的无细胞治疗方式之一.但MSC-exos在促进肾小管修复中的潜力及其潜在机制仍然未知.来自东南大学中大医院刘必成.吕林莉课题组的研究人 ...
-
复旦大学肿瘤医院:外泌体lncRNA-SOX2OT靶向破骨细胞促进非小细胞肺癌骨转移
骨骼是非小细胞肺癌 (NSCLC) 的常见转移部位,骨转移 (BoM) 极大影响了患者的生存和生活质量.溶骨性 BoM 的特征是通过调节 TGF-β/pTHrP/RANKL 信号通路导致破骨细胞异常分 ...
-
动物用agomir产品案例应用策略解析丨含动物造模、实验处理、给药方式、给药剂量……
MicrONTM miRNA agomir是经过特殊化学修饰的miRNA激动剂,可直接注射于动物体内,用于模仿内源性miRNA.相比细胞用miRNA mimic,动物用miRNA agomir具有更高 ...
-
关于circRNA研究,你必须要知道的几件事
大部分的环状RNA是由外显子序列构成,在不同的物种中具有保守性,同时存在组织及不同发育阶段的表达特异性.由于环状RNA对核酸酶不敏感,所以比线性RNA更为稳定,这使得环状RNA在作为新型临床诊断标记物 ...
-
文献精读|基于SEER数据库的回顾性分析
欢迎来到医科研,这里是白介素2的读书笔记,跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘,R语言,TCGA.GEO数据挖掘. 文献标题 image.png 文献解读:通过应用 SEER数据库的公共数据 ...
-
生信新思路:单一肿瘤多聚腺苷酸化文献介绍
前几天一直在和大家分享一些关于3'UTR以及3'UTR当中的APA(Alternative Polyadenylation, 选择性多聚腺苷酸化)的内容,为什么要花这么久的时间分享这些呢?主要还是看到 ...
-
纯生信数据挖掘找不新思路?看看这篇10分SCI
发现我们常见的生信发文热点有免疫评分.m6A.铁死亡等等,例如下面这三篇经典的范文: 1.Identification of Key Genes inThyroid Cancer Microenvir ...
-
你只会用生信数据挖掘发文章,却不会利用它设计课题
很多人都知道怎么样利用生信数据挖掘发文章,却忽略了利用它怎么设置课题.现在离申请基金的日子越来越近了,很多人都在准备撰写基金,如果没有思路该怎么办呢?没有思路的同学可以考虑一下这种方法. 1.从TCG ...
-
现在的生信数据挖掘如此烂大街,该何去何从?
现在好多人都发现生信数据挖掘的文章没有前几年好发了,出现了烂大街的现象,正如很多人所说的"下一个meta分析".现在的生信数据挖掘文章越来越多,越来越难发,甚至出现极少数期刊不要了 ...
-
这种生信数据挖掘文章写标题的时候要注意了!
生信数据挖掘文章主要包括这两类:1.完全纯的生信数据挖掘(没有任何验证):2.生信数据挖掘+实验验证.完全纯的生信数据挖掘由于操作简单快速,成本低,生产速度快,基本上人人都有机会发表,目前已经达到了巅 ...
-
突然发现基本都是临床医生、医学生在搞纯生信数据挖掘
在2016年之前,你在PubMed上搜索meta分析这个关键词会发现大部分相关的文章都是来自国内***医院或者***医科大学:而在2016年之后,来自国内***医院或者***医科大学的meta分析类文 ...
-
重磅消息!这个期刊不再接收纯生信数据挖掘文章
今天有粉丝在后台留言说:向Frontiers in Oncology投稿的时候被该期刊主编告知:Frontiers in Oncology不再接收纯生信数据挖掘类文章(没有实验验证的).具体邮件说明如 ...
-
这么简单的纯生信数据挖掘竟然还可以发
很多人整天都说meta分析不好发了,不好发了.的确是不好发,因为门槛高了,利益可用程度降低了,不过只要你想发,不断努力,还是可以发的,不信的话,你可以到pubmed上面看看每天都一定大堆的meta 分 ...
-
利用Cytoscape作图提升生信文章档次 – sci666
大家好,万众期待的怪阿姨开脑洞时间又到了. 今天给大家带来的是Cytoscape作图,Cytoscape的用法先前依凡大大已经作了介绍! 现在进入正题,开启脑洞作图模式. 做完microRNA芯片测序 ...
-
纯生信数据挖掘太神奇了,就这样也能发3.5分非OA期刊
今天发现有四篇GEO数据挖掘挖掘的文章,都是纯生信的,分析内容也是比较简单的.这四篇文章都是出自于同一个期刊:INVESTIGATIONAL NEW DRUGS,影响因子:3.525,中科院最新分区: ...