进化树美化网站：iTOL

进化树的美化是进化学文章发表不可或缺的一步，近年来高水平文章研究都需要高颜值的配图。今天我们就介绍一个简单易用的进化树美化网站 iTOL。

Interaction Tree Of Life（网址：http://itol.embl.de/）的简称itol，是一个用于显示，处理和注释系统发育树的在线工具。部分功能收费。支持多种文件格式上传吗，并可以调整树枝、标签的颜色、形状和字体，进行多种注释。另外可以可直接在Web界面中提供数据集的表格创建和编辑。iTOL v4是第一个支持对Qiime 2树进行直接可视化和相关注释的工具。已实现完全批处理访问，允许以编程方式上载和导出矢量和位图等多种格式。

图1 iTOL的用户界面

显示带有多值条形图注释的系统发育树，并打开交互式数据集编辑器。数据通过电子表格输入，可以使用自动完成搜索界面轻松选择树节点。单击编辑器中的节点会缩放和平移树以显示其确切位置。

使用方法：

1. 输入文件准备

iTOL支持常用的系统树格式：Newick，Nexus，phyloXML，Text和Jplace等格式，还支持由EPA和pplacer创建的系统发生位置文件，当前版本引入了对QIIME 2文件的支持。我们采用CIPRES上下站的贝叶斯树，treeannotator生成的consensus tree 数据格式为txt格式的树文件，直接上传即可。

2.树的生成及美化

ITOL中同样可以选择正常，圆形，或无根树 ，并且可以显示branch上的标签，例如bootstrap值，时间mya值， MRBAYES生成的support值， 还有The NewHampshire X (NHX) 类型的大数据，甚至是多重node 值（例如IQ-TREE生成的值）。

我们可以用参数可对进化树进行简单编辑，调整字体类型，大小，进化枝颜色，粗细，node的大小，或者支的排序等内容。可以通过多种方式对node进行手动或自动分类，还可以根据各种参数手动或自动修剪或折叠分支。可以在任何节点上手动重新定义树根。

3.注释及类型（今年开始此功能收费）

注释分为以下几种类型：

FeatureData [Taxonomy]：将自动分配叶子标签，并且置信度值将显示为条形图数据集。

FeatureTable [Frequency]：将创建一个多值条形图，并在不同的树叶中使用采样频率。

FeatureData [AlignedSequence]：将自动创建多个序列比对数据集。

进化树还可以叠加其他数据内容，包括热图，饼图，物种分布特征图（tol_binary），柱状图，物种相关性进化树（tol_connections_leaves）等等。

4. 数据导出

iTOL的优势之一是创建高质量的图形位图或矢量图形，当前版本扩展了导出功能，其中包括针对彩色范围自动生成的图例以及几种数据集类型（如热图）。

由于今年开始网站支持不足，部分功能开始收费，但ITOL上面很多功能还是免费开放。以后会对于其他类似美化进化树软件或网站进行介绍，希望大家继续关注。

参考文献 Interactive Tree OfLife (iTOL) v4: recent updates and new developments