Gastroenterology | COVID-19患者住院至出院期间粪便真菌菌群的变化
推荐：江舜尧
编译：卓求
编辑：小菌菌
文章摘要
目的：SARS-CoV-2感染肠道细胞，可能影响肠道微生物群。我们研究了SARS-CoV-2感染者住院期间及康复后粪便真菌微生物组的变化。
方法：我们对从2020年2月5日到5月12日的香港30例COVID-19患者粪便样本进行了宏基因组测序分析。从入院到出院，每周采集2至3次粪便样本。我们比较了COVID-19患者与9名社区获得性肺炎患者和30名健康人（对照组）的粪便真菌群落组成。我们在住院期间评估了从鼻咽样本中清除SARS-CoV-2之前的粪便菌群分布。
结果：COVID-19患者住院时的粪便真菌与对照组相比有显著改变，其特征是白色念珠菌的富集。且最后一次采集的样本，发现30例COVID-19患者中仍有8例粪便真菌组成存在显著差异。此外，出院前的最后一次检测中，新冠肺炎患者的粪便真菌多样性高于健康对照2.5倍；COVID-19患者住院期间所有检测时间点的条件致病真菌如白色念珠菌、耳念珠菌和黄曲霉菌的比例明显升高。即便鼻咽样本中清除SARS-CoV-2并无呼吸道症状后，也在一组COVID-19患者的粪便样本中检测到两种与呼吸道相关的真菌病原体，即黄曲霉和黑曲霉菌。
结论：初步研究发现30例COVID-19患者住院期间粪便真菌的异质性，表现为条件致病真菌如念珠菌属和曲霉属的富集，在鼻咽清除SARS-CoV-2后的12天内，一部分COVID-19患者的肠道真菌不稳定和长期失调持续存在。需要进一步研究来确定肠道真菌的改变是否导致或由于SARS-CoV-2感染，以及这些改变对疾病进展的影响。
文中重要图片说明
图1 | COVID-19患者粪便标本采集及住院时间示意图。
图2 | COVID-19患者肠道真菌群落的变化。
图3 | COVID-19患者肠道真菌群落的改变以及住院期间的纵向变化。
图4 | COVID-19患者住院期间肠道真菌的大量繁殖。
图5 | COVID-19住院期间黄曲霉（A）和黑曲霉（B）的存在。
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