100篇泛癌研究文献解读之可变剪切事件大起底
为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
文章发表于 2014 Dec 4. doi: 10.4137/CIN.S19435， 到现在引用才6次，可以说是泛癌研究的一朵奇葩！题目是：A Pan-Cancer Analysis of Alternative Splicing Events Reveals Novel Tumor-Associated Splice Variants of Matriptase 文章的中心并不突出，研究团队开发了自己的可变剪切分析流程并且也下载了TCGA的RNA-seq测序数据进行处理，但是即没有提供分析结果，其流程也无法重现，得到的分析结果也没有太多的生物学意义阐述。
文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html
关于可变剪切
可变剪切是基因转录时，通过组合不同的外显子，形成不同转录本的过程，在生命的信息传递过程中发挥着重要的作用。超过90%人类基因要通过可变剪切产生转录本，其中60%的剪切变体会编码出不同的蛋白质异构体。
本研究的重点是开发了一个可变剪切分析流程，并且应用到了TCGA数据库的fastq测序数据。但是没有提供其流程源代码，也没有提供可变剪切分析结果，只是列出了自己的结论。而且关注点是：Matriptase (MT-SP1, TADG-15, epithin, ST14) was first described in 1993 as a new gelatinolytic activity in cultured breast cancer cells
数据分析流程
作者非常详尽的描述了其实验流程，可惜没有打包为docker镜像或者pipeline，不方便复现这个分析。
关于数据库挖掘
有很多类似的TCGA数据库挖掘文章，比如 4.416Front Oncol. 2018 Nov 2, Genome-Wide Profiling of Prognostic Alternative Splicing Signature in Colorectal Cancer. 深入分析了与结肠癌预后相关的关键可变剪切事件！
SplicSeq软件可以拿到7种可变剪切形式信息：
可变受体位点(AA)
可变供体位点(AD)
可变启动子(AP)
可变终止子(AT)
内含子保留(RI)
外显子跳跃(ES)
外显子互斥(ME)
其它类似文章：Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer【Journal of cancer；2018.04；IF3.249】
关于实验文章
比如邵志敏教授的题为“PHF5A Epigenetically Inhibits Apoptosis to Promote Breast Cancer Progression.”利用CRISPR-Cas9文库技术对RNA结合蛋白进行系统性功能筛选，发现了乳腺癌生存依赖的的剪切因子PHF5A ，TCGA、METABRIC、KMplot以及本中心的研究队列显示，PHF5A在乳腺癌组织中普遍存在高表达，并且其高表达指示着较差的预后。生物学功能上，PHF5A缺失会导致癌细胞增殖、迁移和成瘤能力显著受损。
我们就可以在TCGA数据库里面验证。
后记
可变剪切算是TCGA数据库挖掘领域一个比较小众的分支，还有circRNA数据库的circRNA也是类似的分析策略：
当然了，如果你想超脱于他们的泛癌计划已经发表的研究，那么就非常有必要跟着我读完这100篇泛癌文献！
详见我的100篇泛癌研究文献解读目录：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html
TCGA教程长期更新列表
TCGA的28篇教程-使用R语言的cgdsr包获取TCGA数据（cBioPortal）
TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGA包获取TCGA数据 （离线打包版本）
TCGA的28篇教程-使用R语言的RTCGAToolbox包获取TCGA数据 （FireBrowse portal）
TCGA的28篇教程-批量下载TCGA所有数据 （ UCSC的 XENA）