生信关心的疾病-蛋白质-化学物质关系问题，CTD数据库有解
许多疾病都与环境因子和基因的相互作用有关，CTD实验室的研究人员整合了来自各种生物的关键数据（例如基因序列、化合物和比较参考），这就是CTD数据库的前身。
CTD（The Comparative Toxicogenomics Database）提供了有关化学暴露（环境和药物），基因和蛋白质，表型和疾病之间复杂相互作用的信息。这些数据与功能和途径数据集成在一起，有助于发展关于受环境影响的疾病的潜在机制的假设。CTD包括超过230万种化学药物，46689个基因，4340个表型和7212种疾病的基因，化学表型，药物相关疾病，基因相关疾病和药物相互作用，自上次更新以来，内容增加了46％，与其他数据集集成后，产生的药物基因组关联超过3800万。
CTD
The Comparative Toxicogenomics Database
https://ctdbase.org
通过CTD数据库去检索我们想要了解的药物、化合物、靶点、通路、表型、疾病、生物等详细信息；还可以了解到基因与化合物之间的联系，甚至可以追朔到查找结果具体来自于哪篇文献？有哪些文献支持了这些观点？具体，参见以下。
01
搜索信息
点开Search模块，可以看到可供搜索的内容（可从不同的角度挖掘信息），简直就是花式搜索：
具体是这些：
Chemicals化学制品
可以浏览化学层次结构中的关系，并访问详细信息，包括结构，毒理学数据和相关基因，GO术语，疾病，途径和参考。
在疾病模块，数据库会把化学物质与某癌症有关的情况展出：
Diseases疾病
这里可以浏览人类疾病层次结构中的关系，并访问详细信息，包括相关的化学物质，基因，途径和参考。
比如动物疾病的途径：
Genes基因
通过符号，同义词，登录号，生物分类，化学，相互作用类型，疾病或基因本体注释来搜索或浏览来自各种脊椎动物和无脊椎动物的基因/蛋白质。
Chemical–Gene Interactions化学基因相互作用
可从出版的文献中搜索跨物种的化学-基因和蛋白质相互作用。可以通过化学，相互作用类型，基因，生物或基因本体论注释来检索相互作用。
Chemical–Phenotype Interactions化学表型相互作用
从出版的文献中搜索跨物种的化学表型相互作用。可以通过化学，相互作用类型，作为表型词汇的基因本体论（GO）术语和/或生物来检索相互作用。
References参考文献
按基因，生物分类，化学，化学-基因相互作用类型，疾病，引用信息或登录号搜索查询参考文章即可。
Gene Ontology (GO)基因本体论（GO）
看浏览基因本体论，并访问详细信息，包括带注释的基因和相关疾病。
Pathways途径
可浏览途径并访问详细信息，包括带注释的基因和相关疾病。
Organisms生物体
我们可以浏览生物分类单元层次结构，并访问相关基因。
Batch Query批量查询
下载与化学物质，疾病或基因输入列表相关的数据。
Exposure Studies Query曝光研究查询
通过化学物质（应激物/标记），基因（标记），疾病，表型（GO-BP），受体描述，国家/地区，参考登录号，年份，作者和/或标题/摘要搜索与暴露管理相关的研究。
Exposure Details Query曝光详情查询
通过化学物质（应激物/标记），基因（标记），疾病，表型（GO-BP），受体描述，参考登录号，年份，作者和/或标题/摘要搜索与暴露管理相关的暴露声明。
Anatomy解剖学
浏览解剖结构层次结构中的关系并访问相关数据，包括化学表型相互作用。
Keyword Query关键字查询
通过使用每页右上角的关键字查询框，按名称，同义词，登录标识符和其他关键字搜索数据。
以上是CTD数据库可供搜索的内容，是不是感到的知识的质量了？
02
工具包
CTD还有5个分析工具，分别是：
Batch Query批量查询
这里可以下载与一组化学物质，疾病，基因，基因本体论术语，途径或参考相关的自定义数据。
结果下载完了以后是tsv格式。稍微整整+Cytoscape就可以做成漂亮的网络图了。
Set Analyzer设置分析器
用于进行分析，例如基于集合的化学或基因集合富集，以及生成基因集合的途径。
MyGeneVenn
这里是将基因列表与最多两种化学物质或疾病相关的基因进行比较。
MyVenn
查看CTD化学品，疾病，基因，GO术语或途径或任何其他数据的列表之间的关系。
VennViewer
这个功能最多可以比较三种化学物质，疾病或基因的关联数据集。
以上工具都提供了引导语，使用时候不用担心不会操作啦。
03
数据下载
TCD提供下载的内容包括但不限于化学基因相互作用、化学基因相互作用类型、化学疾病协会、富含化学物质的协会、化学途径丰富的联系、基因-疾病关联。除此以外，还有顶部化学基因相互作用：
总之，CTD数据库像菜单一样，点哪里出哪里的数据，简单易学，数据和功能上也是进行深度科研研究是得力好手啊。而且CTD可研究的疾病包含肿瘤、常见病甚至包含罕见病数据，样本也不止限于组织血液，也包含多种细胞系外泌体等，十分不错，有这方面需求的快上车吧~希望大家使用愉快!
References
Davis AP, Grondin CJ, Johnson RJ, Sciaky D, Wiegers J, Wiegers TC, Mattingly CJ The Comparative Toxicogenomics Database: update 2021. Nucleic Acids Res. 2020 Oct 17.
END