《伤寒论》的精髓是病机
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病机，就是疾病发生、发展、变化的机理。搞经方的很反感谈病机，认为那是医经学派的东西，虚无飘渺，不如方证对应，“有是证用是方”来的实在。
这种思想的最极端者，是日本古方派的吉益东洞，认为“《伤寒论》唯方与证耳”，亦即是认为《伤寒论》的方剂理论，没有病机，而只有方药以及证候的对应关系。
这种否定《伤寒论》具有病机理论的思想，对我们近代医家影响很大，至今在中医界仍十分流行，甚至提倡“抓主证”，即是每一首经方抓住最主要的一个症状即可使用，抑或提倡“药证”，即见某一症状即可用某一药物。
这种思想，从某种程度来说是中医的倒退，回到几千年前，中医还未形成为理论医学之前的“经验医学”，只凭经验针对症状用药，而不考虑疾病原因。
岳美中先生概括《伤寒论》的特点是“察症候而罕言病理，出方剂而不言药性”，其实仲景书不是不言病理病机，而是很少像《内经》那样直接论述，病理病机理论主要隐藏于方证条文之中。
例如原文说：心下有水气、表不解、气上冲、阴阳俱虚、胃气不和、阳气怫郁在表、血弱气尽腠理开……仔细挖掘可看到《伤寒论》中散在不少病机理论。仲景先师在建立六经理论时，显然具有背后的系统理论，只是在写作中把重点放在证候的辨别上。
我们总结发现仲景先师在抽象的三阴三阳辨证框架体系内，用三焦营卫，脏腑腠理，胃气津液，寒热温凉和气血饮食，这些朴素唯物的生理病理因素构建了一套独特的病机解释体系，这个理论体系有着确切的概念和严谨的逻辑，对于疾病证候能够进行推论和预测。
《伤寒论》的原序说：“虽未能尽愈诸病，庶可以见病知源，若能寻余所集，思过半矣。”仲景先师写作此书的目的，在于训练“见病知源”的能力，在知道疾病原因之前，强调的是“见”，即是观察辨别临床现象，从而得知疾病本质，更说“思过半矣”，重视临床思维能力，如何能够思考清楚疾病的原因，最后才能做到“观其脉证，知犯何逆，随证治之”。
经方辨证的核心是方证，方证的核心是病机。经方大家胡希恕先生曾指出，辨方证，是中医辨证的尖端。辨方证，不能机械地理解为对照条文套方子，这样就降低了《伤寒论》的思维层次。胡老以辨方证著称，但他老人家是被作为“谨守病机派“代表，被誉为中国现代伤寒学术史上的三座高峰之一。
重视方与证之间的病机联系，从证候到病机，再到方药三步的一线贯穿，才是仲景先师完整的方证理论。证候只是疾病的外在表现，病机才是实质，经方辨证就是围绕病机这个核心，寻求方证相应。只有掌握了方证背后的病机，才能做到经方的活用广用。
单纯机械地套方子，不能突显仲景先师的病机理论，重要的是在掌握每一方的背后病机后，看到“证与证之间”、“病机与病机之间”、“方与方之间”、“药与药之间”，甚至是“剂量与剂量之间”的内在联系，看到了“证-机-方-药-量-效”之间一脉贯穿的理论，才算掌握了经方辨证论治的精髓。