易基因 | 独家分享：m6A peak鉴定经典软件exomPeak原理解析 / 开普饭

大家好，这里是易基因，此前我们已讲解许多关于RNA甲基化相关实验设计和研究思路套路，今天，我们来点新干货，从生物信息学分析的角度来独家解析MeRIP-Seq数据的分析利器——exome Peak。通过exomePeak包能够进行RNA甲基化位点peak鉴定、peak定量以及差异分析，一起来看看这款经典软件的内部原理吧。

关于exomePeak

exomePeak是目前主流的MeRIP-seq(m6A-seq)分析工具。最初版本是由孟佳课题组基于MATLAB语言编写的，之后的新版本采用R语言编写，使得这款软件应用更加简便。该工具主要用于组内Peak鉴定、组间差异Peak分析，以揭示RNA甲基组转录后调控的动态。exomePeak支持多个生物学重复、内部自动去除PCR重复和多重比对序列，peak鉴定基于外显子的连接位点(RNA甲基化位点)，而非全基因组进行考虑，增强了peak鉴定的准确性，使得该工相比MACs等工具更适合用于m6A-seq数据分析。

exomePeak软件的核心算法

核心peak检测的算法是基于Przyborowski和Wilenski的两个Poisson分布均值比较的方法（C检验）。更具体地说，我们假设落在基因外显子窗口w=[w₁,w₂]上的测序reads数量服从Poisson分布：

Tips：泊松分布：当一个小的概率固定（λ）的独立重复实验，重复次数很大（n）的时候，成功的概率趋近于固定值nλ，成功的次数满足泊松分布。

在这里，测一条read落在基因组上的哪个区域可以看做一个随机事件（虽然实际上并不随机），正好落在窗口w内的概率很小并且是固定的。当测序reads数很大的时候，落在区间内的概率是固定的。那么落在窗口w上的reads数量就该满足泊松分布。

其中，X_1,w和X_0,w是IP样本和 Input对照样本比对到窗口w=[w₁,w₂]内的reads数量，n₁和n₀是各个样本的reads总数(或测序深度)，参数λ_1,w和λ_0,w分别表示IP和Input样本测序reads落入窗口w的概率。接着，我们来检验一下这些假设：

其中c >1是可由用户指定的IP/Input倍数变化阈值。在给定X_1,w+X_0,w=k的条件下，X_1,w的条件分布遵循一个在k次随机试验中成功概率为p的二项分布，概率p定义为：

其中c =λ_1,w/λ_0,w。当p值小于用户定义的显著性水平α时，该条件检验(C-test)拒绝H₀假设

当n₁和n₀是总reads数时，得到的p值反映了窗口w相对于整个转录组reads的富集倍数(IP vs Input)的显著性。或者，如果n₁和n₀被设置成是在特定基因外显子区域内的总reads数，则相应的p值将代表窗口w相对于特定基因的富集倍数的显著性。然后用Fisher或Stouffer的方法将两个p值结合起来，以确定转录组范围或基因特异性富集倍数的意义。

1、exomePeak软件考虑的关键问题和相应设计

exomePeak是一个用于检测MeRIP-seq数据中转录后RNA修饰位点的R软件包，使用exomePeak分析可以解决转录组的异质性问题，大大简化了MeRIP-seq数据的分析流程。

输入和输出：exomePeak软件的输入是IP样本bam文件、对照组Input样本bam文件和基因组注释gtf文件。它以bed12的格式输出外显子区域鉴定的peak。bam文件最好可以通过一些转录组比对软件（如Tophat）进行比对，基因组gtf注释文件应包含用户感兴趣的所有转录本。它可以是从数据库如Illumina iGenome、UCSC Table Browser获得基因注释，或从cufflinks等程序中鉴定出的新转录本。当前版本exomePeak不扫描基因间或内含子区域的peak，这些peak可能属于所提供的gtf文件中未明确定义的转录本。

转录组异质性：exomePeak通过直接使用exome避免了异构体水平的差异(图S1)。它可以自动连接由内含子分隔的富集区，并将它们整合为单个 peak。这样的peak在现有的ChIPseq的peak calling程序中通常会被鉴定为的两个单独的peak。例如，FAM75A1在hg19上有两个非联合异构：NM_001085452 (chr9: 39355698-39361954)和NM_001085452 (chr9: 39884974-39891205)，这两种异构体将分别被单独处理和鉴定。理想情况下，在经过PolyA磁珠富集后，应该只剩下很少的Pre-mRNA，这样就不会鉴定到基因间隔区和内含子区域的peak。对于含有Pre-mRNA的特殊文库，可能需要先使用转录组de novo组装软件，如Cufflinks，在使用exomePeak进行peak鉴定之前先对所有现有的转录本进行识别。

位移大小：由于使用非链特异性文库和单端测序两种统计模式，比对到“-”链的read需要位移。read位移的大小可以由用户设置，一般默认为片段长度的一半（图S2）。

特定位置read数量：我们使用一个大小为w=2f-r的滑动窗口，其中f是片段长度，r是reads长度。窗口大小可以覆盖所有read，其起始点可能与甲基化位点有关。利用span为w的“smooth”函数对特定位置reads密度进行计算。“smooth”函数可以算作一个动态平均函数，下面以span等于5为例，计算各位点reads密度：

连接read，连接富集区，跳跃外显子的peak: exomePeak软件以与ChIPseq spp软件用相同的方式处理短read。它仅适用于reads的起始位置，并假设read将跨越属于同一基因的相邻外显子。在大多数情况下，属于同一基因的两个相邻的富集区域可以自动连接并报告为一个single peak；然而，当甲基化peak跨越一个跳跃外显子时，由于它们之间的外显子未富集，它将被报告为两个single peak。这本质上是一个转录本可变剪接混淆的问题，而exomePeak没有完全解决这个问题。

2、FDR:错误发现率是通过交换IP和输入样本来计算的，在结果报告中Bed12文件的第9列出现。FDR是通过比较IP样品和Input样品中的总富集面积（peak的总长度）来计算的。交换IP和Input样本后，exomePeak将在显著性水平FDR<0.05处正确输出0个peak。这与ChIP-seq的许多其他软件工具（如报告q值的MACS2）有着根本的不同。对于 MACS2，如果交换 IP和Input样本，它仍然会在FDR<0.05时输出超过30k的假阳性peak。

图S1

背景估计：exomePeak提供两种模式来估计X_0,w

'p’方法，或称'positional’方法，它使用Input对照样本中相应窗口区域的实际read计数。由于该方法过于灵敏，可能会导致许多假阳性peak。

“mga”方法，或“最小基因平均值”方法，它使用该基因的平均tag密度，该窗口中的tag密度应该低于该基因的平均密度，否则与“p”相同。当PCR 扩增偏好或 3' 偏好较少时，这种方法更为保守且效果更好。尽管如此，它在灵敏度方面不及'positional’方法。

内含子和基因间隔区的peak：exomePeak不扫描内含子区域，也不报告任何内含子peak。根据目前的RNA表观基因组测序方法，在PolyA提纯后，应该只剩下很少的Pre-mRNA，在理想情况下，不应该有任何read比对到内含子或基因间隔区。然而，在实际操作中，m6A甲基组数据中确实存在着内含子peak和基因间隔区的peak，这主要是由于以下两个原因：

首先，在新的转录本上有m6A甲基化位点，相对于不完整的基因注释数据库，它们被认定为是内含子或基因间隔区。特别是对于研究较少的生物体来说，这是非常常见的。一般来说，如果有已知的感兴趣的转录本，内含子的peak是可以忽略的，因为它们与任何已知的转录本或功能无关。但是，对于对未知的转录本感兴趣的用户，我们建议用户先运行转录组组装软件，然后将未知的转录本与现有的转录本相结合，之后再运行exomePeak进行peak calling。这样，内含子peak就可以与新发现的转录本联系起来。注意到exomePeak可以直接获取由Cufflink和 Cuffcompare生成的gft格式的基因注释文件，这有助于一些潜在分析的进行。

其次，在数据中可能存在来自Pre-mRNA的m6A甲基化位点，也可能存在来自其他生物的污染的m6A甲基化位点。即使在PolyA筛选后，样品中仍可能含有少量的Pre-mRNA。因此，潜在的污染可能导致内含子区域的read的产生，内含子区域约占人类基因组的98%。由于这些RNA通常作用不大，我们选择在exomePeak中忽略它们。对于需要考虑这些RNA的特殊情况，有必要在如上所述的peak检测之前运行转录组组装软件。

图S2

3、过滤PCR duplicates产物

一般来说，duplicates的程度高度依赖于tag密度。tag密度越大，预期的duplicates片段就越多。去除MeRIP-Seq中的重复片段read应该对低表达基因有益，但对高表达基因却不友好。由于我们一般更关心假阳性错误而不是假阴性错误（宁愿错过真正的peak也不将希望将假peak当作真的），所有duplicate read都使用 Samtools rmdup函数过滤。这种类型的过滤将避免由于PCR 产物引起的假阳性peak，但可能会错过高表达转录本上的peak。解决这一问题，可能需要更先进的PCR技术。

考虑长度为n/ 2bp的窗口，其中n是可能的唯一reads的最大数量。实际落入该区域的reads总数为m，唯一reads数x遵循以下分布