跑个scenic教程怎么把R搞奔溃了呢？

后起之秀奔涌而至，欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会！2020的生信入门学员看到了我们的scenic教程很多人留言自己的R奔溃了，见：解决SCENIC流程的多线程问题，就马上投稿帮大家解决它！

下面是学员随机投稿

发现问题：

scenicoptions <-initializescenic(org="mg, dbdir="cistarget-databases）

报错如下：

或下图

这个时候比R更崩溃是你的小心脏吧！！！别急，有办法了！！！

解决方法

主要报错分析：

  1. 其实这个时候主要是数据不完整导致的。
  2. 检查数据完整性 ok就能解决了。

解决步骤：

  1. 打开你电脑装的linux系统或者git也可以啊
  2. cd data 进入文件夹
  3. 先运行如下命令下载一个文件 用来检查数据完整性。

# Download sha256sum.txt (with wget or curl):

wget https://resources.aertslab.org/cistarget/databases/sha256sum.txt

得到 sha256sum.txt 内容如下：

然后把你下载的文件逐个放进data文件去检查。运行如下一句命令

awk -v feather_database=${feather_database} '$2 == feather_database' sha256sum.txt | sha256sum -c -

结果是ok说明完整。否则重新下载即可。下载方式可以参考文末链接。

这是数据完整后运行的正确的样子。

成功解决。嘻嘻！

参考:https://resources.aertslab.org/cistarget/help.html

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