表观转录组调控之meRIP（m6A甲基化修饰）

RNA修饰过去的研究基础是认为RNA在核酸结构上的化学微调，随着科学技术发展以及相关产品化抗体出现，对RNA修饰的研究不只是停留在结构微调，当前发现RNA修饰在转录组水平广泛存在，并且是可逆的动态调控状态，参与生物进程钟的多方面，包括：细胞分化、性别决定、肿瘤的发生和转移、DNA的损伤修复等生物学功能，今天带给大家的是RNA甲基化修饰研究内容。RNA甲基化发生在RNA分子上不同位置的甲基化修饰现象，常见的RNA转录后修饰方式有6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine，m6A）和5-甲基胞嘧啶（5-methylcytidine，m5C）。

1、技术简介

甲基化RNA免疫共沉淀基于抗体（m6A）特异性结合甲基化修饰的碱基，以磁珠包被的抗体结合修饰RNA，通过免疫结合吸附，纯化产物富集甲基化修饰片段，后续通过高通量测序，在全转录组范围内研究发生甲基化的RNA区域，可以是lncRNA、mRNA、circRNA等。

2、技术流程

➀ 细胞样品m6A RNA表达量测定（dot-blot方法）

➁ 细胞裂解，获取总RNA样本

➂ M6a抗体IP沉淀结合与磁珠共价形成复合物

➃ 洗脱纯化获取甲基化修饰的RNA产物

➄ 高通量测序

➅ 生物信息学分析

3、技术应用

➀  mRNA修饰

➁ 转录水平的调控

➂ 转录和翻译过程的联系

4、应用案例

m6A mRNA methylation regulates CTNNB1 to promote the proliferation of hepatoblastoma

作者选取肝母细胞癌未模型，在细胞水平研究上调m6A甲基化修饰和m6A因子，对肝癌HB细胞的生长、增殖、凋亡的影响，探究得出METTL3作为预后因子在HB细胞中起关键调节作用，继而在动物水平，建立NC组和shRNA敲低组，观察肿瘤形成的大小，阐明METTLL3在肿瘤的发生发展中起重要调节作用，表型阐述后进一步在表观遗传水平，研究分子机制，通过m6a-Seq和生信分析寻找METTL-3的靶标结合CTNNB1。