7-8月数据库汇总(截止8.21)(下)

在整个七月和八月份总共发表了在线数据库61个。这里我们基于前面两期的分类，主要汇总成了五个方面：疾病相关数据库，DNA相关数据库，RNA相关数据库，蛋白相关数据库，流程化数据库以及其他方面的数据库。由于内容较多，我们分成三个部分来进行简单的介绍。今天我们来简单的介绍一下蛋白相关数据库以及其他数据库。

如果想要的所有数据库汇总，可以回复：200708

蛋白相关数据库

1.CoV-AbDab: 新冠抗体数据库

CoV-AbDab(http://opig.stats.ox.ac.uk/webapps/coronavirus), 新冠抗体方面的数据库。可以继续序列和结构进行检索。

2. ResiRole: 蛋白质结构预测数据库

ResiRole(http://protein.som.geisinger.edu/ResiRole/)，基于蛋白质的功能位点来预测蛋白质的结构

3.  CONAN：氨基酸共变异数据库

CONAN(http://bioinfo.icb.ufmg.br/conan)。通过输入多条蛋白的序列或者ID，来计算其共变异程度。

4. iCarPS：蛋白质羰基化位点识别数据库

iCarPS(http://lin-group.cn/server/iCarPS)是一个基于omputational方法来预测蛋白质羰基化位点的数据库

5.VRmol：大分子结构预测数据库

VRmol(https://VRmol.net)大分子的三维结构预测数据库

5. ProteinsPlus:蛋白质-配体预测数据库

ProteinsPlus(https://proteins.plus)是一个基于PBD数据库来预测蛋白质-配体的数据库。

6. IDP-Seq2Seq:蛋白质内在无序区域识别数据库

内在紊乱区(IDRs)广泛分布于蛋白质中，与许多重要的生物学功能有关。准确预测内在紊乱区域是蛋白质结构和功能分析的关键。IDP-Seq2Seq(http://bliulab.net/IDP-Seq2Seq/home/)是一个基于序列来预测其内在无序区域的数据库

7.ToxDL：蛋白质毒性评估数据库

ToxDL(http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/ToxDL/)

8. FoldRec-C2C: 蛋白质折叠识别数据库

FoldRec-C2C(http://bliulab.net/FoldRec-C2C/download)是一个基于聚类模型和蛋白质相似度网络的蛋白质折叠识别数据库

9. MASS：蛋白质模型质量评估数据库

MASS(http://dna.cs.miami.edu/MASS/)是一个基于随机森林算法的蛋白质模型评估数据库。

10. iPNHOT:蛋白质-核酸相互作用位点预测

iPNHOT(http://zhulab.ahu.edu.cn/iPNHOT/)是一个基于蛋白质-核酸作用位点的数据库

11.MusiteDeep：蛋白质翻译后修饰位点预测和可视化

MusiteDeep(https://www.musite.net)是一个提供蛋白的fa序列来预测其翻译后修饰位点的数据库。

12. Zebra2: 蛋白质保守型分析数据库

Zebra2(https://biokinet.belozersky.msu.ru/zebra2)是一个用于在蛋白质超家族中寻找亚家族特异性和保守位置预测的数据库。

其他数据库

1. 抗癌肽预测数据库

AntiCP 2.0用于预测和设计高精度的抗癌肽。本研究利用最大可能的抗癌和非抗癌肽数据集。主要数据集由实验验证的861个抗癌肽和861个非抗癌或验证的抗菌肽组成。备选数据集包括970个抗癌肽和970个非抗癌肽。

2. DeepVF:毒力因子识别数据库

毒力因子（VF）使病原体能够感染其宿主。大量针对疾病的个体研究发现了各种各样的VF，并且细菌基因组序列数据的不断增长为旨在预测VF的计算方法提供了机会。DeepVF(http://deepvf.erc.monash.edu/)是一个提供fa序列来预测其毒力因子位置的数据库。

3. Dr AFC：药物相关数据库

Dr AFC(https://www.biosino.org/drafc)是一个基于抗纤维化特性的药物重定位数据库。

4. CausalMGM：数据集变量相互作用关系数据库

CausalMGM(http://causalmgm.org/)是一个基于自己的数据，寻找变量之间相互作用关系的数据库。

5. GDASC：批次去除数据库

GDASC(http://bioinfo.nankai.edu.cn/gdasc.php)是一个用于去除批次效应的工具。通过上传不同批次的数据来进行批次效应去除。

6. TeamTat：文献协作阅读网站

TeamTat(https://www.teamtat.org)可以多人协作阅读文献。

7. GeneTrail 3:综合性富集分析数据库

GeneTrail 3(http://genetrail.bioinf.uni-sb.de)综合性的富集分析数据库。可以为多个组学进行富集分析。

8.COVTree：重叠序列进化分析数据库

COVTree(http://www.lcqb.upmc.fr/COVTree/)是一个对重叠序列来进行进化分析的数据库。输入相关的序列即可获得进化的结果。

9. TFmotifView：转录因子motif可视化数据库

TFmotifView(http://bardet.u-strasbg.fr/tfmotifview/)是一个用来预测指定基因组位置上可能收到那些转录因子调控并可视化motif的数据库。

10. SynergyFinder 2.0：多药联合协同效应的可视化数据库

SynergyFinder 2.0(https://synergyfinder.fimm.fi)药物联合使用评价数据库。

11. NETGE-PLUS：富集分析数据库

NETGE-PLUS(http://net-ge2.biocomp.unibo.it)可以基于不同的ID来进行ORA和GSEA富集分析。