低通量实验验证的功能lncRNA数据库介绍

说起lncRNA，想必大家不会陌生，作为不同的生物学过程中的关键角色，发挥着重要功能，并与许多人类疾病相关，如癌症，心血管疾病和神经退行性疾病等。但是，并非所有表达的lncRNA都具有功能。所以今天小编就给大家介绍一个手动精选功能lncRNA的数据库：EVLncRNAs 2.0（https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs2/）。

该数据库是经过低通量实验（如qRT-PCR，敲低，Northern印迹和荧光素酶报告基因检测）验证的功能性lncRNA的唯一综合数据库，其中包含来自所有物种的经过实验验证的lncRNA的整合序列，结构，功能和表型信息。

根据主页面，我们可以发现该数据库包含8个部分：“物种”，“疾病”，“相互作用”，“结构”，“肽编码”，“CircRNA”，“外泌体lncRNAs”，“抗性lncRNAs”。

我们可以依据这8个部分进行检索。当然，也可以点击菜单栏的“Browse”，此时显示8个下拉菜单，与主页面的8个部分一致。我们可以通过单击下拉菜单浏览EVLncRNA中的相关条目，然后页面将移至相关页面。在每个页面上，都有下拉框供我们选择并浏览相应的类别。

1.Browse

这里我们以物种为例，简要介绍一下该数据库的简要使用。

我们点击Species，会显示所有物种的lncRNA的相关信息。在下拉框我们可以根据需要选择或填写相应的条件以进一步精确筛选。点击“Detail”可以跳转至lncRNA的相应详细页面，这里我们着重介绍一下目的lncRNA的详细信息。

点击1500026H17Rik所在栏的“Detail”，将显示更多详细信息。主要包括lncRNA的基本信息（如ID，名称，别名，物种，是否是环状lncRNA，肽信息，结构信息等），疾病信息（根据lncRNA与疾病之间的实验支持，将功能类型分为表达，突变，相互作用，基因座和表观遗传学）以及相互作用信息。其中相互作用水平可以分为RNA-DNA，RNA-RNA，RNA-TF和RNA-蛋白质等；根据分子相互作用的方式，可以将相互作用类型分为结合，调控和共表达。

2. Interaction Network

构建了全面的lncRNA相互作用网络，可以帮助我们探讨lncRNA，miRNA，蛋白质，基因和其他功能元件之间的潜在关系。整个交互网络包括结合，调节和共表达的交互类型。“共表达”表示lncRNA与其他分子在同一生理过程中表达呈正相关或负相关。“调控”表明lncRNA可以在同一生理过程中调控其他生物分子的表达。“结合”表明lncRNA与其他生物分子直接物理接触。

注意：这里有两个网络可供选择：一个是总的网络；另一个是结合网络，是那些与其他功能元件具有直接接触相互作用的lncRNA。

这里我们点击Total network，可以发现会呈现一个相当庞大网络，令我们眼花缭乱。

这时我们可以根据左上角的选项设置，通过单击需要显示的项目来进行呈现。例如我们只想看所有LncRNA与蛋白的相互作用网络。

当然，我们也可以使用左上角的搜索框，通过直接输入，来搜索lncRNA或感兴趣的相互作用靶标，然后将显示搜索关键字的小相互作用网络。例如我们输入LncRNA XIST，将仅显示XIST相关的网络。将鼠标置于这些靶点上时，将会显示该靶点的详细信息。

3. Search

在“搜索”页面中，我们可以按lncRNA名称，疾病名称，相互作用等进行搜索特定的lncRNA，疾病或与lncRNA相互作用的分子。这里我们输入lncRNA H19，点击搜索。

可以发现返回的结构页面不仅包括H19，还包括91H，这是因为EVLncRNA提供“模糊”搜索功能，并返回所有匹配的记录。

当然，EVLncRNA在“Tools”页面中提供了可靠且可用的lncRNA预测和lncRNA功能预测工具，在“Download”页面中可以下载数据库数据。也非常欢迎用户在“Submit”页面中提交经过实验验证的新颖的lncRNAs和相关疾病或相关成分。这些小编就不一一介绍啦，大家感兴趣的话可以多点几下就明白啦~