马斌老师-网络讲座-我关注的问答总结

RMT阈值计算

可以使用R包计算一个阈值，做比较。

• RMThresholdR包可以安装一下，这个包也就一个函数，四年没有更新了。

不同网络并集

异质性较大的网路分开构建。然后通过igraph相加。R包igraph多功能工具够都可以实现。

稀有物种不适合做网络

时间序列做网络

• 时间序列如果有25个点以上或者30个点以上，数据整体趋势比较好，可以用时间序列网络做一下探索。

• 分析过程中判断网络方向，并不是提前设定的。

网络挖掘

• 不会挖掘互作关系。

  挖掘网络拓扑结构特征。

  找整体，规律性关系，而不是具体的oTU或者物种之间的关系。

  可能可靠度不高。

• 验证物种共存，能验证不错。

• 稀有物种网络可靠度比较低，并且很难验证。

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不同环境之间关联网络

• 群落的距离矩阵寻找关系

网络中关键微生物

• 马老师自己不关注关键物种，主要关注网络整体拓扑结构。

  如果要找，那还是根际网络性质来预测。

• 韦中老师想验证OTU核心微生物和实际筛菌之间的联系。

  如何匹配？

绝对丰度网络

• 相对和绝对丰度会有差异，绝对丰度反应群落变化特征更准确？

  测序和pcr测序结合校正丰度。

  作为一种标准化。

• 加入环境变量加入网络马老师十分推荐。

网络构建问题