R语言配色方案-RcolorBrewer包
欢迎来到医科研，这里是白介素2的读书笔记，跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO数据挖掘。
R配色包—RcolorBrewer包
display.brewer.all展示颜色板供选择
RcolorBrewer包的颜色选择主要是以色板展示，brewer.pal函数直接进行颜色指定
library("RColorBrewer")
display.brewer.all()
brewer.pal.info
## maxcolors category colorblind
## BrBG 11 div TRUE
## PiYG 11 div TRUE
## PRGn 11 div TRUE
## PuOr 11 div TRUE
## RdBu 11 div TRUE
## RdGy 11 div FALSE
## RdYlBu 11 div TRUE
## RdYlGn 11 div FALSE
## Spectral 11 div FALSE
## Accent 8 qual FALSE
## Dark2 8 qual TRUE
## Paired 12 qual TRUE
## Pastel1 9 qual FALSE
## Pastel2 8 qual FALSE
## Set1 9 qual FALSE
## Set2 8 qual TRUE
## Set3 12 qual FALSE
## Blues 9 seq TRUE
## BuGn 9 seq TRUE
## BuPu 9 seq TRUE
## GnBu 9 seq TRUE
## Greens 9 seq TRUE
## Greys 9 seq TRUE
## Oranges 9 seq TRUE
## OrRd 9 seq TRUE
## PuBu 9 seq TRUE
## PuBuGn 9 seq TRUE
## PuRd 9 seq TRUE
## Purples 9 seq TRUE
## RdPu 9 seq TRUE
## Reds 9 seq TRUE
## YlGn 9 seq TRUE
## YlGnBu 9 seq TRUE
## YlOrBr 9 seq TRUE
## YlOrRd 9 seq TRUE
展示的色板分为三大类颜色板块
1.连续性调色:适用于连续型变量，用于展示数据的顺序变化，包括：Blues, BuGn, BuPu, GnBu, Greens, Greys, Oranges, OrRd, PuBu, PuBuGn, PuRd, Purples, RdPu, Reds, YlGn, YlGnBu YlOrBr, YlOrRd.等色板
离散型调色：适用于离散型变量，包括BrBG, PiYG, PRGn, PuOr, RdBu, RdGy, RdYlBu, RdYlGn, Spectral等颜色板
定性调色：适用于分类变量，包括Accent, Dark2, Paired, Pastel1, Pastel2, Set1, Set2, Set3等调色板
查看某个具体的色板
display.brewer.pal函数
n指定需要展示几个颜色
display.brewer.pal(n = 8, name = 'RdBu')
用选择的颜色绘图
brewer.pal函数选择颜色
barplot(c(2,5,7), col=brewer.pal(n = 3, name = "RdBu"))
将选择的颜色传递给变量
这样就可以看到颜色代码，自由的挑选自己喜欢的颜色绘图
mypalette<-brewer.pal(7,"Greens")
mypalette
## [1] "#EDF8E9" "#C7E9C0" "#A1D99B" "#74C476" "#41AB5D" "#238B45" "#005A32"
参考资料
(http://www.sthda.com/english/wiki/colors-in-r)