实现基因loss of function,要做敲低(RNAi)还是敲除?
1)当敲除可能会导致细胞增殖非常缓慢或停止生长,或在细胞转染后的cell pool阶段检测效率呈显著下降趋势,即可判定可能出现敲除致死的情况,建议用RNAi;
2)由于存在部分强功能蛋白,即使表达下调了,仍然有较强的功能,如果RNAi始终做不出表型,但从有关信息推测这个基因很大可能性会出表型,建议做KO;另外,研究目的基因处于非转录区域,或者目的基因有很强的转录效率,也是无法用RNAi进行有效干扰的,则只能做KO,且KO细胞更适合进行回补实验;
3)最后,敲低跟敲除不是二选一的关系。当我们用RNAi做了基因敲低,观察到细胞表型的变化后,仍然可以进一步做敲除,让实验结论更加有说服性。
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